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JPRED Metto la sequenza fasta nella finestra e do make prediction. Seq 6O1G Fa il calcolo della struttura secondaria. Lui ragiona sui multiallinemanto e mi da tutte le strutture secondarie che sono allineate con quella. Clicco su continua anche se la sequenza è già nota e lui fa il calcolo. Il risultato, sarà preciso perché ha molte sequenze identiche che lui pesa molto sulla predizione della struttura secondaria. Ho il risultato della predizione che ho fatto. Sopra ho la lsta degli aminoacidi che sono stati analizzati. Il calcolo che è stato fatto, la predizione sta nella riga jenetpred che è l’insieme degli algortimi usati. Noi capiamo quali sono gli aa che hanno una determinata struttura secondaria. Jnetconf valutazione informatica dell’accuratezza della predizione che è stata fatta. Esistono delle opzioni advanced. Quanto il risultato è presunto essere accurato oppure no ( predizione statistica). Tanto piu alta è la barra nera sotto aa tanto più alta è la confidenza. L’altezza della barra è riportata sotto e va da 1(ris poco probabile) a 9(molto probabile). In rosso abbiamo le alfa eliche. Nella prima struttura alfa elica, Via via che ci avviciniamo al bordo troviamo aa che non hanno cosi tanta propensione a formare alfa eliche. Il sistema usa due modalità diverse di valutazione del multiallinemanto. Quindi avrò due predizioni diverse. • -JNETHMM

• -JNETPSSM Quando ci sono risultati differenti entra in gioco un terzo algoritmo che fa una valutazione di quale dei due risultati è il piu accurato • -JNET JURY giuria elettronica che guarda i risultati, vede i risultati differenti e decide quale dei due deve essere considerato. • -JNETSOL25 è un altro algoritmo che valuta l’idrofobicità degli a.a e calcola in qualche modo la probabilità che gli aminoacidi non siano a contatto del solvente. Probabilità del 25% che quegli a.a non vengano a contatto con l’acqua. • -JNETSol 5 indica wqusali sono gli a.a che si trovano quasi sicuramente all’interno: hanno una probabilità del 5 percento di essere bagnati da h20 ossia di stare sulla superficie. • -JNETSOL0 quali secondo lui sono gli a.a che sicuramente hanno lo 0% di probabilità di essere bagnati del solvente quindi sono quasi sicuramente nascosti nella proteina....