Les agents infectieux : bactéries, virus, champignons, parasites, agents transmissibles non conventionnels PDF

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Les agents infectieux....

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UE 2.10 – Infectiologie, Hygiène Les agents infectieux : bactéries, virus, champignons, parasites, agents transmissibles non conventionnels

I. LES BACTERIES

2

A. C.

GENERALITES LA PAROI IDENTIFICATION BACTERIENNE

2 3 4

II.

LES VIRUS

5

A.

GENERALITES MULTIPLICATION DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

5 5 6

B.

B. C.

III.

CHAMPIGNONS

A.

6

MYCOSE SUPERFICIELLE MYCOSES DES MUQUEUSES C. MYCOSES PROFONDES D. DIAGNOSTIC

7 7 7 8

IV.

8

B.

LES PARASITES

V. LES PRIONS

8

Qu’est-ce qu’un agent infectieux ? Un agent infectieux (ou agent pathogène) est un agent biologique responsable d’une maladie infectieuse. La maladie infectieuse est la conséquence pathologique au niveau d’un tissu ou d’un organisme de la présence anormale et/ou de la réplication d’un agent infectieux. Elles peuvent être aigues ou chroniques, parfois associées au processus de cancérisation (papillomavirus, Epstein Barr virus, hépatite C). Les maladies infectieuses sont d’origine communautaire1 ou nosocomiale2. Colonisation = sans signe clinique d’infection Les agents infectieux sont : - Des organismes vivants : bactéries, champignons ou parasites complexes et protozoaires - « Parasites » moléculaires : un virus ou de prions. Les virus ne sont pas vivants mais, comme le prion qui n'est pas à proprement parler un microorganisme, ils ont des propriétés de type infectieuses avec des effets pathogènes. Les agents infectieux sont transmissibles par : - Interaction interhumaine : gouttelettes, air, contacts, sexuelle, transplacentaire - L’environnement : surface, nourriture, eau, matériel chirurgical - Les vecteurs : insectes et animaux

I.

Les bactéries a. Généralités

Ce sont des procaryotes, organismes vivant unicellulaire sans noyau et organites. Elles sont microscopiques, mesurant pour la plupart entre 0.5 et 5 micromètres (microns) → visibles qu’avec le microscope. On les observe en général au microscope optique ou microscope à balayage et à transmission. Eléments constants des bactéries : La paroi La membrane cytoplasmique Le cytoplasme Le génome composé d’ADN Des ribosomes assurant la synthèse des protéines

1 2

Contractées dans la communauté Contractées dans un établissement de santé

Eléments facultatifs des bactéries : Capsule (au-delà de la paroi) Flagelles Pili

b. La paroi C’est l’élément responsable de la forme de la bactérie et assure la protection de la cellule (pression osmotique). La forme est caractéristique d’un genre ou d’une espèce.

Cocci 1 à 2 µm

Ronde Diplocoques

Amas

Chainettes

Bacilles 1 à 10 µm

Allongée en bâtonnets Droites = Fusiformes

Incurvés = Vibrions

Spiralés = Spirilles

Il existe essentiellement deux types de paroi que l’on différencie par le test de Gram, une coloration : - Gram+ (colorée violet) : paroi constituée d’une épaisse couche de peptidoglycane - Gram- (colorée rose) : paroi constituée d’une fine couche de peptidoglycane recouverte d’une membrane externe.

Les antibiotiques peuvent passer les parois Gram+ mais pas forcément la membrane externe de la paroi Gram -.

Gram+

Cocci Gram-

• Si regroupés en amas : Staphylocoques (Staphylococcus aureus) • Si regroupés en chaînettes : Streptocoques (Streptococcus pyogenes)

Les Neisseria: Neisseria meningitidis (méningocoque) Neisseria gonorhoeae (gonocoque)

Gram+

Bacilles Gram-

• Si « Petits » : Listeria Entérobactéries : monocytogenes • Si « Gros » : Bacillus -Escherichia coli anthracis -Klebsiella pneumoniae -Pseudomonas aeruginosa (environnement humide, responsable d’infection nosocomiale)

Remarque : Il existe un autre modèle de paroi, les mycobactéries (structures Gram+ mais ne se voit pas avec la coloration Gram, il faut la coloration Zieli-Neelsen), riche en acides gras. Bactérie Mycobacterium tuberculosis responsable de la tuberculose

c. Identification bactérienne Le prélèvement est ensemencé sur des géloses. - Etude de l’aspect des colonies - Etude de la respiration : aérobie stricte, aérobie-anaérobie, anaérobie stricte  Permet l’identification de la bactérie Multiplication bactérienne : Duplication du chromosome (2), accroissement de la cellule et séparation du chromosome dupliqué (3), scissiparité (4), 2 cellules filles identiques à la cellule mère (5). L’identification est effectuée en utilisant des milieux de culture dont la composition permet de mettre en évidence une activité enzymatique. L’activité fermentaire est révélée avec un milieu type contenant un sucre, un indicateur coloré des changements de pH. La fermentation du sucre entraîne un abaissement du pH et donc un changement de couleur de l'indicateur coloré. On va pouvoir dire qu’elle utilise tel sucre car l’indicateur passe de telle couleur à telle couleur, qu’elle n’utilise pas tel sucre car l’indicateur ne change pas de couleur. On regarde ensuite dans un livre de code quelle est la bactérie étudiée. Etude de la sensibilité aux antibiotiques : Parallèlement à l’identification, on fait une confirmation par antibiogramme : La colonie bactérienne est mise dans de l’eau → suspension des bactéries, puis on verse cette eau sur une gélose nutritive

(boite d’antibiogramme). Puis on dépose des disques d’antibiotiques (chaque disque contient une quantité d’antibiotiques). Près du disque la concentration en antibiotiques est élevée, loin du disque elle est moins élevée. Les bactéries vont pousser jusqu’à la concentration d’antibiotique qui ne leur permet plus de se multiplier (si l’antibiotique est efficace). Le diamètre du disque (où la bactérie ne pousse plus) permet de dire si la souche est sensible ou non. Il faut au moins 48h pour tester les échantillons et avoir l’antibiogramme par cette méthode classique. Pour raccourcir ce temps on peut utiliser des automates d’identification et de sensibilité aux antibiotiques. Ils sont plus sensibles, effectuent des mesures photométriques en continu et identifient les principales bactéries isolées en pratique médicale en moins de 5 heures. Dans des situations cliniques limitées, les méthodes de biologie moléculaire peuvent améliorer le diagnostic bactériologique. On peut avoir recourt aux méthodes moléculaires comme la PCR (Polymerase Chain Reaction) pour identifier des séquences bactériennes (de l’ADN).

II.

Les virus a. Généralités

Ce n’est pas un être vivant, ni un organisme ni un micro-organisme. Un virus est une particule microscopique qui peut infecter les cellules d’un organisme biologique. Les virus sont composés du matériel génétique qui se trouve dans une coquille de protéine appelée capside. Il possède un seul type d’acide nucléique : ADN ou ARN. Il utilise la machinerie cellulaire de l’hôte pour pouvoir se répliquer. La capside protège le génome (capside + génome = nucléocapside). Il existe différentes formes de capside, caractéristique du virus. En plus de la capside, il peut y avoir une enveloppe ou péplos qui entoure la capside. Si le virus en possède une, on l’appelle virus enveloppé, caractéristique de certains virus. La présence ou l’absence d’enveloppe règle en grande partie le mode de transmission des maladies. Rôles des capsides et enveloppe : - Protection du matériel génétique - Résistance - Pouvoir pathogène - Antigénicité : induction des anticorps neutralisants - Infectiosité : interaction avec les récepteurs Les virus nus sont plus résistants car les virus enveloppés ont besoin de l’enveloppe pour vivre or les enveloppes sont plus fragiles que la capside.

b. Multiplication Elle consiste en l’introduction du génome viral dans une cellule et c’est elle qui va fabriquer les nouveaux virus, selon un procédé de biosynthèse que l’on appelle la réplication. 1_Phase d’attachement = adsorbsion de la surface virale sur les récepteurs de la surface cellulaire par : - Des protéines de la capside pour les virus nus - Des glycoprotéines de l’enveloppe pour les virus enveloppés 2_Pénétration : - le virus pénètre à l’intérieur de la cellule par endocytose pour les virus nus

_______- fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cytoplasmique pour les virus enveloppés. La fusion est suivie d’une lyse par formation d’un pore qui s’élargit et laisse passer la capside dans le cytoplasme. 3_Décapsidation : les structures virales sont ensuite dégradées à l’exception du génome qui se trouve libéré. 4_Réplication : Le génome viral libéré « gouverne » les synthèses dans la cellule. Celle-ci va produire des virus. C’est-à-dire qu’elle va faire des copies du génome viral, des répliques de protéines virales, protéines de capside et glycoprotéines de péplos pour les virus à péplos. 5_Assemblage : Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s’entourent de nouve lles protéines virales fabriquées par la cellule. Cet emballage est l’encapsidation des génomes qui aboutit à la formation de nouveaux virus. Une cellule produit de l’ordre de 100 à 1000 virus. 6_Libération Ces nouveaux virus sont relargués hors de la cellule par éclatement pour les virus nus ou par bourgeonnement pour les virus à péplos. C’est lors du bourgeonnement que les virus à enveloppe reçoivent leur enveloppe.

c. Diagnostic virologique On réalise des diagnostics indirects par détection d’anticorps viraux en faisant des sérologies. Sinon techniques moléculaires.

III. Champignons Il existe deux types de champignons, les levures qui bourgeonnent et les champignons qui filamentent. On les classe selon la localisation :  Mycoses3 superficielles (peau et phanères) dues :  Levures : Candida albicans, Malassezia  Dermatophytes : Microsporon, Trichophyton  Mycoses des muqueuses :  Levures : Candida albicans  Mycoses profondes :  Cosmopolites : Cryptococcus (levure), Aspergillus (nosocomiale), Candida albicans  Exotiques : Histoplasma (levure)

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Infection due aux champignons

a. Mycose superficielle • Provoquées par le genre Malassezia : taches foncées et squameuses sur peau claire ou taches claires sur peau noire. Pour le pityriasis versicolor, le diagnostic se fait par scotch en test cutané.

• Provoquées par Candida albicans : l’intertrigo, au niveau des petits plis (interdigitaux) et les grands plis (sous mammaire, interfessier) et favorisées par la macération. Ou l’onyxis et perionyxis (atteinte proximale) au niveau des ongles.

• Dermatophytes : 1- Peau glabre4 : Herpès circiné par Microsporum canis _____Eczema marginé par trichophyton rubrum _____Intertrigo par trichophyton rubrum 2- Cuir chevelu : teignes dues par microsporum et trichophyton. En fonction du champignon il y a une repousse des cheveux ou non. 3- Ongles : onyxis sans perionyxis, atteinte distale dû par trichophyton

b. Mycoses des muqueuses Essentiellement Candida albicans Muqueuses génitales Muqueuse digestive (langue, intérieur de la joue, œsophage)

c.

Mycoses profondes

Inhalation de spores d’Aspergillus. Chez les patients réceptifs = patient neutropénique (peu de globules blancs), sous corticothérapie.

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Peau sans poils

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d. Diagnostic On ensemence les prélèvements dans des milieux favorables à leur culture. C’est le milieu de Sabouraud à 24°C ou 37°C avec des antibiotiques5. Temps de culture : - 2-3 jours pour les levures - < 1 semaine pour Aspergillus, contaminants - > 2 semaines pour les dermatophytes On identifie le champignon par : - Aspect macroscopique pour levure ou filamenteux - Assimilation des sucres = galerie pour les levures - Regarde aspect microscopique pour les filamenteux

IV. Les parasites Qu’est c’est qu’un parasite ? « Organisme animal ou végétal qui se nourrit strictement aux dépens d’un organisme hôte d’une espèce différente, de façon permanente ou pendant une phase de son cycle vital » Types de parasites : - Protozoaires : amibes et paludisme - Vers ou Helminthes : nématodes = vers ronds (ascaris, oxyures…), vers plats (schistosomes, douves, ténias) - Ectoparasites : poux, gale, acariens, tiques…

V.

Les prions

Dans le cerveau, une protéine PrPc se trouve en grande quantité sur les membranes des cellules nerveuses, elle a une existence limitée dans le temps. Vache folle : la protéine a été modifiée et a une structure différente → elle n’est pas éliminée par le corps humain car résistante aux protéases, elle s’accumule dans les neurones et détruit progressivement le cerveau.

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Les antibiotiques sont seulement efficaces sur les bactéries

Aspect de spongiose Ces modifications sont responsables des encéphalopathies subaigües spongiformes transmissibles : Pertes de mémoire, troubles du comportement, mouvements désordonnés suivis d’une démence. Maladies animales et humaines non contagieuses mais transmissibles. Transmissions inter espèces possibles. La prévention est importante : Les agents infectieux sont différents des autres, tout patient est potentiellement en incubation et transmission iatrogène lors d’actes invasifs. Maladies constamment mortelles. Dépistage : repérer les signes cliniques chez le paient devant subir un acte invasif avec du matériel réutilisable, alerter la stérilisation et l’équipe d’hygiène, appliquer les procédures en vigueur vis-à-vis du matériel....