Title | Introduce to GEPHI |
---|---|
Author | Mojtaba Sadeghian |
Pages | 39 |
File Size | 1.5 MB |
File Type | |
Total Downloads | 750 |
Total Views | 824 |
نرم افزار GEPHI استاد محترم:دکتر عبداللهیان تهیه کنندگان :مجتبی صادقیان-علیرضا خسروانی-الناز بخش عرب 1393/12/4 مقدمه 2 گفی یک نرم افزار OPEN SOURCEبرای اکتشاف بصری شبکه ها(گراف ها) می باشد. شبکه http://gephi.github.io این نرم افزار بارها منتخ...
نرم افزار GEPHI استاد محترم:دکتر عبداللهیان تهیه کنندگان :مجتبی صادقیان-علیرضا خسروانی-الناز بخش عرب 1393/12/4
2
مقدمه
گفی یک نرم افزار OPEN SOURCEبرای اکتشاف بصری شبکه ها(گراف ها) می باشد.
شبکه
این نرم افزار بارها منتخب Google summer of codeبوده و در پروژه های تحقیقاتی فراوانی مانند بصری سازی ارتباطات در محتوای New York Timesو آزمون ترافیک شبکه Twitterبکار رفته است.
http://gephi.github.io
3
مراحل نصب نرم افزار
ابتدا نیاز به نصب برنامه JRE 7 , 8دارید. http://www.oracle.com
4
مراحل نصب نرم افزار(ادامه)
5
مراحل نصب نرم افزار(ادامه)
6
مراحل نصب نرم افزار(ادامه)
7
مراحل نصب نرم افزار(ادامه)
آشنایی با ویژگی های نرم افزار : فرمت داده های ورودی 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13.
GraphViz(.dot) Graphlet(.gml) GUESS(.gdf) LEDA(.gml) NetworkX(.graphml,.net) NodeXL(.graphml,.net) Pajek(.net,.gml) Sonivis(.graphml) Tulip(.tlp,.dot) UCINET(.dl) yEd(.gml) Gephi (.gexf) Edge list(.csv)
8
9
آشنایی با ویژگی های نرم افزار(ادامه)
فرمت داده های خروجی: )GUESS(.gdf
1.
)Gephi(.gexf
2.
.svg
3.
.png
4.
10
محیط نرم افزار
با انتخاب New Projectمی توان پروژه جدیدی را شروع کرد و یا با انتخاب Sampleنمونه های خود نرم افزار را امتحان کرد.
11
محیط نرم افزار(ادامه) محیط نرم افزار به صورت زیر می باشد.
12
محیط نرم افزار(ادامه)
گزینه Openرا انتخاب کرده و فایل مورد نظر را انتخاب می کنیم(در اینجا ما نمونه خود نرم افزار- LESMISERABLES.GEXFرا استفاده کرده ایم)
13
محیط نرم افزار(ادامه)
پس از مشاهده شبکه می توان با استفاده از برخی از ابزارهای نرم افزار نمایش شبکه را تغییر داد.
14
محیط نرم افزار(ادامه)
ZOOM & PAN
15
محیط نرم افزار(ادامه)
)RANKING(SIZE
16
محیط نرم افزار(ادامه) )RANKING(COLOR
17
پنل layout
LAYOUTها الگوریتم هایی هستند که گره ها را در فضای گرافیکی دو بعدی یا سه بعدی قرار می دهند.
layout الگوریتم های FRUCHTERMAN-REINGOLD الگوریتم
(a
FORCEATLAS الگوریتم
(b
FORCEATLAS2 الگوریتم
(c
YIFAN HU MULTILEVEL الگوریتم
(d
CIRCULAR الگوریتم
(e
RADIAL AXIS الگوریتم
(f
18
19
نصب پالگین Layout
برای نصب الگوریتم های بیشتر می توان به روش زیر عمل کرد:
20
متریک ها
شامل سه بخش است.
متریک های شبکه (قطر-ضخامت)DIAMETER
1.
(چگالی -تراکم)DENSITY
2.
( تعداد اتصال مولفه ها)NUMBER OF CONNECTED COMPONENT
3.
( ضریب خوشه بندی)CLUSTERING COEFFICIENT
4.
)متریک ها(ادامه متریک های گره 1.
DEGREE CENTRALITY)( درجه مرکزیت
2.
BETWEENNESS CENTRALITY)( مرکزیت بینیت
3.
CLOSENESS CENTRALITY)(مرکزیت نزدیکی یا دقت
4.
EIGENVECTOR CENTRALITY
5.
PAGE RANK
6.
HITS
21
22
متریک ها(ادامه)
متریک های یال (میانیگین طول مسیر)AVERAGE PATH LENGHT
1.
23
community detectionبا استفاده از گفی
برای کشف انجمن ها در شبکه به صورت زیر می توان عمل کرد
24
فیلتر ها
شما می توانید فیلترهایی ایجاد کنید که می تواند گره ها و یال ها را در شبکه مخفی کند.
25
Data Laboratory
این قسمت اطالعاتی از نود ها و یال ها به صورت جدول نشان می دهد که در قسمت نود ،بر چسب نود ها و شناسه آنها مشخص می شود.
26
Preview
برای ذخیره کردن شبکه ابتدا گزینه previewرا در باالی صفحه انتخاب می کنیم.
27
مشکالت نرم افزار:
نرم افزار gephiخصوصیات تجسمی مناسبی دارد اما همچنان به نظر میرسد در تحلیل دادههای متوسط رو به باال یعنی از حدود یک میلیون لبه به باال (در بهترین حالت البته) باز میماند .مشکل دومی که دارد ،مشکل ایمپورت از اکسل است .بدین معنا که در صورت ایمپورت از اکسل ،بهصورت بالتغییر و پیشگزیده شبکه را جهتدار میشناسد که امیدواریم در نسخه های بعدی این موارد اصالح شوند.
28
مجموعه ای از ابزارهای تجزیه و تحلیل شبکه های اجتماعی
29
توصیف ،AllegroGraphپایگاه دادهای از گراف میباشد.
در این پایگاه داده اطالعات به جای اینکه به صورت جدول ذخیره شوند به صورت گراف ذخیره میشوند.
Automapبا استفاده از برچسب گذاری روی سخنرانیها و با استفاده از معیار نزدیکی بر روی این برچسبها شبکه مربوط به کلمات و ارتباط میان این کلمات را تولید میکند.
نرم افزاری جهت جمع آوری و تحلیل شبکههای مرکزی مختلف میباشد.
این امکان را میدهد تا با طرح پرسشنامههای مختلف اطالعات مختلف را استخراج کرد و شبکه مربوط به آنها را ساخت .این اطالعات همچنین میتواند توسط نرم افزارهای دیگر تحلیل شود.
Licence
Free and Commer cial
Commercial and Student
سیستم عاملهای پشتیبان
Linux,
فرمت دیتای خروجی
فرمت دیتای وروردی
RDF
RDF
Mac, Windows
Windows
Csv DyNetML
کارکرد اصلی
تحلیل پایگاه داده گراف با فرمت .RDFنمایش گراف به کمک Guff
فایل تکست متن کاوی
نام
AllegroGraph
Automap
معنادار برای تولید شبکه
شبکه Openسیستم CSV فایلهای XMLتحلیل شبکههایی که بر source.عاملهایی قابل تبدیل به هر مرتبط با شبکه پایه گره مرکزی که Java میباشند. فرمتی میباشد. را پشتیبانی میکنند.
EgoNet
30
این نرم افزار قابلیت تحلیل و نمایش انواع شبکهها مانند شبکههای ایستا ،پویا ،سلسله مراتبی میباشد. ابزاری برای کاربران جهت نمایش دوبعدی، سه بعدی در رنگهای مختلف میباشد. همچنین این قابلیت را به کاربران میدهد تا به راحتی شبکه را تحلیل کنند و تغییرات را در شبکه اعمال کنند تا به ویژگیهای آن شبکه دست یابند.
Openهر سیستمی GUESS(.gd Sourceکه Java f), 1.6 Gephi(.ge و )xf Opengl .svg, .png را پشتیبانی کند.
Graphvizتحلیل شبکهها (.dot), Graphletسهولت در اعمال تغییرات (.gml),در شبکه GUESS(.g df), LEDA(.g ml), Network X(.graph ml, .net), Pajek(.ne t, .gml),
Gephi
31
با استفاده از این ابزار میتوان با شبکهها در ارتباط بود. میتوان شبکه را تولید و یا از فایلهای ورودی خواند.
Openسیستم عاملهایی که Source javaرا پشتیبانی میکنند.
(GraphStream .dgs), GraphViz(.dot ), Graphlet(.gml ), Image sequence
GraphStrea m(.dgs), GraphViz(.d )ot
تحلیل شبکههای پویا
Graph Stream
Graphlet(.g )ml Edgelist
قابلیت نمایش شبکهها یکی از قابلیتهای زبان برنامه نویسی Pythonدر جهت آنالیز و تحلیل بهتر شبکه میباشد .هستهی مرکزی این کد به زبان برنامهنویسی C++پیاده سازی شده است.
GraphViz(.d GraphViz(.dot Linux,Mac Freeیکی از packageهای زبان ot), GraphMl ),GraphMl ,برنامه نویسی pythonمیباشد. software(G .bmp, .canon, )PL3 .cmap, .eps, .fig, .gd, .gd2, .gif, .gtk, .ico, .imap, .cmapx,
Graph-tool
32
این نرم افزار در جهت نمایشهای مختلف شبکه میباشد. در این نرم افزار غالبهای مختلف جهت نمایش شبکه وجود دارد.
یکی از اپلیکیشنها و کتابخانههای Javaمیباشد که بستری مناسب جهت تحلیل، نمایش و تغییر شبکهها ایجاد میکند .این کتابخانه شبکههای زیادی با سایزهای مختلف را پشتیبانی میکند .الگویتمهای زیادی در این کتابخانه براساس مباحث تئوری گراف ،داده کاوی، هوش مصنوعی و شبکههای اجتماعی نوشته شده است.
Open Source )(CPL
GraphViz(.d .bmp, .canon, Linux,نمایش گراف )ot .cmap, .eps, Mac, .fig, .gd, .gd2, .gif, .gtk, .ico, Windows .imap, .cmapx, .ismap, .jpeg, .pdf, .plain,
GraphMl
Graphmlاعمال تغییرات در شبکه
Openهر برنامهای که java sourceرا Pajekتحلیل شبکه Pajek پشتیبانی کند. (BSD برخی از فرمتهای نمایش شبکه برخی از فرمتهای )license text text
Graphviz
Java universal Network/Graph )(JUNG framework
33
یک نوع پایگاه داده گرافی میباشد.
Commer cial
قابلیت پشتیبانی جست و جوهای موازی ،جست و جو بر روی یالها و مسیرهای تعریف شده دارد.
Linux
Macهر نوعی که کاربر تعریف کند. Window s
برنامهای بر پایه رایانش Commer ابری میباشد. cial
Windo ws
With free trial
Linux
ابزاری آسان و سریع در جهت تحلیل و نمایش شبکههای پیچیده میباشد.
Gremlin
Mac
CSV
SNAP,کار بر روی مقیاسهای Gremlinباالی گراف و پایگاه داده گراف Text file
CSVتحلیل و سازمان دهی شبکه براساس محاسبات ابری میباشد.
Infinite Graph
Keynetiq
Mathematica
،تحلیل گراف محاسبات آماری نمایش بهبود گراف
3DS, ACO, Affymetri x, AIFF, ApacheL og, ArcGRID, AU, AVI, Base64, BDF, Binary, Bit, BMP, CDED,
DS, ACO, AIFF, AU, AVI, Base64, Binary, Bit, BMP, Byte, BYU, BZIP2, C, CDF, Character 16, Character 8, Complex1 28,
Windo ws Mac Linux
Commer cial
هدف اصلی این نرم افزار محاسبات پیچیده در زمان کم و تحلیل و پردازش .میباشد
34
35
به کاربران اجازه میدهد تا حجم زیادی از اطالعات مربوط به textرا خالصه کند و شبکه مربوط به مکالمات در سانهها و یا شبکههای اجتماعی مانند twitter, youtubeو وبالگها را شناسایی میکند. این نرم افزار توانایی شناسایی شبکه مربوط به کاربران مختلف را بر اساس معیارهای مختلف میسازد .مثال چه کسانی همدیگر را در فیسبوک mentionکردهاند.
Freemium
Windows Linux Mac
.csv, .mds, .dl (UCINET), .net )(Pajek
نرم افزاری در جهت نمایش و تحلیل شبکه برای اکسل کاربرد دارد. شبکه های اجتماعی مختلف مانند فیسبوک ،توئیتر و WWWرا پشتیبانی میکند. لیست مجاورت و ماتریس مجاورت شبکه را پوشش میدهد. تسهیل در اعمال تغییرات و فیلترینگ در شبکه غالب های مختلف نمایشی در شبکه
)Free (Ms-PL
Windows XP/Vista/7
email, .csv (text), .txt, .xls (Excel), .xslt (Excel 2007, 2010, 2013), .net (Pajek), .dl (UCINet), GraphML
RSS, Googleتحلیل شبکههای اجتماعی Drive, Twitter, YouTubeبر پایه متن comments, .csv, .txt
email, .csvتحلیل شبکه (text), .txt, .xlsکشف ویژگیهای پنهان در شبکه (Excel), .xslt (Excel 2007, 2010, 2013), .net (Pajek), .dl (UCINet), GraphML
Netlytic
Network Overview Discovery Explanation for Excel )(Nodexl
36
نرم افزاری برای نمایش و تحلیل شبکه میباشد. بارزترین ویژگی این نرم افزار تحلیل شبکههای بسیار بزرگ (بیش از 10میلیون گره) است. شامل الگوریتمهای مختلف شبکه میباشد.
xls(Excel),.xls Windows Commerci x (Excel al with 2007), free trial .csv(text), .dl(UCINET), .net(Pajek), .dat(StOCNET ), NMF(propriet )ary
.xls(Excel),.نرم افزاری جهت تحلیل و نمایش xlsx (Excelشبکه 2007), .csv(text), .dl(UCINET), ).net(Pajek
نرم افزاری open Source برای تحلیل شبکهها در زمان کم و بازدهی باال میباشد. الگوریتمهای مختلفی برای تحلیل شبکههای مختلف از 100تا 1بیلیون یال وجود دارد. الگوریتمها در C++ پیادهسازی شدهاند .
GUESS, Graphlet, METIS,SNAP VNA
پکیج پایتون و کتابخانه C++ است در جهت تحلیل شبکههای بزرگ با رویکرد محاسبات موازی ،مقیاس پذیری و تعامل میباشد
Ope n Source
Linux MAC UNIX
Dibap, Graphviz, METIS, SNAP غالبهای مختلف لیست مجاورت
NetMiner
NetworkKit
37
ابزاری برای تولید ،اعمال تغییرات ،تحلیل و نمایش شبکه کاربرد دارد. قابلیت نمایش غالبهای موجود در GraphVizرا دارد.
کاربرد اصلی آن در شبکههای پویا میباشد که در زمانهای مختلف مراحل مختلف شبکه وارد میشود. قابلیت نمایش و ایجاد شبکه بر پایه محاسبات ابری برای تولید ،تحلیل و نمایش شبکه میباشد. تشخیص انجمنها در شبکهها، شناسایی نوع ارتباط میان گرهها ،شناسایی ارتباط میان انجمنها و شناسایی تاثیرات مختلف بین یک گره با گرههای دیگر.
Free
Open Source
Commerci al
Webbased
Commerci al
Webbased
GML, GraphML, GraphViz, NetworkX )(.yaml, Pajek LEDA
GML, GraphML, GraphViz NetworkX Pajek LEDA .jpg, .png, .ps, .svg Excelابزاری برای تحلیل شبکه Excel PDFبراساس غالبهایی .Pngکه در برنامه تعریف براساس غالبهایی که در برنامه شده است تعریف شده است
پکیج پایتون در جهت ایجاد، اعمال تغییرات و مطالعه ساختار و توپولوژی شبکه در شبکههای پیچیده کاربرد دارد.
Excelبر پایه محاسبات ابری برای ایجاد .xlsx, .pdf,.pngهر فرم ورودی که و نمایش شبکهها در این اپلیکیشن تعریف میشود
NetworkX
ORA
OrgMapper
38
شامل پکیجهای مختلف برای تحلیل میباشد .شامل پکیج igraphبرای تحلیل شبکهsna ،برای تعیین روابط اجتماعی، networkبرای تغییرات و نمایش شبکه tnet ،برای شبکههای وزن دارergm ، شامل ابزارهای مختلف برای تحلیل و شبیه سازی گرافهای تصادفی، Bergmبرای تحلیل شبکههای بیزینhergm ، برای تحلیل گرافهای تصادفی سلسله مراتبی، Rsienaبرای آنالیز شبکههای پویا و چندین پکیج مختلف دیگر که هر یک کاربرد خاصی دارند.
Wind Open ows Source Linux Mac
میتوان در غالب اکثز فرمتهای خروجی ذخیره کرد.
اکثر فرمتهای محیط برنامهنویسی برای تجزیه و تحلیل ورودی را پووشش میدهد شبکههای اجتماعی کاربرد دارد.
R
39
چارچوبی برای نمایش و تحلیل شبکهها برای دادههای رابطهای میباشد. میتوان شبکه در این محیط ایجاد کرد.
LGPL
Window s XP,Vista ,7 Linux Mac Windowمیتوان در غالب sاکثر فرمتها Linuxذخیره کرد Mac
Free
Webاکثر فرمتها را Serviceمیتوان ذخیره کرد.
ابزاری برای تحلیل و Free (also نمایش شبکهها میباشد. for در حال حاضر این نرم افزار commer توسط گروه الگوریتم در )cial use دانشگاه کنستانز در حال بسط دادن میباشد. این سایت قابلیت انجام محاسبات بر روی شبکه دارد. این سایت اطالعات مربوط به شبکه فیسبوک را به صورت ورودی دریافت میکند و جواب سوال را میدهد.
.tlp , .dot , .tlp , .gmlابزاری برای تحلیل شبکههای .GML, .txtاجتماعی Adjacenc y Matrix اکثر فرمتهای ورودی را پشتیبانی میکند
تحلیل و نمایش شبکهها
Facebookتحلیل گراف ،تحلیل سریهای زمانی ،تحلیل اطالعات از API جنسیتهای مختلف
Tulip
visone
Wolfram Alpha...