EJERCICIOS AMINOÁCIDOS Y SECUENCIACIÓN PEPTÍDICA PDF

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Ejercicios resueltos de aminoácidos y secuenciación peptídica...

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UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE YUCATÁN FACULTAD DE INGENIERÍA QUÍMICA LICENCIATURA EN INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA CUARTO SEMESTRE BIOQUÍMICA I

EJERCICIOS AMINOÁCIDOS Y SECUENCIACIÓN PEPTÍDICA

1.

Indique 5 características del enlace peptídico a) b) c) d)

El grupo α-carboxilo de un aminoácido se condensa con el grupo α-amino de otro. Se pierde una molécula de agua por la condensación de los aminoácidos en la reacción. Los grupos participantes no llevan cargas iónicas Al grupo carboxilo libre y al grupo amino libre de los extremos opuestos de una cadena peptídica se llaman C-terminal y N-terminal respectivamente y son numerados a partir del N-terminal hacia el C-terminal. e) A pH neutro, cada extremo (N-terminal y C-terminal) lleva una carga iónica. 2.

Explique por qué no todos los aminoácidos forman parte de las proteínas Porque solo los llamados α- aminoácidos pueden conformar la estructura necesaria como para ser parte de una proteína. Estos α- aminoácidos tienen un grupo carboxilo y un grupo amino unidos al C-2 o carbono α. En base a la estereoisomeriá la solulubilidad cambia y eso afecta Su estructura no les permite ser parte de una proteina

3.

¿Qué es el punto isoeléctrico de un aminoácido? El pH en el cual el número de cargas positivas se iguala al número de cargas negativas que aportan los grupos ionizables (grupos carboxilos, amino, fenólicos y tiólicos) de una molécula, es decir, el aminoácido no presenta carga neta.

4.

Un péptido X después de una hidrólisis exhaustiva presentó la siguiente composición: (Ala, Lys B: Ala, Lys, Met, Tyr C: Gly, Ser, Trp) La hidrólisis con tripsina generó tres péptidos, cuya composición cuantitativa es la siguiente: A: Ala, Lys B: Ala, Lys, Met, Tyr C: Gly, Ser, Trp El tratamiento análogo del péptido X con quimiotripsina de X, generó los siguientes péptidos: D: Ala, Ala, Lys, Tyr E: Met, Lys, Ser, Trp F: Gly La secuencia de X sería: Ala-Lys-Ala-Tyr-Met-Lys-Ser-Trp-Gly

5.

Un péptido posee las siguientes propiedades: a) Forma PTH-Ala en el primer ciclo de degradación de Edman b) Su tratamiento con BrCN produce dos tripéptidos c) Su tratamiento con tripsina produce un tetrapéptido y un dipéptido La secuencia posible de este péptido es: 1- Val-Leu-Met-Lys-Gly-Ala 2- Ala-Leu-Met-Gly-Val-Lys

3- Ala-Leu-Gly-Lys-Met-Val 4- Ala-Leu-Met-Lys-Val-Met--¿Cuál de estas secuencias podría corresponder a los resultados encontrados? Explique La secuencia que corresponde a los resultados es la opción cuatro, ya que empieza con Ala, lo que corresponde con el dato a). El dato b) nos dice que el tratamiento con BrCN produce dos tripéptidos y sabemos que este tratamiento corta el lado carboxilo de los residuos de metionina. Por último, tenemos el dato c) que nos dice que el tratamiento con tripsina produce un tetrapéptido y un dipéptido, y sabemos que dicho reactivo corta por el lado carboxilo de residuos de lisina. Por todo lo anterior podemos concluir que la opción correcta es la cuatro. 6.

Determinar la secuencia del opíaceo leucinencefalina a partir de estos datos: a) La hidrólisis completa con HCl 1N a 110ºC seguida de análisis de los aminoácidos indica la presencia de Gly, Leu, Phe, Tyr en relación molar de 2:1:1:1 b) El tratamiento del pentapéptido con el reactivo de Edman seguido de hidrólisis completa y de cromatografía indica la presencia de PTH-Tyr, y no se encontró Tyr libre C) El tratamiento con quimiotripsina seguido de cromatografía produjo Leu, Tyr libres y un tripéptido. La hidrólisis completa de éste tripéptido seguida de análisis indica que está compuesto por Gly y Phe en relación 2:1 La secuencia es: Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu

7.

La siguiente figura muestra la curva de titulación de la cisteína. Se aprecian además los valores de pKa de este aminoácido. a. Escriba la estructura química de la molécula en cada uno de los estados de ionización (desde la forma protonada hasta la forma desprotonada)

b. Identifique los puntos en los que la carga neta media de la cisteína es +1, 0.5, y -2 En el punto 0 tendrá carga +1, en 1.7 tendrá carga 0.5 y en 14 tendrá -2 c. Identifique el punto en donde el pH=pKa de SH Este punto está en 8.3. d. Identifique el pH en donde el SH esté totalmente desprotonado Ya que el pKa de SH es 8.3 el punto está aproximadamente en 10.8 e. ¿En qué rango de pH la cisteína se comporta como un amortiguador? De (7.3 , 9.3); (0.7 , 2.7) y (9.8 , 11.8)

8.

Se tiene al tripéptido: Asp-Lys-Ala a) Indicar la carga del péptido a pH 1, 4, 8 y 12 pH Carg a

1 +2

4 +0.2 5

8 0.25

12 0.75

d) Calcular el pI. PK a pI

Asp 9.9

Lys Ala 10. 2.4 5 (2.4+9.9)/2 = 6.15

e) Explique razonadamente algún tratamiento por el cual, en un único paso de hidrólisis, se obtenga, dipéptido y un aminoácido libre Se hace la hidrólisis con tripsina, ya que este reactivo puede cortar al tripéptido en el lado carboxilo de residuos de lisina, formando así un dipéptido: Asp-Lys y un aminoácido libre: Ala Bibliografía: Nelson, D. L., Cox, M. M., Cuchillo, C. M. (2006) Lehninger principios de bioquímica. Omega S. A. 4ta Ed. Barcelona. Stryer, Lubert. (2007). Bioquímica. Reverté. 4ta Ed. México. Horton, H. R., Moran, L. A., Ochs, R. S., Rawn, J. D., Scrimgeour, K. G. Bioquímica. PRENTICE-HALL HISPANOAMERICANA, S. A. 2da Ed. México. http://www3.uah.es/bioquimica/Sancho/farmacia/temas/tema-3c_secuencia_proteinas.pdf http://ufq.unq.edu.ar/Docencia-Virtual/BioquimicaI/FAQS/FAQS2005.htm...