Microbio PDF

Preview

Summary

Download Microbio PDF

Description

Notions de microbiologie générale Journée des correspondants en hygiène débutants du 20-11-2015 Dr J GAGNAIRE-Unité d’hygiène inter-hospitalièreService des Maladies infectieuses

Différents agents infectieux • • • • •

les bactéries les virus les champignons les parasites (Les prions=ATNC=Agents Transmissibles Non Conventionnels )

Notions de microbiologie et d’échelle

Structure d’une bactérie

Formes des bactéries cocci

bacille

Forme spiralée

Coloration différentielle: coloration de Gram bactéries Gram + colorées en violet bactéries Gram - en rose

EXAMEN DIRECT

Cocci à Gram + en amas

Cocci à Gram + en chainette

Cocci à Gram + en diplocoques

Cocci à Gram en diplocoques, en grains de café

(staphylocoques)

(streptocoques)

(pneumocoque = streptocoque)

(Neisseria spp.)

Au total • Cocci Gram + -Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque etc… • Cocci Gram – -Ex : méningocoque, gonocoque etc… • Bacille Gram + -Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc… • Bacille Gram -Ex : entérobactéries, pseudomonas etc… • Autres bactéries : -Ex : mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis)-bactéries atypiques : mycoplasme, chlamydia…-

Les bactéries multi résistantes aux ATB =BMR Les bactéries émergentes hautement résistantes aux ATB=BHRe BMR les + fréquentes, résistantes par différents mécanismes + ou – transférables entre bactéries, résistances aux ATB acquises (≠naturelles) : • SARM = BMR • Entérobactéries résistantes aux C3G (production de BLSE) = BMR • Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (production de carbapénémases)= BHRe • Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) = BHRe

ER+PCC chez patients avec FR d’acquisition de BHRe (rapatriement, hospitalisation étranger dans les 6 mois…)

Structure d’un virus et « mode de vie » -Génome : ARN ou ADN -Capside protéique : cubique ou hélicoidale -Enveloppe CLASSIFICATION 1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur Le virus nécessite pour son développement un parasitisme intracellulaire absolu Absence de croissance, structure définitivement organisée

Principaux virus rencontrés A- Virus respiratoire Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial), Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole... B- Virus entériques Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A… C- virus cutanés Herpes, Varicelle … D- Virus du sang et des tissus Hépatite B, Hépatite C, HIV…

Différentes techniques de diagnostic microbiologique pour les agents infectieux • Cultures : ++ bactéries • Recherche d’antigène (ex : recherche Ag streptocoque A) • Recherche d’anticorps = sérologies • Mise en évidence du génome (ex : PCR )

Culture bactériennes (besoins en nutriments, en oxygène ou non (aérobie/anaérobie-…), facteurs de croissance, 37°C ou 30°C…)

Autres agents infectieux • les champignons : microscopiques (levures : candida, moissures : aspergillus, penicillium…)

• les parasites : ectoparasites et endoparasites

• (Les prions) : conversion d’une protéine ?

Flore microbienne (=microbiote) Ensemble des micro-organismes présents en un site donné. Essentiellement des bactéries et champignons. La contamination par des agents infectieux peut être limitée par cette flore

Distinction selon l’habitat • Micro-organismes commensaux : (latin mensa : table) résidents habituels de la peau et des muqueuses des animaux et des êtres humains = flore humaine. • Micro-organismes saprophytes : (grec sapros : fumier) résidents habituels de l’environnement (terre, eau) se nourrissent de la matière organique en décomposition = flore environnementale =notion de flore transitoire (flore environnementale + d’autres individus)

/cm2 de peau

/g de selles

1014 bactéries versus 1013 cellules dans le corps humain !

La flore cutanée • Répartition hétérogène sur la peau : - Bactéries aérobies : couches superficielles. (Genres staphylococcus, corynebacterium - Bactéries anaérobies : follicules pileux, glandes sébacées (Propionibactérium acnes

• Répartition hétérogène dans la population : - Staphylococcus aureus : 19 à 40% de la population.

La flore du tube digestif • Estomac : acidité +++ (pH=2), peu de germes. • Intestin : présence ++ à partir de l’iléon terminal, environ 400 espèces différentes, variation liée à l’alimentation. • Entérobactéries +++, Anaérobies strictes ++ … • Fonctions majeures : métabolisme, barrière contre les autres pathogènes

Mais aussi… • • • •

La flore nasale La flore buccale La flore vaginale La flore des voies aériennes

Distinction selon la pathogènicité Bactéries pathogène spécifiques : à l’origine d’une maladie infectieuse bien déterminée • Virulence+++ • Contagiosité+++ • communautaire>>nosocomiale Bactéries : tuberculose, typhoide Virus : grippe, hépatite, rotavirus

Distinction selon la pathogènicité Bactéries pathogène opportunistes : (= non pathogènes), normalenent présentes dans la flore humaine mais qui lors d’une immunodépression deviennent pathogènes.

Pathogènes commensaux opportunistes • Réservoir : flores humaines • Virulence variable (Staphylocoque doré >>staphylocoque blanc) • Non contagieux mais transmission possible entre individus (manuportée ++) • Origine : nosocomiale>>communautaire • Microorganismes : Bactérie : staphylocoque doré, pneumocoque, colibacille… Champignon : candida

Pathogènes saprophytes opportunistes • Réservoir : environnement : eau/air • Virulence faible • Non contagieux mais transmission possible par contamination par l’environnement • Origine : nosocomiale>communautaire (rare) • Microorganismes : Bactérie : légionnelle Champignon : aspergillus

Notion de pathogénie pour l’homme Niveau d’agressivité du micro-organisme. Fragilité du patient Pénétration par la bonne porte d’entrée (ex : le virus de la grippe = porte d’entrée aérienne, si on mange le virus on ne craint rien).

Quantité de microorganismes (inoculum)

Chaîne de transmission épidémiologique Transmission : • Contact Réservoirs :

•Aérien :

• Humain

•Gouttelettes

• Environnement

•Aéroporté

Hôte récepteur

Réservoirs des agents infectieux • l'homme • l'animal • l'environnement (eau, air, surfaces) d’où notions origines « endogène » ou « exogène »

Modes de transmission • par contact (directs ou indirects) • par voie aérienne (gouttelettes, aérosols) • par l'intermédiaire de vecteurs (ex : insectes)

MERCI DE VOTRE ATTENTION...