Practica NCBI Map Viewer ensembl CM PDF

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Summary

Localización de nucleótidos de un gen y su busqueda en GenBank, para identificar el transcrito y la proteína...

Description

Práctica Explorando el NCBI MAP VIEWER y ENSEMBL 1. Localiza la secuencia de nucleótidos del gen que identificaste en la práctica anterior (gen asociado con CF). a. ¿Cuál es el # de acceso en el GenBank y de qué tamaño es el gen? RefSeqGene NG_016465.4

Tamaño del gen 188703 bp b. Obtén el # acceso GenBank de la secuencia de mRNA NCBI Reference Sequence: NM_000492.3 c. ¿De qué tamaño es el transcrito y la proteína? Transcrito 6132 bp Proteína 1480 aa

2. Ingresa a NCBI entrez genome: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome. Selecciona MapViewer (busca Other Resources). Introduce el nombre del gen que identificaste en la sección anterior y selecciona humano en la ventana de “ seach”. Después filtra la búsqueda a solo genes (en quick filters)

a. ¿Cuántos hits te da la búsqueda? 827 hits en cromosoma 7 Verifica que el gen se localice en el cromosoma que identificaste anteriormente (si no es así, entonces no tienes el gen que debe de ser) Cromosoma 7 b. Da click en el cromosoma en el que se ubica el gen. Localiza el gen ¿Qué representa la flecha del lado derecho del gen?

Quick filtre  seleccionar Refseq  filtre 16 hits Click en el # cromosoma buscar el gen de interés  Gen transcrito en la hebra de DNA complementaria

c. Nombra algunos de los genes adyacentes Río arriba Homo sapiens MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase (gen MET) Homo sapiens capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 2 (gen CAPZA2) Río abajo Homo sapiens cortactin binding protein 2 (gen CTTNBP2) Homo sapiens uncharacterized LOC105375470 (gen LOC105375470) d. Da click en el nombre del gen (sombreado en morado). Se abrirá una nueva ventana (si no es posible entonces ve a la sección de GENE del menú principal del NCBI y realiza la búsqueda). Revisa la sección de ¨Genomics Regions Trascripts and Products¨ y describe lo que muestra. Sugerencias: mueve el zoom y explora, da click con el botón derecho y mueve la región de derecha a izquierda.

Se describen características específicas de las secciones que componen el gen, que han sido secuenciadas.

e. Ve a la sección de ¨expression¨ e investiga en que tejidos se ha reportado una alta expresión del gen de estudio. Investiga el significado de RPKM (puedes ir a la sección de ?) Secuenciación de trascriptoma de diversos tejidos humanos. Algunos de los tejidos estudiados son: piel, colon, cerebro, duodeno.

RPKM: Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads. Datos de secuenciación masiva de los transcritos. f. ¿Qué información relevante encuentras en la sección de GeneRIFs? Selección de artículos relacionados únicamente a mecanismos funcionales del gen de interés. g. En la sección de ClinVar, ¿Cuántas de las variantes clínicas reportadas están clasificadas como patógenas? 363 como patógena

h. ¿Qué tipo de información se puede consultar en la sección de pathways? Vías de señalización como Pancreatic secretion, organism-specific biosystem (from KEGG) Pancreatic secretion, conserved biosystem (from KEGG) Post-translational protein modification, organism-specific biosystem (from REACTOME) RHO GTPase Effectors, organism-specific biosystem (from REACTOME)

i. Revisa la sección de ¨NCBI Reference Sequences¨. ¿De cuántos trascritos se tienen disponibles secuencias en el GenBank y cuáles son sus números de acceso? De 1 j. Sigue el link a la sección de Ensembl (dentro de la sección de Summary, arriba).

i. ¿Cuántos trascritos están reportados del gen y qué características tienen (biotype)?

11 Transcritos

ii. Da click en el primer trascrito (el de la figura) y busca la sección de stadistics (hacia abajo). ¿Cuántos exones tiene el gen y de qué tamaño es el transcrito y el ORF? Exones:27 Exonescodi ficant es:27 Tamañodelgen:6, 132bps Longi t uddelORF:1, 480r esi duos

iii. Busca la sección de Genetic variation. Agrega filtros y explora las diferentes opciones Se reduce la búsqueda del gen de interés por frecuencia, citaciones, entre otros.

Ejemplo al realizar filtro

FIN Cuando hay un signo de + La diferencia es de un aminoácido similar. Cuando hay un espacio no es ni idéntico ni similar: se presenta una sustitución, con propiedades distintas, puede ser de carga positiva o negativa. Si presenta líneas punteadas son gaps (huecos que tuvo que abrir para seguir alineando la secuencia) Nucleótidos identidad y similaridad es lo mismo en proteínas si son diferentes...