Presentation Rstudio,Rcommander PDF

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TD de Presentation Rstudio,Rcommander...

Description

Introduction au logiciel d’analyse statistique R : Prise en main du logiciel R via l’environnement Rstudio et Rcommander

Annexe : Base de données Initiation.csv 1. Présentation du logiciel R Le logiciel R est un logiciel de statistiques qui est à la fois un langage informatique et un environnement de travail. Ce logiciel sert à manipuler des données, à tracer des graphiques et à faire des analyses statistiques sur ces données. R est un logiciel gratuit et à code source ouvert ( open source). Il s’est développé dans la mouvance des logiciels libres et fonctionne sous Windows, Mac et linux. Tout le monde peut contribuer à son amélioration en y intégrant de nouvelles fonctionnalités ou de méthodes d’analyse qui n’ont pas encore été implémentées ce qui fait qu’il est en constante évolution. L’interface de R étant assez rudimentaire. Nous utiliserons le logiciel RStudio qui est un environnement de développement intégré pour R. Il fournit un environnement de travail agréable avec une interface structurée autour d’une barre de menu et de diverses fenêtres. Nous utiliserons également l’interface Rcommander qui est un package de R qui permet une utilisation « presse boutons » de R. 2. Installation de R et RStudio et Accès à Rcommander a. Installation R : Pour une installation sous Windows il faut cliquer sur le lien suivant: https://cran.univparis1.fr/bin/windows/base/ puis télécharger « Download R 3.3.1 for Windows ». Lors du processus d’installation, installer la version correspondant à votre système d’exloitation windows( 64bits ou 32bits)1 Pour une installation sous Mac OS , il faut cliquer sur le lien suivant https://cran.univparis1.fr/ puis cliquez sur « Download R for Mac » puis télécharger R-3.3.1.pkg. Il faut nécessairement installer R pour pouvoir installer Rstudio. Dans le cadre de ces travaux dirigés nous n’utiliserons pas l’interface R mais celle de Rstudio. b. Installation de Rstudio : Une fois R correctement installé, il faut aller sur : https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/, choisissez l’installateur correspondant à votre système d’exploitation et suivez les instructions du programme d’installation.

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Pour connaitre votre système d’exploitation : Panneau de configuration\Système et sécurité\Système

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L’interface Rstudio : A l’ouverture du logiciel l’interface Rstudio présente les 3 fenêtres suivantes.

Une quatrième fenêtre peut être ajoutée. Cette quatrième fenêtre est très utile. Elle donne la possibilité d’écrire un script sur le programme que l’on souhaite effectuer en y intégrant les commandes utilisées et les commentaires que l’on souhaite écrire. Ce script est très important car il permet lorsque l’on reprend le programme d’avoir une trace de ce que l’on a effectué et donne la possibilité de relancer les instructions. Cette quatrième fenêtre permet également de voir les données. Ouvrir un script : FileNewFileRscript . Pour afficher les données : Cliquer sur les données dans l’onglet Environnement et un onglet apparait à coté du Rscript. c. Accéder à Rcommander/Procédure pour installer des packages Le package Rcommander permet aux débutants sur le logiciel R d’effectuer des analyses statistiques poussées sans avoir à connaitre les commandes statistiques R nécessaires pour générer le code. Pour avoir accès à Rcommander, il faut télécharger plusieurs packages. Cliquer sur Install dans l’onglet Packages de Rstudio puis installer le package Rcmdr. Refaire la même opération pour installer le package RcmdrMisc. Les packages sont désormais disponibles dans l’onglet Packages.

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Pour charger les deux packages, il faut cocher la case en face du package dans l’onglet Packages. Si un message d’erreur apparait, indiquant qu’un package et manquant pour charger ces packages, il faut effectuer la même procédure et installer les packages manquant. Lorsque l’installation est fonctionnelle, vous cochez la case du package Rmdr (cela revient à taper l’instruction library(Rmdr) dans la console R) une fenêtre supplémentaire apparait. A chaque nouvelle session il faudra charger le package Rcmdr pour avoir accès à Rcommander

La fenêtre R commander : -

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l’onglet Script R permet l’affichage des lignes de code générées par l’utilisation des différents menus et items. L’interface de Rcommander est une interface presse bouton mais le code est généré automatiquement dans le Rscript. Les instructions saisies dans cette zone sont exécutées lorsque l’on clique sur le bouton Soumettre . l’onglet R Markdown permet la création de documents au format Markdown mais nous n’utiliserons pas cette fonction.

Les résultats des instructions effectuées dans Rcommander sont présents dans la console de Rstudio.

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3. Premiers pas a. Définir un espace de travail. Avant de commencer un projet, il est important de définir un espace de travail pour le projet qui apparaitra dans l’onglet Files de Rstudio. Cet espace permettra de stocker les fichiers (script, données, résultats, graphiques) associés au projet. Chacun peut choisir de structurer cet espace de travail comme il le souhaite l’important est de s’y retrouver. Cet espace de travail sera également appliqué à Rcommander. Pour définir l’emplacement : Rstudio  Session  Set Working Directory Choose Directory Si vous regardez dans la console, vous pouvez voir la commande qui a permis de définir l’espace de travail : setwd("~/Nom") . Vous pouvez copier cette commande dans votre Rscript pour avoir une trace de votre programme et vous permettre lors de votre session de relancer votre programme.

b. Organisation de la session Chacun est libre de s’organiser comme il le souhaite mais à chaque session il est important d’avoir l’intégralité du script R (c’est votre programme) et également quelques commentaires pour pouvoir être en mesure de comprendre les instructions à la réouverture du script. Un bon programme est un programme qui peut être réutilisé et compris par un autre utilisateur. Avec Rstudio et Rcommander, vous disposez de 2 endroits pour écrire votre script. L’avantage du script sur Rstudio est qu’il est possible d’effectuer des commentaires. Toutes les instructions précédées du caractère # seront comprises comme des commentaires. Je vous conseille de copier les instructions effectuées dans le script de Rcommander dans le Rscript de Rstudio. Il est préférable d’utiliser Rcommander uniquement pour l’analyse statistique.

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c. Créer des données Pour créer un objet dans R, on utilise donc la syntaxe suivante: Nom.objet.a.creer...