Práctica SNPs Práctica SNPs PDF

Preview

Summary

Práctica SNPsPráctica SNPsvPráctica SNPsPráctica SNPsPráctica SNPsPráctica SNPsPráctica SNPsPráctica SNPsPráctica SNPs...

Description

PRÀCTICA Nous recursos genòmics per estudiar la variació en poblacions humanes

dbSNP

La dbSNP (Single Nucleotide Polimorphism data base) és una base de dades del NCBI (National Center for Biotechnology Information) d’accés obert. dbSNP conté informació sobre variacions o polimorfismes d’un sol nucleòtid al genoma humà (microsatèl·lits i insercions i supressions a petita escala) juntament amb publicacions, freqüència poblacional, conseqüència molecular i informació de mapeig genòmic (posició física de la variació) i RefSeq (seqüències de referència), tant per a variacions comuns com per a mutacions clíniques. L’objectiu d’aquesta pràctica és que us familiaritzeu amb aquesta base de dades i aprengueu a usar-la i interpretar els resultats.

Exercici 1

El seu accés es : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/

Com buscar a dbSNP?. Hi ha una sèrie de comandaments que ens permeten buscar els SNPs sense filtre, buscar l’SNP de referència, dins d’un gen, segons la localització al cromosoma o la posició concreta dins la seqüencia de DNA (numero de base) segons la seva patogenicitat o no, fins i tot segons la freqüència al·lèlica. A la taula inferior trobeu els comandaments que heu d’introduir a la cerca segons la informació que vulgueu cercar. Aneu provant d’una en una cada opció 1-6 per a familiaritzar-vos amb el cercador. Investigueu l'ús de la cerca de tipus "advanced".

1) Tots els SNPs de la dbSNP (despres es pot filtrar el resultat) 2) dbSNP RefSNP ID [uid]

all[sb] apareixen tots cadascun te un id rsnúmero

3) Gen

Gene symbol PTEN[Gene Name] or gene ID 4023[Gene_ID] 6[Chromosome] AND (1500000:3000000[Base Position] ) "pathogenic"[Clinical Significance]) OR "likely pathogenic"[Clinical Significance] 00000.0010:00000.0100[GLOBAL_MAF]

4) Localització genòmica d’una posició o un rang de posicions 5) Significancia Clínica 6) Global or study-wide minor allele frequency (GMAF) d’una frequencia simple o d’un rang (Noteu que les freqüències porten sempre 5 zeros davant) Exemple per 0.001 and 0.01)

rs: 300; Multiple rs 300,226,200

Una vegada familiaritzats amb el cercador, responeu les següents preguntes: 1. Quants SNPs existeixen registrats en el genoma humà? 2. Busqueu el SNP amb ID 328 i: a.Empleneu els següents camps: -Organisme: -Posició al genoma (cromosoma i nucleòtid) -Al·lels (forma normal i forma polimòrfica) -Tipus de variació -Gen i conseqüencia funcional -Significança clínica b.Per a aquest ID ,el MAF de la base de dades de 1000 Genomes és G=0.092452/463. Definiu què és MAF i interpreta aquest resultat. 3. Busqueu el símbol del gen o l’ID de la glucokinase per humans al NCBI i responeu les següents preguntes: a.Quants SNPs hi ha per a aquest gen? b. D'aquests SNPs, quants tenen una significança clínica de patogènic?

4.Què SNP es troba en el cromosoma 10 i en la base 74176658? Quin és el seu al·lel polimòrfic? 5.Quants SNPs podeu trobar que tinguin una significança clínica de resposta a medicaments i que es trobin en el cromosoma 11 o en cromosoma 12? Atès que la cerca solament la podeu fer en un pas, descriviu com els heu buscat en el Builder de Advanced Search. Considereu que no podeu obtenir un resultat superior al número de SNPs total que hi ha per a una significança clínica de resposta a medicaments. 6. Busqueu tots els SNV del cromosoma 12 que tinguin una significança clínica patogènica i responeu a les següents preguntes: a.Quants SNV existeixen? b.Quins són els tipus de funcions que tenen aquests SNVs? c.Quants d'aquests SNVs són variants del codó d'iniciació? d.Quants d'aquests SNVs són variants de transcrits que no es tradueixen a proteïna i tenen un rang de MAF de 0.08 i 0.8?

ClinVar

ClinVar és una base de dades d'accés lliure on es relaciona la informació sobre variació genètica i fenotips humans i la seva relació amb la salut i patologia humana. Així, ClinVar facilita l'accés i la comunicació sobre les relacions que es troben entre la variació genètica humana, l'estat de salut observat i la història d'aquesta interpretació. ClinVar processa les presentacions d'informes que es troben en mostres de pacients, afirmacions fetes sobre la seva importància clínica, informació sobre l'enviador i altres dades de suport. Els al·lels descrits és mapegen a seqüències de referència. ClinVar presenta les dades per a tots els usuaris.

Exercici 2

Accés directe a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

Busqueu en ClinVar la informació relacionada amb la variació que té l'ID 36200 i responeu a les següents preguntes: 1.Quin tipus de variació clínica té? 2.Quin tipus de variant és? 3.Quina és la seva localització genòmica i per què apareixen dues localitzacions genòmiques? 4.Aquesta variació, produeix algun tipus de canvi a nivell de seqüència de proteïna? Si fos així, quin canvi és est? 5.A què es deu que el seu estat de revisió tingui dues estrelles? Què es necessitaria per a tenir 3 o 4 estrelles? 6.Amb quina mena de malaltia està relacionada aparentment aquesta variant? 7. A quin gen pertany aquest ID? 8.Té aquest gen dins d'ell més variants? 9.De la resta de variants que té aquest gen, dins de les quals tenen dues estrelles: a.Quines són les conseqüències moleculars que tenen i defineix-les breument b.Quin és l'origen de l'al·lel d'aquelles que són solament patogèniques? c.Quins aminoàcids són els que canvien en les variacions missense? d.Com s'interpreta la variació del lloc splite? e.Aquest splicing a quina variació de transcrit dóna lloc? f.Existeix alguna diferència de grandària a nivell de proteïna entre la variant original i aquest nou transcrit?...