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Es handelt sich um Übungsfragen zur Vorlesung Genetik 2 des WS 2017/18....

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Genetik II – Fragen Polymerase II Transkription. Was ist FALSCH? A) B) C) D) E)

Mediator ist essentiell Die Phosphorylierung der CTD ist essentiell für Promotor escape Enhancer wird für die Assemblierung des Initiationskomplex benötigt TFIIH hat Helikase funktion TFIIH hat Kinasefunktion

Bei der Elongation muss Polymerisation von RNA stattfinden, DNA aufgeschmolzen und wieder zusammengefügt werden, DNA von RNA gelöst werden und Proofreading findet statt. Welche der Folgenden Prozesse/Faktoren spielen bei der Elongation eine Rolle? A) B) C) D) E) F)

Der basale Transkriptionsfaktor TFIIH RNA-Pol II 5'-3' Exonukleaseaktivität der RNA Pol II Helicase Einzelstrangbindende Proteine (ssb) CTD der RNA Pol II

Welche dieser Eigenschaften bzw. Funktionen der CTD der eukaryotischen RNA Pol II ist nicht korrekt? A) Die CTD ist länger als die restliche Pol II B) Phosphorylierung der CTD führt zum "Promoter-Escape" C) CTD bindet direkt an die kleine ribosomale Untereinheit des Ribosoms und fördert so die effiziente Kopplung der Transkription und Translation D) CTD rekrutiert Capping-Enzyme E) Phosphorylierung der CTD führt zur Rekrutierung der Spleißmaschinerie

Welche Aussagen über den Mediatorkomplex sind richtig (Aufgabe von Mediatorkomplex)? A) Vermittlung der RNA-Synthese B) Vermittlung zwischen DNA bindene-Transaktivatoren und RNA-Pol II

Was sind Alu-sequenzen? A) B) C) D)

SINES LINES DNA Transposons Sequenzen die nichts mit Transposons zu tun haben

Welche Aussagen zu eukaryotischen DNA-bindenden Transaktivatoren sind richtig? A) B) C) D) E) F) G)

Häufig modularer Aufbau Haben eine Chromodomäne Haben eine Bromodomäne haben eine DNA-bindende Domäne haben eine Aktivierungsdomäne Helix-turn-helix-Domäne immer bei DNA-bindenden Proteinen Sie binden spezifisch an eine DNA-Erkennungssequenz

TAL-Effektoren haben eine DNA-Binde-Domäne. Diese besteht aus mehreren 33-35 Aminosäuren langen, hintereinandergeschalteten Repeats. Eine "Repeat Unit" vermittelt dabei die Bindung an... A) B) C) D) E)

3 aufeinanderfolgende Nukleotidbasen im DNA-Bindebereich die N-terminale Domäne von Histon H2A eine Wiederholungseinheit der CTD eine Nukleotidbase im DNA-Bindebereich ein Molekül ATP

An einem Promotor ist das H3 Histon am Lysin methyliert. Was sagt das aus? A) B) C) D)

Dass am Nukleosom ein Protein mit einer Bromodomäne bindet Dass am Nukelosom ein protein mit einer Chromodomäne bindet Dass die Transkription stattfinden kann Dass die Transkription nicht stattfinden kann

Welche Vorteile hat der Abbau von eukaryontischer mRNA durch 5'-3' Exonuklease XRNA? A) B) C) D) E)

Entfernung des Poly-A-Binding-Proteins Deadenylierung Decapping Faltung der mRNA Entfernung des Exon-Joining-Complex ???

Welche Eigenschaften treffen für Introns zu? A) Die Länge in Eukaryoten ist konstant. B) Die Zahl pro Gen ist bei Eukaryoten konstant. C) Sind bei Prokaryoten stärker konserviert D) Zahl der Introns pro Gen nimmt bei komplexeren eukar. Organismen zu E) Bei eukr. Organismen konstanter

Welche Aussage zum Spliceosom ist nicht richtig? A) Das Standard-Spliceosom dockt an GU-Intron-AG an B) Eine Spliceosom-Variante dockt an AU-Intron-AC an =Minor splicing C) U1 ist am 5´-Ende vom Intron D) U1 ist am 3´-Ende vom Intron E) Die mRNA interagiert mit der snRNA die prämRNA??

Welche der folgenden mRNAs wird nicht polyadenyliert? A) B) C) D) E)

PolyAPolymerase-RNA Actin-RNA si-RNA Histon-RNA mi-RNA

Welche Interaktionen spielen bei der Aktivierung von NMD durch ein vorzeitiges Stopp keine Rolle? A) UPF1 mit poly A B) UPF1 mit eRF1 oder eRF3 C) ... mit EJC (Exon Junction Complex) D) UPF2 mit UPF1 E) ?

Wodurch kann in Drosophila Embryonen zellspezifische Genexpression nachgewiesen werden? A) Fusionsprodukt von Promoterregionen vor dem LacZ-Gen. B) Nachweis von β-Galactosidaseaktivität im intakten Embryo durch GUS-Färbung

Was bedeutet H3k9me2? Methylierung am Lysinrest Nr. 9 des Histon-H3-Schwanzes  Histonmoleküle im Heterochromatin – häufig Genstilllegung

Chip (Chromatin-IP-Technologie):Was sind Regelmäßigkeiten der Nukleosomenanordnung im Hefegenom? A) Regelmäßige Anordnung B) Zufällige Anordnung C) Nukleosomenfreie Region 5' vor Transkriptionsstart D) Ein Nukleosom in unmittelbarer Nähe zum TK-Start E) Typische Histonvarianten F) Typische Histonmodifikationen

Welcher, von Barbara McClintock beobachtete, Effekt liegt den pigmentierten (Wiltyp-) Flecken auf farblosen Maiskörnern zu Grunde? A) Reversion des Farb-Gens durch "Herausspringen" eines Transposons während der Kornentwicklung. B) Insertion eines Transposons mit Farbgen während der Kornentwicklung C) Zauber der Maya D) homologe Rekombination des mutierten Lokus im Farbgen

Welche Funktion hat der RISC Komplex? A) B) C) D) E)

Fragmentierung doppelsträngiger RNA in 21-25 bp lange Fragmente Reifung von miRNA Bindung von miRNA und siRNA Amplifikation von doppelsträngiger RNA Spaltung von doppelsträngiger RNA, die sequenzidentisch zur im RISC Komplex gebundenen RNA ist

Cyclops hat die Eigenschaft DNA zu binden durch die Ausbildung eines Homodimers daraus kann man schlussfolgern: A) Cyclops phosphoryliert durch CCaMK B) Bindet in der grossen Fruche der DNA C) Bindet an palindromische Sequenzen auf der DNA

Wodurch werden miRNA-Precuser in der Regel transkribiert? A) B) C) D) E)

RNA-abhängige RNA Pol I RNA-Pol I RNA-Pol II RNA-Pol III ?? Dicer

Welches sind die Produkte der eukaryotischen RNA Polymerase I? A) B) C) D) E)

rRNA precursor; 28S, 18S, 5.8S tRNA U6 snRNA mRNA 5S rRNA -> von Pol III

Nennen Sie 3 proteinogene Aminosäuren mit min. einer Stickstoffseitengruppe, das heißt mit min. 2 Stickstoffgruppen insgesamt.  Arginin, Histidin, Lysin

Aus welchen Gründen greift crRNA nicht an der eigenen genomischen DNA an? A) Dies ist mechanistisch nicht möglich B) Aufgrund der Methylierung der Eigen-DNA können Cas-Proteine nicht angreifen C) Der GC-Gehalt zwischen Genom und CRISPR-Array ist zu unterschiedlich D) Der Grund ist unbekannt. Ca. 20% besitzen Eigengenom in spacern. E) Restriktionsendonukleasen bauen relevante Sequenzen in Genom ab

In Drosophila führte eine Translokation des white Gens in einem Grenzbereich zwischen Eu- und Heterochromatin zu Fliegen mit unterschiedlich rot und weiß gefärbten Augenfacetten. Sie führen bei diesen Fliegen nun eine Mutagenese mit EMS (...Punktmutationen) durch, um Regulatoren der Chromatinorganisation zu finnden Sie erhalten Mutanten mit mehr roten Facetten als der Ausgangslinie. Durch welche Mutationen in Genen/Funktionen kann dies begründet werden. A) B) C) D)

Histon Deacytelase Histon Methyltransferase Heterochromatin Protein 1 (HP1) Chromatin remodeling Komplex

Man will Gen X in Trypanosoma brucei mit vielen Homologen im kodierenden Bereich mit RNAi unterdrücken. Welche Strategie verwendet man, um nur Gen X und keines seiner Homologe zu reprimieren? A) sehr kurzes, doppelsträngiges RNA-Stück (Weniger als 13 Nukleotide) , komplementär zu Gen X B) einsträngige RNA, komplementär zu Gen X C) einsträngige RNA, sequenzidentisch zu Gen X D) RNA, die komplementär ist zu UTR von Gen X E) Stark kontrollierte Expression der RNA in geringen Mengen ("knapp über Hintergrundlevel")

Warum kann man bei Pflanzen das lacZ-Gen nicht als Reportergen verwenden? A) Pflanzen können Lactose nicht verwerten B) Expression von bakteriellen Proteinen führt bei Pflanzen zu einer Abwehrreaktion C) Pflanzen besitzen endogene β-Galactosidase D) Pflanzen besitzen endogene β-Glucoronidase E) Bakterielle Proteine können nicht exprimiert werden, weil die nötigen posttranskriptionellen Modifikationen nicht vohanden sind

Wo kann man Trypanosoma einordnen? A) Flagellophora B) Dinoflagellata C) Amoebozoa D) Ciliata E) Kinetoplastiden

Welche chemischen Modifikationen spielen beim Histoncode eine Rolle? A) B) C) D) E) F) G) H)

Methylierung von Lysinresten Dimethylierung von Lysinresten Trimethylierung von Lysinresten DNA-Methylierung von CpG Methylierung von Purinbasen Methylierung von Pyrimidinbasen Acetylierung von Lysinresten Phosphorylierung von Lysinresten

Welche Aussage zum Enhancer trifft nicht zu? Falsch ist, dass der Enhancer nur das nächstgelegene Gen/Promotor beeinflusst

Durch welchen Mechanismus hemmt p19 RNAi? A) bindet dsRNA B) interagiert mit Dicer und hemmt RNase-Aktivität C) schützt sequenzspezifisch virale DNA D) interagiert direkt mit Risk und inhibiert RNase-Aktivität E) bindet mRNAs, die für Dicer codieren und hemmt die gesamte RNAiMaschinerie

Welche Enzymaktivität ist für die Transposition von Retrotransposons und die Herstellung von cDNA essentiel? Welches Sequenzcharakteristikum weißt jede DNA auf, in die ein transposon (betrifft jede Art von transposon!) inseriert wurde? A) B) C) D) E)

long terminal repeats flanking direct repeats terminal inverted repeats PolyAAAAAAAAAAAAAAA-Sekwenzen flancing direct repeats und long terminal repeats

PRAKTIKUM Sie haben im Praktikum ebenso Plasmide mit genomischen Fragmenten isoliert, welche außerhalb des His-Operons lagen. Warum kann es sich hier nicht um komplementierende Plasmide handeln?

Was ist ein Gate bei der Durchflusszytometrie? A) B) C) D) E)

Irgendeine Abkürzung Öffnung für Flüssigkeit Öffnung für Laser Parameter für Ereignisse ...

Was kann mit Hefe One-Hybrid getestet werden? A) Interaktion zwischen 2 Proteinen B) Interaktion von Protein mit DNA C) Interaktion von Protein mit RNA.

Durch welche Aminosäure wurde das Serin in der phosphomimetischen Variante von Cyclops ersetzt?  Dauerhaft phosphoryliert = Aspartat

Durch welche Aminosäure wurde das Serin in der phosphoablativen Variante von Cyclops ersetzt?  unphosphorylierbar -> Alanin

Sie haben eine Uracil auxotrophe Mutante isoliert. Wo könnte die Mutation liegen? A) Gen für Transporter zur Aufnahme von Uracil aus dem Medium B) Gen für Transkriptionsregulatoren der Gene der Uracil Biosynthese C) Gen für Exo- bzw. Endonuclease die Uracil beim RNA-Verdau abbaut D) Gen für Enzyme der Uracil Biosynthese E) Gen für Uracil tRNA

Was ist eine Nonsense-Mutation? Punktmutation, die zu einem Stoppcodon führt

Durch eine Agarose Gel Elektrophorese lässt sich mit Ethidiumbromidfärbung die Größe der DNA anhand eines Größenstandarts bestimmen. Welche Eigenschaften macht man sich von nutzen? A) EtBr lagert sich in kleine DNA Stücke nur unvollständig ein, wodurch diese schneller laufen. B) kleine DNA Stücke haben (in Bezug auf ihre Größe) mehr negative Ladungen > laufen schneller. C) Das Gel trennt DNA nach ihrer Größe auf. D) Irgendwas mit EtBr bindet an Rückrat von DNA wodurch Ladungen neutralisiert werden... E) Das Auftrennungsvermögen hängt von der Menge an Agarose im Gel ab.

Welche kovalente Bindung wird durch Restriktionsenzyme geschnitten? A) B) C) D) E)

Wasserstoffbrückenbindung N-glykosidische Bdg. Phosphoresterbdg. alphaglykosidische Bdg. Peptidbdg.

Was versteht man unter einem Partialverdau? --> schneiden an nicht allen möglichen Schnittstellen

Warum darf ein Restriktions-Reaktionsansatz nicht gevortext werden? A) DNA zerfällt in Einzelstrang B) DNA zerfällt in einzelne Nukleotide C) Proteasen werden durch Sauerstoff aktiviert ??? D) Verminderte DNA-Erkennung ("Star-Aktivität") E) Enzyme denaturieren

Unterschiede der Kettenabbruchmethode von Sanger zur normalen PCR ? A) B) C) D) E)

Zugabe von Didesoxynukleotiden Ersatz der Desoxynukleotide durch Didesoxynukleotide Zugabe von ATP Verwendung von primern ohne 3'-OH-Gruppe (Didesoxy-Primer) Verwendung von nur einem Primer

PCR: Magnesiumionen, Primer, Desoxy-Nukleotide, monovalente Kationen, Puffer zur pH-Stabilisierung

In der Durchflusszytometrie erhalten Sie im FL1-H Kanal eineunregelmäßige zackige Kurve. Woran könnte dies liegen? >

Warum wurde zur Taq-Polymerase-Aktivitätsbestimmung PAM-PAT-GFP::GW verwendet? A) Fragment enthält Sequenzen aus Thermus aquaticus (T.A.), dadurch können Kontaminationen mit genomischer T.A.-DNA entdeckt werden. B) Fragment ist nicht bakteriellen Ursprungs --> Vermeiden, dass DNAVerunreinigungen als Template dienen könnten. C) Fragment enthält genomische Sequenz aus T.A. --> ideal für Amplifikation durch Taq D) Fragment hat Schnittstelle für Restriktionsenzym Taq1 aus T.A. -> Entdecken von Kontaminationen der Präparationen) Fragment nicht Bacteriellen Ursprungs --> (Rest nicht mehr abschreiben können)

In Versuch 3 bei der PCR erhalten Sie bei der von Ihnen 1:25 hergestellten Verdünnung eine Bande, die der einer konventionellen Taq-Polymerase von 5U entspricht. Wie viel U hat Ihre Taq-Polymerase? 

Warum wurde im Praktikumsversuch zur quantitativen Bestimmung der LacZAktivität in Hefe ONPG statt xGal als Substrat verwendet?  xGal ist wasserunlöslich – präzipitiert/fällt aus  ONPG präzipitiert nicht in Zelle

Sie möchten einen Uracil-auxotrophen Organismus kultivieren. Welche Stoffe müssen neben Uracil auf jeden Fall im Medium enthalten sein? A) B) C) D) E) F)

Vitamine Stickstoffquelle Spurenelemente Kohlenstoffquelle Aminosäuren Fettsäuren

Sie schneiden genomische DNA (GC-Gehalt von 50%) mit dem Restriktionsenzym BamHI (Erkennungssequenz 5'-GGATCC-3'). Welche Fragmentgröße erwarten Sie im Mittel? A) B) C) D) E)

Ca. 250 bp Ca. 4.000 bp Ca. 500 bp Ca. 1.000 bp Ca. 10.000 bp

Wie werden Gene von Auxotrophie-Mutanten identifiziert? Eine Uracil-Auotorphiemutante wurde mit einer Genbank transformiert, und der komplemetierende Klon auf einem Mangelmedium identifiziert. Wie kann festgestellt werden ob das Plasmid wirklich komplementierend ist?

Was ist das Absorptionsmaximum von Nukleinsaäuren?  260 nm (Proteine: 280)

Wie wird die Betrachtung von Banden Im Agarosegel mit EtBr möglich?  Lagert sich zwischen Basen ein (interkaliert), fluoresziert (nur nach Einlagerung)

Woher stammt die Energie für die Polymerisation bei der PCR?  Abspaltung von Pyrophosphat von dNTP

Was sind die Folgen vom Vortexen eines Restriktions-Ansatzes? -Durch Vortexen werden die hydrophoben Seitenketten des Proteinanteils des Enzyms nach ausen gestellt (wegen der verstarkten Sauerstoffzufuhr beim Vortexen) Das fuhrt zur Denaturierung des Enzyms. vgl Eiweis schlagen. Unterschiede zwischen Sequenzier- und PCR-Ansatz: -Seq nur 1 Primer, geringere Konzentration, ddNTPs und dNTPs im richtigen Verhaltnis Warum werden Nested-Primer bei der Sequenzierung des PCR-Produktes verwendet? -Hohe Spezifitat

FACS: Wieso nahm die Fluoreszenz beim Trypanosoma GFP:RNAi-Stamm ab?  Nach Zugabe von Tetracyclin: Expression von GFP-dsRNA -> RNAi gegen PKAR-GFPmRNA

Warum war bei der Kontrolle das Maximum nicht bei 0?  weil im GFP- Kanal Verunreinigungen oder Zellklumpen eine Autofluoreszenz aufweisen Wieso kann man bei der Isolierung von Taq-Polymerase keine Alkalische Lyse einsetzen? -> Lauge würde auch die DNA zersetzten, deshalb stattdessen Lysozym Warum wurde Ammoniumsulfat für die Fällung von Taq-Polymerase verwendet? -> entzieht Proteinen Hydrathülle, preiswert, schützt Aktivität der Proteine – Stabilisierung von Enzymen, gut wasserlöslich, vverhindert mikrobielles Wachstum, Wie hemmt P19 RNAi? - P19: viraler suppressor d. gene silencing - Bindet miRNA/miRNA duplex - Verhindert Aufnahme in RISC-Komplex

Warum kein lacZ-Reporter in Pflanzen? Was sind die Effekte von CYCLOPS in Tabak und Hefe?...