Isolasi Mikroba PDF

Preview

Summary

LAPORAN AKHIR PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI PERAIRAN (M10A104) Disusun Oleh: KELOMPOK 10/PERIKANAN C Rizal Firdaus 230110130162 M. Salsabil 230110130198 Jumaidi Efendi 230110130200 Ruth Maria 230110130174 Christoper 230110130199 Rury Ratnafuri 230110130228 UNIVERSITAS PADJADJARAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILM...

Description

LAPORAN AKHIR PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI PERAIRAN (M10A104)

Disusun Oleh: KELOMPOK 10/PERIKANAN C Rizal Firdaus 230110130162 M. Salsabil 230110130198 Jumaidi Efendi 230110130200 Ruth Maria 230110130174 Christoper 230110130199 Rury Ratnafuri 230110130228

UNIVERSITAS PADJADJARAN FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN PROGRAM STUDI PERIKANAN JATINANGOR

2014

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas rahmat dan hidayah-Nya akhirnya kami dari pihak penyusun dapat menyelesaikan tugas mata kuliah Mikrobiologi Perikanan dengan membahas Isolasi Mikroba dalam bentuk makalah. Makalah ini disusun guna memenuhi tugas sebagai bahan pertimbangan nilai. Dalam penyusunan makalah ini, tidak lupa pula kami mengucapkan banyak terima kasih kepada seluruh pihak yang telah membantu khususnya dari rekan-rekan sekelompok kami sehingga makalah ini dapat diselesaikan dengan baik, walaupun ada beberapa hambatan yang kami alami dalam penyusunan makalah ini. Namun, berkat motivasi yang disertai kerja keras dan bantuan dari berbagai pihak akhirnya dapat teratasi. Semoga makalah ini, dapat bermanfaat dan menjadi sumber pengetahuan bagi pembaca. Dan apabila dalam pembuatan makalah ini terdapat kekurangan kiranya pembaca dapat memakluminya. Akhir kata dengan kerendahan hati, kritik dan saran sangat kami harapkan demi penyempurnaan makalah ini. Sekian dan terima kasih.

Jatinangor, 25 September 2014

Penyusun

ii

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR

ii

DAFTAR ISI

iii

DAFTAR TABEL

v

DAFTAR GAMBAR

vi

BAB I PENDAHULUAN

1

1.1 Latar Belakang

1

1.2 Tujuan

2

1.3 Manfaat

2

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

3

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Ikan Kembung

3

2.1.1 Reproduksi Ikan Kembung

4

2.1.2 Ciri-ciri Seksual Primer dan Sekunder Ikan

6

2.2 Bakteri

7

2.2 Mikroba Saluran Pencernaan Ikan

8

2.3 Isolasi Mikroba

8

2.4 Identifikasi Bakteri

12

BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM

10

3.1 Waktu dan Tempat

10

3.2 Alat dan Bahan

10

3.2.1 Alat yang digunakan

10

3.2.2 Bahan yang digunakan

13

3.2.3 Prosedur Kerja

14

BAB IV HASIL PEMBAHASAN

16

4.1 Hasil

16

4.2 Pembahasan

17

BAB V PENUTUP

20

5.1 Kesimpulan

20

5.2 Saran

20

DAFTAR PUSTAKA

vii

iii

iv

LAMPIRAN

ix

Lampiran 1 Tugas Pendalaman

ix

Lampiran 2 Hasil Pengamatan Kelompok

xi

Lampiran 3 Dokumentasi Kelompok

xviii

DAFTAR TABEL

Tabel

hal.

Tabel 1. Alat yang digunakan dalam praktikum

10

Tabel 2. Bahan yang digunakan dalam praktikum

13

Tabel 3. Hasil pengamatan mikroba

19

Tabel 4. Hasil pengamatan kelompok

19

v

DAFTAR GAMBAR

Gambar

hal.

Gambar 1. Ikan Kembung

4

Gambar 2. Morfologi koloni mikroba

12

Gambar 3. Lembar kerja Christoper

ix

Gambar 4. Lembar kerja Rizal Firdaus

ix

Gambar 5. Lembar kerja Jumaidi Efendi

x

Gambar 6. Lembar kerja Ruth Maria

x

Gambar 7. Lembar kerja Rury Ratnafuri

xi

Gambar 8. Lembar Kerja M. Salsabil

xi

Gambar 9. Lembar kerja kelompok 1

xii

Gambar 10. Lembar kerja kelompok 2

xii

Gambar 11. Lembar kerja kelompok 3

xiii

Gambar 12. Lembar kerja kelompok 4

xiii

Gambar 13. Lembar kerja kelompok 5

xiv

Gambar 14. Lembar kerja kelompok 6

xiv

Gambar 15. Lembar kerja kelompok 7

xv

Gambar 16. Lembar kerja kelompok 8

xv

Gambar 17. Lembar kerja kelompok 9

xvi

Gambar 18. Natrium agar

xviii

Gambar 19. Mikroba yang telah diinkubasi

xviii

Gambar 20. Proses penggoresan

xviii

vi

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Populasi mikroorganisme yang ada di alam sekitar kita ini sangatlah besar dan cukup kompleks. Beratus spesies mikroba berada di setiap bagian tubuh kita. Mereka terdapat dalam jumlah yang cukup basar. Sebagai contoh, sekali kita bersin dapat menebarkan beribu- ribu mikroorganisme. Satu gram tinja dapat mengandung jutaan bakteri. Alam di sekitar kita, baik itu tanah, air, maupun udara juga dihuni oleh kumpulan mikroorganisme. Penelitian yang layak mengenai mikroorganisme dalam berbagai habitat ini memerlukan teknik untuk memisahkan populasi campuran yang rumit ini, atau yang biasanya dikenal dengan istilah biakan campuran, menjadi spsies yang berbeda- beda yang biasa kenal dengan istilah biakan murni. Biakan murni ini terdiri dari satu populasi sel yang semuanya berasal dari satu sel induk (Pelczar, 1986). Untuk memisahkan satu populasi mikroba dari populasi campuran maka diperlukan suatu teknik yang disebut dengan isolasi mikroba. Isolasi mikroba adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacammacam mikroba. Untuk melakukan hal ini, haruslah di mengerti jenis- jenis nutrien yang disyaratkan bakteri dan juga macam ligkungan fisik yang menyediakan kondisi optimum bagi pertumbuhan bakteri tersebut (Pelczar, 1986). Isolasi mikroba ini dilakukan untuk berbagai tujuan terutama untuk penelitian misalnya untuk mengisolasi DNA mikroba sehingga dapat mendeteksi mikroba yang telah resisten terhadap suatu antibiotik atau untuk mengetahui mikroba yang dipakai untuk bioremediasi holokarbon (Ferdiaz, 1992), selain itu juga untuk menemukan manfaat berbagai macam mikroba yang mungkin berguna untuk kesejahteraan manusia, dan untuk berbagai keperluan lain. Dalam makalah ini akan dibahas tentang bagaimana cara untuk melakukan isolasi mikroba dengan baik dan benar sehingga dapat berguna untuk kedepannya. 1

2

1.2 Tujuan Praktikum

ini

bertujuan

untuk

meningkatkan

pemahaman

dan

keterampilan praktikan dalam mengisolasi mikroba.

1.3 Manfaat Manfaat dari praktikum ini adalah agar praktikan dapat lebih memahami dan lebih terampil dalam melakukan isolasi mikroba sehingga dapat menjadi ilmu yang bermanfaat di masa depan.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Klasifikasi dan Morfologi Ikan Kembung Klasifikasi ikan kembung banyar berdasarkan Saanin (1994) adalah sebagai berikut : Phylum Subphylum Kelas Subkelas Ordo Sub Ordo Famili Genus Species

: Chordata : Vertebrata : Pisces : Teleostei : Percomorphi : Scombroidea : Scombroidae : Rastrelliger : Rastrelliger kanagurta

Gambar 1. Ikan Kembung (massal2003.wordpress.com) Ciri-ciri tubuh dari ikan kembung adalah bentuk badan seperti torpedo badan agak langsing panjang kepala lebih tinggi dari tinggi kepala. Seluruh tubuh tertutup sisik halus dan terdapat corselet di belakang sirip dada. Terdapat selaput lemak pada kelopak mata. Usus 1,3-3,7 kali panjang badan. Tapisan insang panjang jelas tampak bila mulut dibuka dengan jumlah sebanyak 30-46 buah, sisik garis rusuk berjumlah 120-150 buah, sirip punggung kedua berjari-

3

4

jari keras berjumlah 10 buah, sirip punggung kedua berjari- jari lemah 11-12 sirip dubur berjari-jari lemah lemah sebanyak 11-12 buah. Di belakang sirip punggung dan dubur terdapat 5-6 buah finlet (Murniati 2004). Ikan kembung banyar memiliki warna biru kehijauan di bagian atas dan bagian bawah berwarna putih kekuningan. Dua baris totol-totol hitam pada punggung, satu totol hitam dekat sirip dada. Ban warna gelap memanjang di atas garis rusuk, dua ban warna keemasan di bawah garis rusuk. Sirip punggung abuabu kekuningan. Sirip ekor dan dada kekuningan. Sirip-sirip lain bening kekuningan. Ikan ini memiliki panjang maksimum 35 cm dengan panjang ratarata 20-25 cm (Murniati 2004).

2.1.1 Reproduksi Ikan Kembung Ikan kembung R.kanagurta jantan pertama kali matang gonad pada ukuran panjang cagak (fork length) 200,3 mm pada jantan dan ukuran 191,6 mm pada betina. Hasil yang didapat dari penelitian ini berbeda dengan hasil penelitian sebelumnya, dimana ukuran pertama kali matang gonad ikan kembung (R.kanagurta) di Laut Jawa dicapai pada panjang cagak 19,2 cm untuk jantan dan 20,4 cm untuk betina. Panjang pada pertama kali matang dari ikan kembung (R.kanagurta) di India tercatat antara 19,0 - 22,4 cm. Kebanyakan ikan-ikan kembung (R.kanagurta) matang pada ukuran sekitar 22 cm. Panjang pada pertama kali matang adalah bervariasi antara jenis maupun dalam jenis itu sendiri, dengan demikian individu yang berasal dari satu kelas umur ataupun dari kelas panjang yang sama tidak selalu mencapai panjang pertama kali matang pada ukuran yang sama. Hal ini diperkuat dengan hasil penelitian bahwa ukuran ikan kembung pertama kali matang gonad adalah 20,4 cm untuk jantan dan 19,2cm untuk betina pada trimester kedua tahun 1991, kemudian meningkat menjadi an 21,7 cm untuk jantan dan 20,2 cm untuk betina pada trimester ketiga tahun 1991, dan menurun menjadi 18,6 cm untuk jantan pada trimester kedua tahun 1992.

5

Pembuahan ikan kembung terjadi secara eksternal yaitu di keluarkan telur di lingkungan perairan. Biasanya fekunditas telur ikan kembung banyak dan telurnya tidak dicaga oleh induknya (Effendi, 2002). Ikan-ikan yang telah dewasa dari suatu populasi terdiri dari ikan jantan dan ikan betina. Selain itu, pada populasi ikan tertentu terdapat juga ikan hermaprodite. Sumantadinata (1983) menyatakan gonad ikan adalah sebagai kelenjar biak. Gonad ikan betina dinamakan ovari dan gonad ikan jantan dinamakan testes. Ovari dan testes ikan dewasa biasanya terdapat pada individu yang terpisah, kecuali pada beberapa ikan, kadang-kadang gonad jantan dan betina ditemukan dalam satu individu (ovotestes). 2.1.2 Ciri-Ciri Seksual Primer Dan Skunder Ikan Effendie (1997) menyatakan bahwa sifat seksual primer pada ikan ditandai dengan adanya organ yang secara langsung berhubungan dengan proses reproduksi yaitu ovarium dan pembuluhnya. Sifat seksual sekunder ialah tandatanda luar yang dapat dipakai untuk membedakan jantan dan betina. Apabila suatu spesies ikan mempunyai sifat morfologi yang dapat dipakai untuk membedakan jantan dan betina maka spesies ikan mempunyai seksual dimorphisme. Apabila yang menjadi tanda itu warna maka ikan itu mempunyai seksual dichromatisme dimana pada ikan jantan biasanya warnanya agak lebih cerah dan menarik daripada ikan betina. Ciri seksual ikan dapat dibagi menjadi dua, yaitu ciri seksual primer dan ciri seksual sekunder. Ciri seksual primer adalah alat organ yang berhubungan langsung dengan proses reproduksi. Testes dan salurannya pada ikan jantan merupakan ciri seksual primer. Untuk melihat perbedaannya diperlukan pembedahan. Ciri seksual sekunder berguna dalam membedakan ikan jantan dengan ikan betina dan dapat dilihat dari luar, meskipun kadang kala tidak memberikan hasil yang positif (nyata). Gonad adalah organ reproduksi yang berfungsi menghasilkan sel kelamin (gamet). Gonad yang terdapat pada tubuh ikan jantan tersebut disebut testes yang berfungsi menghasilkan spermatozoa, sedangkan yang terdapat pada i

6

Individu ikan betina disebut ovari berfungsi menghasilkan telur (Pulunga et. al, 2005). Selanjutnya dikatakan juga bahwa gonad yang terdapat didalam tubuh mengalami perkembangan dari bentuk sehelai benang yang berisi cairan bening kemudian berkembang dan membesar sesuai dengan kapasitas rongga perut yang dimiliki individu ikan. Perkembangan gonad ini dipengaruhi oleh adanya perkembangan gamet yang diproduksi oleh gonad itu sendiri. Semakin matang gonad suatu in-dividu ikan maka semakin besar bentuk dan berat gonad serta tubuh individu ikan.

2.2 Bakteri Bakteri adalah domain yang terdiri dari makhluk hidup yang tidak memiliki membrane inti (prokariota). Bakteri dulu terbagi menjadi Bacteria dan Archaebacteria, namun sekarang Archaebakteria memiliki domain sendiri yang disebut Archaea. Bakteri memiliki ciri-ciri antara lain tidak memiliki membrane inti, tidak memiliki organel bermembran, memiliki dinding sel peptidoglikan, dan materi asam nukleatnya berupa plasmid (Postlethwait dan Hopson, 2006). Bakteri berkembang biak membelah diri dan karena begitu kecil maka hanya dapat dilihat menggunakan mikroskop. Bakteri mempunyai beberapa organel yang dapat melaksanakan beberapa fungsi hidup (Waluyo, 2004). 1. Ukuran bakteri Ukuran bakteri sangat kecil, umumnya bentuk tubuh bakteri dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop dengan pembesaran 1000x atau lebih. Satuan ukuran tubuh bakteri adalah micrometer atau micron. Satu micron (µ) sama dengan 1/1000 milimeter (mm). Lebar tubuh umumnya antara 1-2 µ, sedangkan panjangnya antara 2-5 µ. Bakteri berbentuk kokus mempunyai diameter 0,5 µ ada pula yang berdiameter 2,5 µ. Sedangkan bakteri berbentuk basil mempunyai diameter 0,22,0 µ. Ukuran-ukuran yang menyimpang dari ukuran tersebut diatas cukup banyak pula. Oleh karena itu, pengukuran besar kecilnya bakteri perlu didasarkan pada standar yang sama. Bakteri yang berumur 2-6 jam pada

7

umumnya lebih besar daripada bakteri yang berumur lebih dari 24 jam Waluyo, 2004).

2. Bentuk bakteri Bakteri memiliki beragam variasi bentuk, seperti coccus, basil, dan spiral. Bakteri dapat hidup soliter maupun berkoloni dan berkembang biak dengan cara membelah diri. Bakteri memiliki habitat yang bervariasi, dari air, tanah, udara, hingga dalam tubuh hewan, misalnya dalam usus manusia. Bakteri ada yang dapat hidup secara anaerob murni dan akan mati dengan adanya oksigen, ada yang bersifat aerob dan memerlukan oksigen untuk metabolismenya. Ada yang bersifat aerob fakultatif yaitu dapat hidup pada kondisi anaerob, tapi bila ada oksigen metabolismenya bersifat aerob (Betsy dan Keogh, 2005).

2.2 Mikroba saluran pencernaan ikan Mikroflora saluran pencernaan ikan yang berhasil diisolasi ada 18 isolat yang terdiri atas 4 isolat mikroba amilolitik (Moraxella sp.,Aeromonas hydrophila, Citrobakter sp. dan Carnobacterium sp.), 3 jenis mikroba amilolitik anaerob (Staphylococcus sp. Flavobacterium sp. dan Vibrio sp.), 5 jenis mikroba proteolitik aerob (Streptococcus sp.,Bacillus sp.,Micrococcus sp., Pseudomonas sp. dan Proteus sp.), 2 jenis mikroba proteolitik anaerob (Vibrio alginoliticus dan jenis tidak teridentifikasi), 2 jenis mikroba lipolitik aerob (Planococcus sp. dan Plesiomonas sp.) dan 2 jenis mikroba lipolitik anaerob (Kurthia sp. dan Serratia sp.)

2.3 Isolasi Mikroba Isolasi adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu

8

koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan yang terdiri dari satu jenis mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan murni atau biakan aksenik. Biakan yang berisi lebih dari satu macam mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis mikroorganisme, yang dengan sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi, dikenal sebagai biakan dua-jenis Persyaratan utama bagi isolasi dan kultivasi fage adalah harus adanya kondisi optimum untuk pertumbuhan organisme inangnya. Sumber bakteriofage yang paling baik dan paling utama adalah habitat inang. Sebagai contoh fage koli yang di jumpai di dalam pencernaan dapat diisolasi dari limbah atau pupuk kandang. Hal ini dilakukan dengan sentifugasi atau filtrasi bahan sumbrnya dan penambahan kloroform untuk membunuh sel-sel bakterinya. Ada beberapa cara yang digunakan untuk bakteri, fungi, dan khamir dengan metode garis, metode tuang, metode sebar, metode penuangan, serta micromanipulator. Dua diantaranya yang paling sering banyak digunakan adalah teknik cawan tuang dan cawan gores. Kedua metode ini didasarkan pada prinsip yang sama yaitu mengencerkan organisme sedemikian rupa sehingga individu species dapat dipisahkan (plezar, 2006) Mikroorganisme dibiakkan di laboratorium pada medium yang terdiri dari bahan nutrient. Biasanya pemilihan medium yang dipakai bergantung kepada banyak faktor seperti seperti apa jenis mikroorganisme yang akan ditumbuhkan.Perbenihan

untuk

pertumbuhan

bakteri

agar

dapat

tetap

dipertahankan harus mengandung semua zat makanan yang diperlukan oleh organisme tersebut. Faktor lain seperti PH, suhu, dan pendinginan harus dikendalikan dengan baik. Selain untuk tujuan diatas medium juga memiliki fungsi lain, seperti tempat untuk mengisolasi, seleksi, evaluasi dan diferensiasi biakan yang didapatkan. Agar tiap-tiap medium memilki karakteristik yang sesuai dengan tujuan sehingga seringkali digunakan beberapa jenis zat tertentu yang mempunyai pengaruh terhadap pertumbuhan dan perkembangbiakan mikroba

9

(Suriawiria,

2005).

Beberapa

indikasi

pembiakan

pada

laboratorium

mikrobiologi meliputi: 1.

Pengasingan (isolasi) mikroba pada biakan bakteri

2.

Menunjukan sifat khas mikroba.

3.

Untuk menentukan jenis mikroba yang diisolasi dengan cara-cara tertentu.

4.

Untuk mendapatkan bahan biakan yang cukup untuk membuat antigen dan percobaan serologi lainnya.

5.

Menentukan kepekaan kuman terhadap antibiotik.

6.

Menghitung jumlah kuman

7.

Mempertahankan biakan mikroba. Mikroorganisme

tidak

memerlukan

banyak

ruangan

untuk

perkembangannya, sebab itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam sebuah tabung percobaan labu atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau cawan Petri harus dalam keadaan steril (bebas dari setiap mikroorganisme hidup) lalu setelah itu dimasukkan mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan harus dilindungi terhadap kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari luar

adalah

udara,

yang

banyak

mengandung

mikroorganisme

yang

berterbangan. Bentuk cawan petri, dengan tutup yang saling menyelubungi, dirancang untuk mencegah pencemaran udara. Pencemaran tabung atau labu dihindari dengan cara menyumbat mulutnya dengan penutup yang cocok, biasanya dengan kapas. Permukaan luar cawan biakan yang menjadi sasaran pencemaran, dan bagian dalam labu atau tabung akan tercemar bila dibuka untuk memasukkan atau mengeluarkan bahan. Bahaya ini dapat dihindari dengan cara membakar bibir atau pinggiran cawan, tabung atau labu dalam api, segera setelah penutup dibuka dan dibakar sekali lagi pada waktu akan ditutup. Dalam mengisolasi bekteri dikenal empat cara, cara isolasi bakteri tersebut yaitu : a. Pour plate atau shake culture

10

Beberapa ...