5 4 Cheatsheet R Markdown deutsch PDF

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.Rmd Dateien

R Markdown Schummelzettel

Eine R Markdown (.Rmd) Datei ist eine Art Forschungsprotokoll. Sie beinhaltet RQuellcode den Wissenschaftler benötigen, um die eigene Arbeit reproduzierbar zu machen. Das Protokoll kann mit zusätzlichen Kommentaren und Beschreibungen nachvollziehbar gemacht machen.

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Rmd

Reproduzierbare Forschungsarbeit Mit einem Klick oder Kommando kann der gesamte Quellcode der R Markdown Datei durchlaufen werden um die Ergebnisse (wieder) zu erzeugen und das Resultat als fertiges Protokoll zu exportieren.

Arbeitsablauf

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Klartext schreiben und Dokument rendern mittels knit Neue .Rmd Datei erstellen in Menü Datei ฀ Neue Datei ฀ R Markdown. Im neuen Fenster kann unter Anderem eine die Vorlage mittels Schaltfläche oder render() um Datei-Vorlage ausgewählt werden. Formattierung anpassen Protokoll zu erstellen Grammatik In Fenster Speichern prüfen Suchen & Publizieren Entwurf Ersetzen öffnen anzeigen

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3

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publizieren (optional) 5 OnlineVerbinden der publish Schaltfläche mit Konten auf • rpubs.com, • shinyapps.io • RStudio Connect Im Dokument suchen Dateipfad zur Ausgabe-Datei

CodeCodeVorschau- Neuer Bereich Bereich(e) Position CodeBereich wechseln ausführen

YAML Kopfzeile Optionale Auswahl von Rrenderungsoptionen (z.B. pandoc) , bestehend aus Schlüssel-Wert-Paaren (YAML). Immer am Dateibeginn, zwischen den Zeilen mit - - - .

Text

CodeAlle CodeBereich Bereiche bearbeiten davor ausführen

Log-Datei ansehen

6 in der Konsole Resultierendes 7 Protokoll

Diesen CodeBereich ausführen

render()

Beschreibung, formattiert mit Markdown, und dazwischen:

Quellcode Blöcke mit eingebettetem Code. Jeder Block startet mit ```{r} und endet mit ```. R Markdown führt den Code aus und fügt die Resultate zur Datei hinzu. Das Arbeitsverzeichnis ist der Ordner der .Rmd Datei.

Das Protokoll kann in 4 Schritten in eine interaktive „ Shiny Anwendung“ umgewandelt werden

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Einfügen mit `r `. Ausgewerteter Code erscheint as Text (ohne Code). Built with `r getRversion()`

Wichtige Anzeigeoptionen

cache – Resultate für zukünftiges

Rendern cachen/zwischenspeichern? (default = FALSE) cache.path – Verzeichnis um die gecachten Resultate zu speichern (default = "cache/") child – Datei(en) zu rendern und einfügen (default = NULL) collapse – Ausgabe als einen einzigen Block anzeigen? (default = FALSE)

Code-Bereiche ```{r echo=TRUE} Eine oder mehrere Zeilen, umgeben von ```{r} und ```. Anzeigeoptionen getRversion() mit geschwungenen Klammern nach ``` dem r. Einfügen mit

dependson – Bereich-Abhängigkeiten für caching (default = NULL) echo – Code (nicht nur das Resultat) anzeigen? (default = TRUE) engine – Verwendete Sprache für Quellcode im Bereich? (default = 'R') error – Fehler im Dukument anzeigen (TRUE) or Rendering bei Fehlern abbrechen (FALSE)? (default = FALSE) eval – Code auswerte und Resultate

fig.align – 'left', 'right', oder'center'

(default = 'default') fig.cap – Grafikbeschreibung als Textstring (default = NULL) fig.height, fig.width – Dimension von Grafiken, in Zoll highlight – Quellcode highlighten (default = TRUE) include – Block nach Ausführen im

runtime: shiny zur YAML Kopfzeile hinzufügen Shiny input-Functionen aufrufen um iWidgets einzubinden. Shiny render Funktionen aufrufen um reaktive Ausgabewerte zu erzugen. Mittels rmarkdown::run rendern oder in RStudio IDE auf Run Document klicken

--output: html_document runtime: shiny ---

rmarkdown::render() rendert via Kommandozeile Wichtige Parameter:

```{r, echo = FALSE} numericInput("n", "How many cars?", 5)

input – Datei zu rendern output_format output_options – Liste mit Render-Optionen (siehe YAML) output_file output_dir – Arbeitsverzeichnis params – Parameterliste envir – Umgebung um Quellcode auszuwerten encoding – Kodierung der Eingabedatei

renderTable({ head(cars, input$n) }) ```

Eine komplette Applikation kann in das Protokoll eingebettet werden mittels shiny::shinyAppDir()

* Das Protokoll wird als Shiny Applikation erstellt, d.h. das Ausgabeformat muss html sein, z.B.html_document, und der Nutzer muss in einer aktiven R Session sein.

Quellcode mit knitr Syntax einbetten Inline-Code

Das Protokoll kann in PDF-, HTML-, MS Word-, ODT-, RTF-Dateien oder PDF/HTML-Präsentationen umgewandelt werden.

Rmd

Interaktive Dokumente Vorschau ders Protokolls im IDEFenster

Dokument neu laden

.Rmd Struktur

Dynamische Dateiarten

Parameter Globale Anzeigeoptionen erstellen mit knitr::opts_chunk$set(), z.B. ```{r include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ```

Das Protokoll kann zur Wiederverwendung mit neuen Eingabewerten parametisiert werden (z.B. anderer Datensatz, Wert, etc.)

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message – Meldungen anzeigen? (default = TRUE)

results (default = 'markup') 'asis' – Resultate anzeigen 'hide' – Resultat nicht anzeigen 'hold' – alle Resultate nach all dem Code anzeigen tidy – Code für die Anzeige neu formatieren? (default = FALSE) warning – Warnungen anzeigen?

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Parameter einfügen Neue Parameter in der Kopfzeile als Werte von params

--Indent 2 params: spaces n: 100 d: !r Sys.Date() ---

Parameter aufrufen Parameterwerte im Code aufrufen als params$

Parameter setzen Werte setzen in Knit with parameters oder mittels params

Today’s date is `r params$d`

comment – Präfix für jede Zeile mit Ausgabe (default = '##')

anzeigen? (default = TRUE)

Protokoll inkludieren (default = TRUE)

(default = TRUE)

Nicht gelistete Optionen: R.options, aniopts, autodep, background, cache.comments, cache.lazy, cache.rebuild, cache.vars, dev, dev.args, dpi, engine.opts, engine.path, fig.asp, fig.env, fig.ext, fig.keep, fig.lp, fig.path, fig.pos, fig.process, fig.retina, fig.scap, fig.show, fig.showtext, fig.subcap, interval, out.extra, out.height, out.width, prompt, purl, ref.label, render, size, split, tidy.opts

Argument in render(): render("doc.Rmd", params = list(n = 1, d = as.Date("2016-01-01"))

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