None Temperature Targets Acquistion Hold Ramp rate Acquistion PDF

Preview

Summary

ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK BURGER SAPI YANG BEREDAR DI WILAYAH CIPUTAT MELALUI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR SKRIPSI Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi (S.Far) Oleh: DIENAR FITRI PRATAMI NIM : 107102000215 PROGRAM STUDI FARMASI FAKULTA...

Description

ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK BURGER SAPI YANG BEREDAR DI WILAYAH CIPUTAT MELALUI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR

SKRIPSI

Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Farmasi (S.Far)

Oleh: DIENAR FITRI PRATAMI NIM : 107102000215

PROGRAM STUDI FARMASI FAKULTAS KEDOKTERAN DAN ILMU KESEHATAN UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA 2011

i

LEMBAR PERSETUJUAN SKRIPSI

NAMA : DIENAR FITRI PRATAMI NIM

: 107102000215

JUDUL : ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK BURGER SAPI YANG BEREDAR DI WILAYAH CIPUTAT MELALUI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN

REAL-

TIME PCR

Menyetujui, Pembimbing I

Pembimbing II

Drs. M. Yanis Musdja, M.Sc, Apt

Zilhadia, M.Si, Apt

NIP. 1956010619851010001

NIP. 197308222008012007

Mengetahui, Ketua Program Studi Farmasi FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

Drs. M. Yanis Musdja, M.Sc, Apt NIP. 1956010619851010001

ii

LEMBAR PENGESAHAN SKRIPSI

Skripsi dengan judul ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK BURGER SAPI YANG BEREDAR DI WILAYAH CIPUTAT MELALUI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN REAL-TIME PCR Telah disetujui, diperiksa dan dipertahankan di hadapan tim penguji oleh Dienar Fitri Pratami NIM 107102000215 Menyetujui, Pembimbing: 1. Pembimbing I

Drs. M. Yanis Musdja, M.Sc, Apt ........................

2. Pembimbing II

Zilhadia, M.Si, Apt

........................

Penguji: 1. Ketua Penguji

Drs. M. Yanis Musdja, M.Sc, Apt ........................

2. Anggota Penguji I

Prof. Dr. H. Chairul, M.Sc, Apt

........................

3. Anggota Penguji II

Lina Elfita, M.Si, Apt

........................

4. Anggota Penguji III

Ofa Suzanti B, M.Si, Apt

........................

Mengetahui, Dekan Fakultas Kedokteran Dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

Prof. Dr (hc). dr. M. K. Tadjudin, Sp. And Tanggal lulus : 20 Desember 2011

iii

LEMBAR PERNYATAAN

DENGAN INI SAYA MENYATAKAN BAHWA SKRIPSI INI BENARBENAR KARYA SENDIRI DAN BELUM PERNAH DIAJUKAN SEBAGAI SKRIPSI ATAU KARYA ILMIAH PADA PERGURUAN TINGGI ATAU PADA LEMBAGA MANAPUN.

Jakarta, Desember 2011

DIENAR FITRI PRATAMI

iv

KATA PENGANTAR Puji Syukur kehadirat Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karunia-Nya kepada penulis sehingga dapat menyelesaikan penelitian dan penulisan skripsi dengan judul Analisis Cemaran Daging Babi Pada Produk Burger Sapi Yang Beredar Di Wilayah Ciputat Melalui Amplifikasi DNA Menggunakan Real-Time PCR. Shalawat serta salam selalu tercurah kepada junjungan Nabi Muhammad SAW, keluarga, para sahabat, dan pengikutnya yang senantiasa istiqomah mengikuti sunnah-Nya. Skripsi ini disusun untuk memenuhi salah satu syarat untuk mencapai gelar Sarjana Farmasi (S.Far) pada Program Studi Farmasi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Keberhasilan penelitian dan penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan dan dorongan semua pihak. Untuk itu pada kesempatan ini, perkenankanlah penulis menyampaikan ucapan terimakasih yang sebesarbesarnya kepada: 1. Bapak Prof. DR. (hc) dr. M.K Tadjudin Sp.And, selaku Dekan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. 2. Bapak Drs. Muhammad Yanis Musdja, M.Sc, Apt, selaku Ketua Program studi Farmasi FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sekaligus pembimbing 1 yang telah memberikan ilmu dan bimbingan selama penulisan skripsi ini . 3. Ibu Zilhadia M.Si, Apt, selaku pembimbing II yang telah memberikan waktu, semangat, ilmu, dan bimbingan selama penulisan skripsi ini. 4. Kedua orang tua, Ayahanda Eko Priyono dan Ibunda Siti Kundari yang selalu memberikan kasih sayang, doa yang tidak pernah putus di tiap tengadah tangan dan dukungan baik moril maupun materil. Tiada apapun di dunia ini yang dapat membalas semua kebaikan, cinta dan kasih sayang yang telah kalian berikan. 5. Untuk adikku tersayang Danar Riko Al-Harits meskipun tidak terjun langsung membantu penulis dalam menyelesaikan skripsi ini, namun tawamu adalah inspirasiku.

v

6. Bapak dan Ibu dosen yang telah memberikan ilmu dan pengetahuan sehingga penulis dapat menyelesaikan studi di jurusan Farmasi FKIK UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. 7. Kak Yopi, Pak Aris, Kak Melinda, Kak Shely, dan Kak Yos, teman belajar yang menyenangkan dan sangat membantu penulis memahami hal-hal sulit dalam bioteknologi. 8. Para staf dan karyawan program studi Farmasi. Staf Administrasi Farmasi yang telah banyak membantu selama penelitian dan penyelesaian skripsi. 9. Nur Sriati, the best partner sekaligus teman seperjuangan uji DNA terimakasih untuk tawa dan ceria yang selama ini menutupi penatnya penelitian. 10. Kepada teman-teman Farmasi angkatan 2007, terutama para Naftaleners terimakasih untuk kebersamaan, dukungan, saran dan kritiknya. Kebersamaan kita akan selalu terkenang di dalam hati sanubari. 11. Teman-temanku satu atap yang setia menemani cerita suka dan duka selama penelitian, my best ai rosyi, my best choka asoka, neta, ulin, koprek dan esha. Dan untuk my best arief rahman, terima kasih untuk dukungan yang tiada henti. 12. Serta semua pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu yang turut membantu menyelesaikan skripsi ini.

Penulis menyadari bahwa penyusunan skripsi ini masih belum sempurna. Oleh karena itu kritik dan saran yang bersifat membangun sangat penulis harapkan guna tercapainya kesempurnaan skripsi ini. Akhirnya dengan segala kerendahan hati, penulis berharap semoga hasil penelitian ini dapat bermanfaat baik bagi kalangan akademis, khususnya bagi mahasiswa farmasi, masyarakat pada umumnya dan bagi dunia ilmu pengetahuan.

Jakarta, Desember 2011

Penulis

vi

DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL ............................................................................................ i LEMBAR PERSETUJUAN SKRIPSI ............................................................... ii LEMBAR PENGESAHAN SKRIPSI ............................................................... iii LEMBAR PERNYATAAN ................................................................................ iv KATA PENGANTAR .......................................................................................... v DAFTAR ISI ........................................................................................................ vii DAFTAR TABEL ............................................................................................... ix DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ x DAFTAR LAMPIRAN ....................................................................................... xi ABSTRAK ........................................................................................................... xii ABSTRACT ........................................................................................................ xiii BAB I

PENDAHULUAN ................................................................................ 1 1.1 Latar Belakang ................................................................................. 1 1.2 Rumusan Masalah............................................................................ 3 1.3 Hipotesis .......................................................................................... 3 1.4 Tujuan Penelitian ............................................................................. 4 1.5 Manfaat Penelitian ........................................................................... 4

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA ...................................................................... 5 2.1 Daging Babi ..................................................................................... 5 2.2 Organel Sel ...................................................................................... 5 2.3 Protein dan Asam Nukleat ............................................................... 7 2.4 DNA................................................................................................. 8 2.4.1 Struktur dan Sifat Kimia DNA .............................................. 8 2.4.2 Sifat Fisika DNA .................................................................. 10 2.4.3 Fungsi DNA .......................................................................... 10 2.4.4 Isolasi DNA .......................................................................... 10 2.5 DNA Mitokondria........................................................................... 12 2.6 PCR................................................................................................. 14 2.6.1 Komponen PCR .................................................................... 15 2.6.2 Tahapan PCR ........................................................................ 19 2.7 Real-time PCR ................................................................................ 21 2.8 Elektroforesis Gel ........................................................................... 23 2.9 Daging Burger ................................................................................ 26

BAB III METODOLOGI PENELITIAN........................................................ 27 3.1 Alur Penelitian ................................................................................ 27 3.2 Waktu dan Tempat.......................................................................... 27 3.3 Alat dan Bahan ............................................................................... 28 3.3.1 Alat ....................................................................................... 28 3.3.2 Bahan .................................................................................... 28 3.4 Tahapan Penelitian ......................................................................... 29 3.5 Prosedur Kerja ................................................................................ 29

vii

3.5.1 Pengumpulan Sampel ........................................................... 29 3.5.2 Isolasi DNA dengan DNA Purification ................................ 29 3.5.3 Elektroforesis ........................................................................ 30 3.5.4 Dokumentasi Gel .................................................................. 31 3.5.5 Amplifikasi PCR dengan real time PCR .............................. 31 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN........................................................... 33 4.1 Hasil ................................................................................................ 33 4.1.1 Isolasi Genom ....................................................................... 33 4.1.2 Uji Cemaran DNA Babi pada Sampel .................................. 34 4.2 Pembahasan .................................................................................... 35 BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN........................................................... 43 5.1 Kesimpulan ..................................................................................... 43 5.2 Saran ............................................................................................... 43

DAFTAR PUSTAKA .......................................................................................... 44 LAMPIRAN ......................................................................................................... 49

viii

DAFTAR TABEL Tabel 1. Tabel 2. Tabel 3. Tabel 4. Tabel 5.

Perbandingan sel eukariotik dan prokariotik ......................................... 6 Kisaran umum ukuran DNA ................................................................. 24 Susunan basa primer dan probe untuk sapi dan babi ............................ 28 Program amplifikasi PCR ..................................................................... 32 Campuran reaksi mastermix ................................................................. 55

ix

DAFTAR GAMBAR Gambar 1. Gambar 2. Gambar 3. Gambar 4. Gambar 5. Gambar 6. Gambar 7. Gambar 8. Gambar 9. Gambar 10. Gambar 11. Gambar 12. Gambar 13. Gambar 14. Gambar 15. Gambar 16. Gambar 17. Gambar 18. Gambar 19. Gambar 20. Gambar 21. Gambar 22. Gambar 23. Gambar 24. Gambar 25.

Sel eukariotik dan prokariotik ........................................................... 6 Struktur basa nitrogen purin dan pirimidin. ...................................... 8 Struktur double helix DNA. .............................................................. 9 Struktur mtDNA. .............................................................................. 13 Siklus PCR. ...................................................................................... 21 Bentuk kurva pada real-time PCR. ................................................... 22 Interkalasi etidium bromida pada DNA. .......................................... 26 Skema alur penelitian. ...................................................................... 27 Hasil elektroforesis DNA yang diisolasi dari kontrol pembanding dan sampel. ...................................................................................... 33 Kurva Real-time PCR yang menunjukkan hasil amplifikasi menggunakan primer spesifik sapi. ................................................. 34 Kurva Real-time PCR yang menunjukkan hasil amplifikasi menggunakan primer spesifik babi. ................................................. 34 BLAST primer dan probe sapi. ........................................................ 50 BLAST primer dan probe babi. ........................................................ 50 Pengaturan subset editor................................................................... 57 Pengaturan sample editor. ................................................................ 57 Hasil abs.quant real-time PCR menggunakan primer dan probe spesifik sapi. .................................................................................... 58 Hasil abs.quant real-time PCR menggunakan primer dan probe spesifik babi. .................................................................................... 58 Satu set alat DNA Purification. ........................................................ 61 Satu set alat elektroforesis. ............................................................... 61 Gel Documentation. ......................................................................... 61 Satu set alat real-time PCR............................................................... 61 Alat-alat dispossible. ........................................................................ 62 Mikro pipet. ...................................................................................... 62 Timbangan analitik........................................................................... 62 Spetrofotometer Nano Drop. ............................................................ 62

x

DAFTAR LAMPIRAN Lampiran 1. Hasil konsentrasi dan kemurnian DNA kontrol dan DNA sampel. 49 Lampiran 2. Hasil BLAST berdasarkan informasi database NCBI melalui software Geneious 4.6.1 ................................................................ 50 Lampiran 3. Hasil alignment primer yang digunakan dengan berbagai spesies babi melalui software Geneious 4.6.1 ........................................... 51 Lampiran 4. Membuat larutan induk primer dan probe ...................................... 54 Lampiran 5. Campuran reaksi master mix untuk amplifikasi DNA ................... 55 Lampiran 6. Perhitungan temperatur annealing .................................................. 56 Lampiran 7. Pengaturan subset editor dan sample editor ................................... 57 Lampiran 8. Tampilan software Light Cycler 480® SW 1,5 .............................. 58 Lampiran 9. Tampilan report analysis PCR dengan primer spesifik babi .......... 59 Lampiran 10. Alat-alat yang digunakan dalam penelitian .................................... 61

xi

ABSTRAK

JUDUL : ANALISIS CEMARAN DAGING BABI PADA PRODUK BURGER SAPI YANG BEREDAR DI WILAYAH CIPUTAT MELALUI AMPLIFIKASI DNA MENGGUNAKAN REALTIME PCR Kehalalan merupakan isu yang menjadi perhatian utama industri makanan dan diantara isu tersebut adalah cemaran daging babi pada beberapa produk makanan. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi cemaran daging babi pada produk daging sapi menggunakan real-time PCR. DNA genom babi, sapi dan enam sampel burger sapi diisolasi dengan mesin purifikasi DNA kemudian diamplifikasi menggunakan sepasang primer spesifik DNA babi dan sapi pada daerah mitokondria sitokrom b. Amplifikasi dilakukan sebanyak 40 siklus dengan suhu denaturasi 95 0C selama 15 detik dan annealing pada suhu 60 0C selama 1 menit. Hasil kurva amplifikasi real-time PCR menggunakan primer spesifik babi, menunjukkan bahwa kontrol positif teramplifikasi dengan nilai CP 15,17 sedangkan kontrol negatif dan enam sampel burger sapi tidak teramplifikasi. Kata kunci: Halal, burger sapi, purifikasi DNA, real-time PCR.

xii

ABSTRACT

TITLE : ANALYSIS CONTAMINATION OF PORK IN BEEF BURGER WHICH DISTRIBUTED IN CIPUTAT AREA THROUGH AMPLIFICATION DNA USING REAL-TIME PCR

Halal authenticity is an issue of major concern in the food industry and it is related to the porcine contamination at such of food productions. This study was conducted to identify the contamination of pork in beef meats product using real-time PCR. Genomic DNA of pork, beef and six beef burgers samples were isolated by DNA purification machines then amplification is worked by using pair of porcine and bovinespecific primers which in the area of mitochondrial DNA cytochrome b. The amplification processed 40 cycles with denaturation of 95 0C in 15 minutes and 1 minute of 60 0C annealing. The result of real-time PCR amplification curve using specific primers porcine showed that the positive control was amplified with the value of CP 15.17 while the negative control and 6 samples of beef burgers are unamplified. Keyword: Halal, beef burger, DNA purification, real-time PCR.

xiii

BAB I PENDAHULUAN

1.1

Latar Belakang Babi merupakan hewan yang secara keseluruhan diharamkan untuk dikonsumsi oleh umat Islam (Q.S Al-Baqarah : 173, Al-An’am : 145, AlMaidah : 3 dan An-Nahl : 115). Indonesia merupakan negara dengan mayoritas masyarakat beragama Islam sehingga menjadi kewajiban negara untuk memperhatikan kehalalan makanannya dari campuran daging babi. Pada era perdagangan global, dimungkinkan terjadinya impor bahan makanan dalam bentuk olahan atau mentah dari negara lain ke Indonesia tanpa melalui pengujian. Sejumlah produk telah disertifikasi halal oleh MUI termasuk produk pangan daging. Namun masih ditemukan beberapa kasus pencampuran daging babi pada produk daging sapi olahan. Tujuan pencampuran tersebut untuk menghasilkan produk akhir dengan harga yang relatif lebih murah dibandingkan jika menggunakan bahan aslinya, mengingat harga daging sapi terus meningkat (Margawati, 2010). Pada September 2009 ditemukan kasus pencampuran daging babi dalam daging sapi di pasar tradisional Ibuh, kota Payakumbuh, Sumatera Barat (Sholeh, 2009). Kandungan daging babi juga ditemukan dalam dendeng sapi di kota Malang dan Jawa Timur (Irawati, 2009). Selain beredar di Kota Malang, lima produk dendeng sapi yang mengandung babi juga beredar di Bogor, Bandung, Surabaya, dan Bali (Sucipto, 2009;

1

2

Muslichan, 2009). Hal tersebut tentunya sangat meresahkan penduduk Indonesia yang sebagian besar adalah muslim. Dewasa ini kemajuan teknologi telah mengalami peningkatan di bidang biologi molekuler. Teknologi tersebut dapat diaplikasikan dan mempermudah pengujian akan adanya kontaminasi bahan lain diluar bahan aslinya. Sep...