Agilent RNA 6000 Nanokit PDF

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Agilent RNA 6000 Nanokit...

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AGILENT RNA 6000 NANOKIT Indica la qualità del RNA, oltre che la quantizzazione. Si usano delle “siringhe” in cui viene applicata una certa pressione a seconda che si tratti di RNA (pressione minore) o di DNA (pressione maggiore). PREPARAZIONE DEL GEL: 1. 2. 3. 4.

Vortexare il colorante blu fotosensibile e inserire 1 µL di colorante in 65 µL del gel filtrato Vortexa fino ad uniformare Centrifuga a 13.000 g x 10 min Si analizza al bioanalyzer: - Il programma usato è 2100 expert software - RIN -> più alto è il valore, più integro è l’RNA in una scala di 1:10 - Il grafico è l’elettroferogramma che mette su grafico la quantizzazione del RNA (controllo qualità) - Si imposta su “total eukariotic nano RNA”, in quanto ci sono dei parametri da impostare, che sia un RNA o un DNA ad esempio - Prima di analizzare il chip contenente i campioni (di colore nero) si inserisce il “chip di lavaggio” (trasparente)

FUNZIONAMENTO DEL CHIP 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9.

Aggiungere 9 µL di gel sul chip in G. Chiudere lo strumento e applicare la pressione con la siringa x 30s Aggiungere 9 µL di gel sugli altri due pozzetti in G Aggiungere il marker verde (5 µL) in tutti i pozzetti e sulla scaletta che fa da controllo qualità NB: nell’esempio sono 9 campioni Si prende 1 µL di ladder e si mette in corrispondenza della scaletta NB: assicurarsi che la ladder sia ok, altrimenti l’analisi non è corretta Si aggiungono i campioni specifici in ciascun pozzetto Si centrifuga x 1 min in una centrifuga specifica per il chip Si analizza al bioanalyzer entro 5 min dalla preparazione, altrimenti la fluorescenza decade Il processo dura all’incirca 30 min...