Guía MEGA7 - Tutorial para utilización de software MEGA 7. PDF

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Tutorial para utilización de software MEGA 7....

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Universidad Autónoma de Baja California Sur Área de Conocimiento de Ciencias del Mar y de la Tierra Departamento Académico de Ciencias Marinas y Costeras Análisis genético MEGA7 La Paz, B.C.S. 2018 De forma inicial, se descargó e instaló la aplicación MEGA7. Para comenzar la práctica se entró a la página web de GenBank y se buscó (en el apartado PopSet) y descargó (en formato FASTA) un estudio con secuencias de una especie de interés, posteriormente se inició el programa y se dio click en la opción “Edit/Build Alignment” de la pestaña “Align” (Fig. 2) escogiendo la opción “Retrieved sequences from a file” (Fig. 3) o incluso directamente desde los documentos (Fig. 4).

Figura 1. Estudio de interés en GenBank.

Figura 2. Abriendo archivo desde MEGA7.

Figura 3. Abriendo archivo desde MEGA7: “Retrieve sequences from a file”.

Figura 4. Opción de abrir archivo desde documentos. Además de la opción “Retrieve sequences from a file” “Retrieve sequences from a file” se puede incluso crear una alineación con la opción “Create a new alignment” (Fig. 5) y escogiendo tu tipo de datos (Fig. 6), abriéndose una pestaña nueva como resultados (Fig. 7).

Figura 5. Creando nueva alineación.

Figura 6. Escogiendo tipo de datos.

Figura 7. Pestaña creada para alineación. Se abre una nueva pestaña como resultado de cargar el archivo previamente descargado (Fig. 8). Una de las opciones es buscar directamente esta secuencia en BLAST (“BLAST selected sequence”) (Fig. 9), abriendo la página web desde el programa (Fig. 10).

Figura 8. Pestaña de secuencias descargadas.

Figura 9. Seleccionando la opción “BLAST selected sequence”.

Figura 10. Página web BLAST. Posteriormente, se seleccionaron todas las secuencias resultantes con la opción “Select all" de la pestaña “Edit” (Figs. 11 y 12), además se alinearon con la opción “Align by Muscles” de la pestaña “Alignment” (Fig. 13), abriéndose otra pestaña (Fig. 14) donde se cambian los números en amarillo cuando se utiliza RNA o proteínas, pero al usarse DNA se dejaron igual, por otra parte, el GAP siempre debe ser igual o menor a 0 y UPGMB son los algortimos para hacer la alineación.

Figura 11. Seleccionando todas las secuencias.

Figura 12. Secuencias seleccionadas.

Figura 13. Alineación mediante “Align by Muscle”.

Figura 14. Pestaña para llevar a cabo la alineación. Finalmente, se dio click en la opción “Compute” (Fig. 15), realizándose el procesamiento (Fig. 16) y dando como resultado la alineación de las secuencias (Fig. 17) donde se pueden observar mutaciones (SNP’s) (Fig. 18) e incluso se pueden borrar los GAP del principio o final con la herramienta “Delete selected block” (Fig. 19).

Si se desea ver que tan parecidos/lejanos son los individuos que estas analizando se utiliza la herramienta «Toggle Conserved Sites» de la pestaña «Display» (Figs. 20 y 21). Los datos se pueden guardar con la opción “Export Alignment” escogiendo formato MEGA, FASTA o NEXUS/PAUP. (Fig. 21).

Figura 15. Dando click a “Compute”.

Figura 16. Procesando alineación.

Figura 17. Alineación resultante.

Figura 18. Sitio de mutación.

Figura 19. Opción “Delete selected blocks”.

Figura 20. Seleccionar herramienta “Toggle Conserved Sites”.

Figura 21. Resultados herramienta “Toggle Conserved Sites”. Por otra parte, existe la opción de hacer un análisis filogenético con la herramienta “Phylogenetic Analysis” de la pestaña “Data” (Fig. 22), confirmando al seleccionar “Yes” (Fig. 23).

Figura 22. Análisis filogenético.

Figura 23. Pestaña de confirmación. Después de ello se cerraron las ventanas y se dio click en la opción “T-A” (Fig. 24) dando como resultado una nueva ventana (Fig. 25) donde sólo se recontruyó la evolución del gen en el grupo pero no su relación evolutiva.

Figura 24. Opción T-A.

Figura 25. Pestaña resultante de opción T-A. Por último, se puede realizar un árbol filogenético con la herramienta “Phylogeny” (en la pestaña “Analysis”), dando como opciones distintos árboles como: Máxima verosimilitud, Unión de vecinos y Mínima evolución, aunque falta el Bayesiano (Fig. 26).

Figura 26. Selección árbol filogenético.

Al dar click se abre una ventana para seleccionar los datos que se van a utilizar (Fig. 27) y otras opciones donde al dar click en “Compute” (Fig. 28), se observa el procesamiento (Fig. 29) y, finalmente, un árbol filogenético (Fig. 30). A este se le pueden cambiar los tipos de conexiones (Fig. 31) y los nombres (al dar doble click sobre el mismo) (Fig. 32). Ya con el árbol filogenético listo (con las conexiones y nombres deseados) (Fig. 33), se guarda como PDF en la pestaña “Image” con la herramienta “Save as PDF file” (Fig. 34).

Figura 27. Seleccionando datos para árbol filogenético.

Figura 28. Opciones árbol filogenético.

Figura 29. Procesamiento árbol filogenético.

Figura 28. Árbol filogenético resultante.

Figura 31. Tipos de conexión para árbol filogenético.

Figura 32. Cambiando nombre en árbol filogenético.

Figura 33. Árbol filogenético ya con las modificaciones deseadas.

Figura 34. Guardando árbol filogenético....