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Rapports des TP microbiologie : section médecine COVID-19 et Voyages : Les mesures

Dès le début de la crise sanitaire, beaucoup de mesures ont été mises en place afin de limiter les contaminations, notamment au niveau des voyages. En Belgique, les voyages non essentiels sont déconseillés mais permis. Au moment du retour, il faut compléter le formulaire de localisation du passager. Si on reçoit un SMS, une quarantaine et un test doit être effectué au 1er et au 7ème jour. Si on n’en reçoit pas, on ne doit pas maintenir de quarantaine ni de test. Selon l’endroit où l’on se rend, des mesures supplémentaires peuvent être d’application. L’OMS recommande aux cas confirmés, suspects de COVID-19, leurs cas-contacts ainsi qu’aux personnes à risque de ne pas voyager. Il est important de noter qu’un résultat négatif avant le voyage ne peut garantir que le voyageur est exempt d’infection au moment du voyage. Dans les avions, l’air est renouvelé et le port du masque est obligatoire mais les distanciations sociales ne sont parfois pas respectées. Malgré cela, les contaminations y sont très basses. Les voyages sont surtout restreints pour éviter les évènements de masse. Le risque de contamination est plus grand dans l’aéroport, lors de l’embarquement et débarquement que lors du vol en lui-même. Des résultats d’études montrent qu’en Europe, une mobilité sans limite aurait considérablement accéléré la propagation du virus. Pour avoir le plus d’impact, les mesures doivent être implémentées en tout début d’épidémie. En Europe, aucun pays n’a été épargné car les premières restrictions ont été mises en place trop tard. Le problème ne serait actuellement pas les contaminations dans l’avion lui-même mais plutôt le transport de personnes contaminées dans d’autres pays sains, ce qui entraînerait la dissémination de la maladie là où elle était jusqu’alors absente. En conclusion, on constate que le risque de contamination n’est pas plus élevé dans un avion que dans les espaces publics, c’est pourquoi les voyages non essentiels sont autorisés depuis peu. Le respect des mesures telles que le port du masque, l’hygiène des mains, la quarantaine... dans les aéroports permettrait de limiter les contaminations. Des tests plus rapides et un tracing efficace y contribueraient également.

Rapports des TP microbiologie : section médecine

Rôle des enfants dans la transmission de la COVID-19 Les enfants développent, dans la majorité des cas, une forme légère de la maladie (fièvre et toux, plus rarement troubles digestifs, mal de gorge, difficultés respiratoires, myalgies, etc.) et sont bien souvent asymptomatiques : c’est pourquoi l'infection reste souvent non détectée. Le profil asymptomatique associé à de nombreuses interactions entre les enfants à l’école constitue alors un vecteur de propagation de la COVID-19. L'hypothèse la plus solide de cette symptomatologie plus modérée chez les enfants que chez les adultes est la présence d'une réponse immune innée très supérieure chez l'enfant. L’existence d'une réponse immunitaire hautement efficace contre le virus, permettant une suppression suffisante de la réplication virale pour prévenir les symptômes spécifiques de la COVID-19, serait ainsi validée par la présence de cas asymptomatiques. Par PCR, l’ARN viral est détecté chez l'enfant comme chez l'adulte dans la plupart des fluides. Chez les enfants, la période de contagiosité est moins longue que chez les adultes car le pic de charge virale se fait plus tôt après l’apparition des symptômes ; ce pic étant suivi d’un déclin rapide de la charge virale. En effet, chez eux, l'excrétion virale dans les voies aériennes durerait moins longtemps mais persisterait dans le tube digestif. Il a été démontré que dans la majorité des clusters familiaux, ce sont les parents qui infectent leurs enfants et non le contraire. C’est pourquoi nous pouvons conclure que, contrairement à d’autres virus respiratoires, les enfants sont vecteurs du virus mais ne sont pas le moteur de cette épidémie.

Rapports des TP microbiologie : section médecine

COVID-19 et anosmie L’anosmie est un trouble de l'odorat qui se traduit par une perte totale de l'odorat, temporaire ou permanente. Le SARS-COV2 est un gros virus a ARN. Il doit son nom a des glycoproteines disposees en couronne a sa surface. Toutes les infections des voies respiratoires superieures donnent des pertes d’odorat, mais la difference avec le sars-cov sont les plaintes rhinologiques. En effet, il n ’y aura pas d ’obstructions nasales dans le cas du covid. Pour etre specifique au covid, l ’anosmie doit subvenir de mani ere brutale et isolee L’anosmie arrive relativement tot dans l’evolution de la maladie et touche 58% des patients atteints. La majorite des patients recuperent mais il est possible que d’autres gardent une anosmie persistante. Pour se repliquer, le virus utilise comme porte d’entre e un recepteur nomme ACE 2 implique dans le systeme renine angiotensine aldosterone ainsi qu’un corecepteur TMPRSS2 En effet la covid-19 possede en surface des proteines SPIKE qui s’attachent au recepteur ACE 2 se situant sur les cellules du neuroepithelium olfactif et de la muqueuse nasale L’infection touche egalement des cellules de support aux neurones olfactifs, entrainant un oedeme de cette region mais sans toucher les neurones olfactifs. L’elimination du virus entrainerait ensuite un degonflement progressif de cette zone donc une reapparition de l ’odorat. Dans certains cas, l ’odorat met plus de temps a revenir car l’infection se propage aux neurones olfactifs directement, ces derniers mettant plus de temps a regenerer (on observe dans ce cas une parosmie) On peut aussi presenter des atteintes des structures olfactives centrales . En effet, ce virus a egalement ete associe a des atteintes neurologiques.

Rapports des TP microbiologie : section médecine

Détection de la COVID-19 par les chiens renifleurs Suite à la pandémie de covid, il y a eu une demande mondiale pour un dépistage simple, polyvalent, non-invasif et à hautes sensibilité et spécificité dans le but de diminuer la charge de travail dans les labos biologiques. Le système olfactif des chiens est très sensible, et des chiens renifleurs entraînés à reconnaître des volatilomes (VOCs) peuvent déterminer si un sujet est atteint ou non de la Covid-19. Ces VOCs sont une association de substances endogènes et exogènes libérées par les cellules du corps infectées par le virus, et excrétée dans l’air expiré ou dans la sueur par exemple. Pour le test diagnostic effectué par Jendrny, on procède avec des échantillons de salive et des sécrétions trachéobronchiques de patients testés positifs au SARS-Cov-2 et aussi des échantillons témoins de patients négatifs au même test. Pour éviter de toucher les chiens et leurs manipulateurs, les échantillons positifs ont été inactivés grâce à de la bêta-propiolactone (BPL). Par contre, certains échantillons négatifs non traités à la BPL ont aussi été donnés aux chiens pour pouvoir exclure un potentiel effet distrayant des BPL. Après un entraînement d’une semaine, les chiens savent faire la distinction entre des échantillons de patients infectés et non-infectés avec un taux de détection moyen de 94%, une sensibilité diagnostique de 82,63% et une spécificité de 96,35%. Cependant, il y a une variabilité entre les chiens. Une étude menée par le Pr Dominique Grandjean utilise la sueur de la fosse axillaire pour les tests de détection des chiens car les composés sont plus volatiles à température ambiante. De plus, ce n’est pas une voie de sortie du covid-19 et la collecte est non invasive. Les résultats de l'étude prouvent que les sueurs axillaires des individus positifs sont différentes des négatifs, et les résultats obtenus sont significatifs. Tout cela est prometteur car cela montre que des empreintes VOC uniques existent et peuvent être utilisées à l’avenir. De plus, les chiens ont l’avantage d'être peu coûteux et très rapides. Cependant, on ne peut pas exclure la possibilité de réactions croisées à cause d’anciennes infections par un autre coronavirus. Les prochaines recherches devraient se concentrer sur la capacité des chiens à reconnaître les différents phénotypes et phases d’expressions de la maladie.

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La COVID-19 et le diabète Selon les données épidémiologiques, le diabète n’augmenterait pas le risque de contracter la Covid-19. Le diabète est l’une des comorbidités les plus importantes liées à la gravité de l’infection causée par le coronavirus. La prévalence des patients diabétiques hospitalisés en unité de soins intensifs pour COVID-19 est deux à trois fois plus élevée que celle observée chez les patients non diabétiques et le risque d’évolution vers une forme critique ou mortelle de l’affection est multiplié par 3 à4 chez les patients diabétiques. Plusieurs mécanismes peuvent expliquer pourquoi le diabète constitue un facteur de risque de forme sévère de la COVID-19, certains sont liés intrinsèquement au diabète (comme l’hyperglycémie) et d’autres sont associés au diabète(comme la dysfonction immunitaire, l’obésité et l’hypertension artérielle). Chez les personnes diabétiques, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) voit son expression croître suite à la prise de médicaments traitant le diabète (statines, bloquants de récepteur de l’angiotensine II de type I, PPAR-γ). Le récepteur de cette enzyme est connu comme étant une porte d’entrée pour le virus dans de nombreux types cellulaires de notre organisme. Le changement d’activité de l’ACE2 pourrait être le déclencheur final d’une tempête hyper-inflammatoire et hyper-coagulable dans le cas de laCovid-19. De plus, les fluctuations de la glycémie chez les patients diabétiques peuvent altérer leur système immunitaire et les rendre plus vulnérables aux maladies infectieuses et donc à la Covid-19. Tous les diabétiques ne sont pas exposés aux mêmes risques face à la Covid-19. En effet, un profil des patients diabétiques ayant été hospitalisés pour la Covid-19 a été établi dont les principales caractéristiques sont :l’âge; les patients contractant la forme sévère du Covid sont âgés de 70 ans en moyenne, le sexe; majoritairement des hommes et le type de diabète; personnes majoritairement atteintes du diabète de type II. En conclusion, les diabétiques méritent une attention particulière et doivent être étroitement surveillés en raison du risque de détérioration rapide. Afin de prévenir l’infection et les complications possibles, les diabétiques devraient être considérés prioritaires dans le programme de vaccination

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Covid-19 et obesite D’apres differentes etudes ayant investigue la relation entre obesite et covid-19, l’obesite semble representer un risque accru pour des manifestations severes de la maladie. En effet, ces differentes etudes ont demontre que les patients obeses souffrant du virus SARS-CoV-2 etaient plus rapidement amenes en soins intensifs ou ils necessitaient une assistance respiratoire et presentaient un risque de deces plus eleve. Nous allons tenter d’expliquer en quoi l'obesite augmente ce risque. Les raisons de cette augmentation du risque de cas severes de covid lie a l’obesite sont multiples et comprennent notamment une fonction respiratoire alteree, la presence de comorbidites comme le diabete et une reaction immunitaire excessive. En effet, l’obesite perturbe la reponse immunitaire ce qui fait des personnes en surpoids une population plus a risque face aux infections. Le de pot de graisse abdominale et l’accumulation de graisse peri-viscerale connus pour etre proinflammatoires participeraient a une reaction immunitaire excessive et donc deletere pour l ’organisme. Les d epots de graisse ectopiques seraient aussi impliques de part leur participation a la liberation de cytokines inflammatoires. Il est egalement connu que l’obe site altere les fonctions respiratoires notamment a travers une diminution de la force des muscles respiratoires, une diminution du volume pulmonaire efficace, une augmentation de la resistance des voies aeriennes et de moins bons echanges gazeux. Ces differentes anomalies preexistantes liees a l’obesite contribueraient donc a une deterioration plus rapide de l’etat de sante des personnes atteintes du covid-19 en plus de compliquer la mobilisation de ces personnes lorsqu’elles necessitent une assistance respiratoire. Enfin, nous savons que la principale voie d’entre e du virus dans notre corps sont les recepteurs ACE 2, que l’on retrouve en tres grande quantite dans les tissus adipeux. Pour conclure, nous pouvons affirmer que l’obesite est un facteur aggravant en cas d’infection a ce virus: d’une part parce que la reponse immunitaire est perturbee chez les patients obeses et d’autre part parce que ces patients ont des fonctions respiratoires diminuees.

Rapports des TP microbiologie : section médecine COVID-19 et Vitamine D Dans le cadre du cours de microbiologie, nous avons tenté d’identifier l’effet de la vitamine D sur la COVID-19 grâce à la littérature disponible. Tout d’abord, nous savons que le SARS-CoV 2 provoque une infection respiratoire aigüe en infectant les cellules de l’épithélium pulmonaire et les macrophages. Ces derniers activent à leur tour des neutrophiles et des lymphocytes T qui produisent alors des cytokines pro-inflammatoires afin d’attaquer le virus. Ce sont les cytokines qui sont responsables des formes sévères de la maladie. Il en résulte des lésions de l’épithélium pulmonaire. Or, il a été démontré que la vitamine D est efficace pour prévenir les infections des voies respiratoires supérieures. En effet, elle permet notamment d’atténuer la réponse immunitaire adaptative, en diminuant la production des cytokines pro-inflammatoires produites lors d’une infection. De plus, elle aurait un effet neuroprotecteur via l’activation de facteurs de croissance, ce qui permettrait d’atténuer les symptômes d’anosmie. Enfin, elle réduirait le risque d’épisodes thrombotiques. Malheureusement, dans nos pays peu ensoleillés, une grande partie de la population est en déficience de cette vitamine. Il est donc recommandé aux patients à risque d’infection au SARS-CoV 2 de vérifier leur taux en vitamine D. En conclusion, cette vitamine est prometteuse dans la prévention des formes graves de la Covid-19. Il est donc intéressant de poursuivre les recherches sur son efficacité face à ce virus.

Rapports des TP microbiologie : section médecine

Le variant belge du coronavirus Le variant belge du coronavirus, B.1.214 ou “spike insertion”, a ete decouvert a l’Universite de Liege au debut de l’anne e 2021. Il s’est d eveloppe a partir de janvier dans notre pays et represente 6% des infections aux covid-19 en Belgique qui est le pays le plus touche actuellement. Il est appele variant belge, mais il semble provenir d’Afrique sub-saharienne et avoir une origine commune avec le variant B.1.1.7 qui est le variant britannique. La particularite de ce variant est qu’il possede des mutations non seulement sur la proteine Spike, comme les autres variants, mais aussi a d’autres endroits du genome. Ces mutations sont susceptibles d ’avoir un impact sur la resistance du virus face a l’immunite. La replication du virus semble facilitee par onze mutations qui affectent les proteines du complexe replicatif. Il y a aussi des mutations au niveau du code des proteines de la nucleocapside et ORF3a ce qui ameliore les processus de modulation immunitaire. Le gene codant pour la proteine ORF8 ne subit, quant a lui, aucune mutation ce qui differe des autres variants. Cette proteine permet de ralentir la reaction immunitaire contre le virus. A l’heure actuelle, il manque encore beaucoup d’informations concernant ce variant du coronavirus du fait de sa decouverte recente. De plus, les experts s’interrogent sur l’efficacit e des vaccins actuels sur ce variant. Des recherches sont toujours en cours.

Rapports des TP microbiologie : section médecine Variant breton Le 15 mars dernier, un variant du SARS-CoV-2 fut detecte chez 8 patients dans le centre hospitalier de Lannion, au nord-ouest des Cotes-d’Armor, ce qui lui vaut le nom de « variant du Tregor », « variant breton » ou encore « B.1.616 ». Toutes ces personnes atteintes sont decedees. Par la suite, 25 cas ont ete recenses. Les perspectives envisagees se portent plus sur des suppositions que de reelles affirmations puisque des experimentations sont en cours. 

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Le 25 mars on estimait qu’il pouvait entrai ner un echappement immunitaire post-vaccinal ou post infection. De me me pour des traitements par anticorps monoclonaux qui pourraient avoir une activite moins efficace. Mais a ce stade aucune resistance a la vaccination n’avait e te prouvee. Le 8 avril, une mise a jour a montre qu’a partir des analyses de serums de sujets vaccines, de sujets infectes, ou d’anticorps monoclonaux qu’il n’y avait pas d'echappement immunitaire du variant. Jusqu’a present, on ne dispose d’aucune information qui prouverait que le vaccin est inefficace face a ce variant. Les patients morts etaient soit non vaccines soit n’avaient beneficie que d ’une seule dose de vaccin.

Cette mutation est classee comme variant a suivre dans la categorie VUI de L’OMS car il n’y a pas encore de donnees indiquant une plus grande transmissibilite et une plus grande frequence de formes severes. Cependant, il semble quasi indetectable au test nasopharynge. Plusieurs hypotheses ont ete emises: 

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Le test contient des re actifs chimiques adaptes au SARS-COV-2, il se pourrait qu’une des mutations du variant breton touche une region du genome virale qui l’empe cherait alors d’interagir correctement avec les reactifs chimiques du test. Le virus serait trop peu present dans les muqueuses nasales des patients infectes, raison pour laquelle les diagnostics actuels ont pu etre fait soit par serologie (recherches d’anticorps specifiques), soit par des prelevements respiratoires profonds (liquide bronchoalveolaire), ou par analyse de prelevements de selles (ecouvillon rectal) en cas de signes digestifs.

Selon la DGS, le systeme de detection est actuellement mis en place sur des regions precises afin de mesurer l ’ampleur epidemiologique du variant et parallelement a cela, des experiences continuent a etre menees pour determiner comment le variant breton va reagir a la vaccination et aux anticorps developpes lors de precedentes infections. Par precaution, les autorites locales ont decide d’accentuer les mesures en accelerant la vaccination, en interdisant les rassemblements, et en faisant de la prevention sur l’importance des gestes barrieres.

Rapports des TP microbiologie : section médecine Anticorps monoclonaux dans le traitement de la COVID-19 Un anticorps monoclonal est produit d’une seule source de cellules, de lymphocytes (le clone) et il ne reconnait qu’un type d’épitope d’un antigène donné. Sa pureté permet de l’utiliser notamment pour effectuer des diagnostics (identifier précisément un antigène recherché) ou de thérapie, ici dans le cas de covid-19. Ils sont introduits par perfusion intraveineuse au patient et l’avantage est que cela permet de fournir une immunité immédiate contre la maladie, contrairement aux vaccins qui nécessitent un certain temps de réaction pour produire les anticorps. Cela serait donc très utile pour des personnes à risque, des personnes âgées qui ont un déficit d’immunité. Dans des phases précoces de la maladie, ces anticorps, se liant à la protéine S du SarsCOV-2, empêcheraient le virus de pénétrer dans les cellules et ainsi de se répliquer. En effet, introduire ces anticorps en phases tardives d’une maladie a très peu de chances de guérir le patient ou d’avoir un impact sur son immunité. Le grand inconvénient de ces anticorps reste le fait que leur production est coûteuse, utilisant des biotechnologies et une multiplication in vitro. D’autre part, c...