Guió de la pràctica de metagenòmica PDF

Preview

Summary

Guió de la pràctica de metagenòmica Guió de la pràctica de metagenòmica Guió de la pràctica de metagenòmica Guió de la pràctica de metagenòmica Guió de la pràctica de metagenòmica Guió de la pràctica de metagenòmica...

Description

PRÀCTICA Metagenòmica

•

ESTUDI EXPERIMENTAL: 12 rates wistar han estat dividies en dos grups segons la dieta, al grup 1 se’ls hi ha donat un dieta estàndard (Mostres S) i al grup 2 una dieta de cafeteria alta en greixos i hidrats de carboni (Mostres C).

•

OBJECTIU DE L’ESTUDI: Estudiar el paper de la dieta en la modulació de la biodiversitat de la microbiota intestinal.

•

MATERIALS I MÈTODES: Seqüenciació de les regions V3 i V4 del gen 16S rRNA utilitzant Next Generation Sequencing (Ion Torrent) i QIIME de contigut cecal obtingut desprès del sacrifici dels animals.

•

ANÀLISI DELS RESULTATS:

Aneu a https://www.microbiomeanalyst.ca/, veureu que hi ha 4 tipus d’anàlisi diferents. Accediu al “Marker Data Profiling (MDP)”, és el que més s’adequa als resultats obtinguts. 1. Data Upload. Treballarem en Plain Text Table Format. Al moodle trobareu tres fitxers .txt, mireu al signe ? per a que serveix cada fitxer i carregueu el que correspongui a cada pestanya. A “Taxonony Labels” trieu QIIME, és el software que s’ha fet servir per analitzar les dades del seqüenciador. 2. Data Integrity Check. Al Text Summary veureu el resum de les dades penjades i al Library Size Overview, el nombre de lectures per mostra. 3. Data Filtering. Al Feature Filter cliqueu als dos signes ? per entendre per a que serveixen aquests filtres de dades. Deixarem els paràmetres prederminats per al Low count filtre, en canvi pel Low variance filter utilitzarem Standard deviation. Dalt a la dreta sortirà si el Data Filtering ha funcionat o no.

1

4. Data Normalization. Hi ha tres tipus de normalitzar les dades. Mireu que vols dir cada tipus. Deixarem el paràmetres predeterminats. 5.

Analysis Overview. Exploració dels resultats. Exercici 1. Exploració de l’abundància relativa d’OTUs de les mostres. Aneu a Visual Exploration - Stacked bar/area plot - Taxa Abundance. Canvieu el resultats a Graph Type a Stacked Bar (Percentatge Abundance). Podeu explorar canviant paràmetres. Calculeu el ratio Bacteroidetes i Firmicutes (B/F) per a cada mostra (Descarregueu Abundance Table a la dreta) i expliqueu els resultats obtinguts als diagrames d’abundància. Exercici 2. Biodiversitat de les mostres. 2a. Alpha diversity analysis: Descriviu que és l’alpha diversity i quins tipus d’Index hi ha. Dels possibles Index que podem fer en aquest software web, trieu-ne dos i exploreu els resultats (Sempre a nivell de OTUs). 2b. Beta diversity analysis: Expliqueu que és la beta diversity. Busqueu els dos tipus de distancia UniFrac, expliqueu les diferències . Representeu els resultats de l’Index Bray-Curtis en forma de PCoA. Exercici 3. Clustering. Representeu les dades en forma de heatmap a nivell de Phylum i Genus i comenteu els resultats. Canvieu el cluster samples by Current clustering algorithms.

2...