Popgen evolucion - Trabajo de pop gen prof. Benjamin Vanee PDF

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Trabajo de pop gen prof. Benjamin Vanee...

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Yarian L. Colon Sierra Por favor enviar a [email protected] el, o antes del, 30 de abril [Please send to [email protected] on, or before April 30]

Principios de Evolución (BIOL 4335)

Principles of Evolution (BIOL 4335)

Ejercicio Popgen Simulator 5% de la nota final

Popgen Simulator Exercise 5% of the final grade

En una población efectiva1 de 100 individuos, con un alto nivel de homogeneidad genética, una persona tiene una mutación (un alelo A1 cambia a A2) que le da un alelo nuevo (A2) que de antes no existía en la población. Este alelo le da a esta persona una aptitud 10% mayor que los demás.

In an effective population2 of 100 individuals, with a high level of genetic homogeneity, one person has a mutation (an allele A1 changes to A2) that gives it a new allele (A2) that previously did not exist in the population. This allele gives this person a fitness that is 10% greater than the rest.

1. ¿Cuál es el genotipo de la persona que tuvo la mutación? ● A 1A 2

1. What is the genotype of the person that had the mutation?

2. ¿Cuál es el genotipo de todas las demás personas en la población? ● A 1A 1 3. ¿Que alelo es dominante, A1 o A2? ● A2. 4. ¿Cómo sabes que alelo es dominante? ● Este fue el alelo que llegó a fijación, por lo tanto es el dominante. 5. ¿Qué son las frecuencias iniciales de alelos A1 y A2? ● La frecuencia del alelo A1 es de 0.995 y la del alelo A2 es de 0.005. 6. ¿Qué son las medidas de aptitud de los genotipos A1A1, A1A2, y A2A2? ● A1A1: 0.9

2. What is the genotype of all the rest of the people in the population? 3. Which allele is dominant, A1 or A2? 4. How do you know which allele is dominant? 5. What are the initial frequencies of alleles A1 and A2? 6. What are the fitness values of genotypes A1A1, A1A2, and A2A2? A 1 A 1: A 1 A 2: A 2 A 2: 7. Given these assumptions, use the PopGen simulator (https://www.radford.edu/~rsheehy/Gen_flas h/popgen/) to determine the approximate

1 El tamaño efectivo de población se define por aquellos individuos que dejan descendientes. Es el número de individuos que una población idealizada tendría que tener para que alguna cantidad de interés (porcentajes de alelos, aptitud, etc.) sea lo mismo en la población idealizada como en una población real. El tamaño efectivo de una población siempre es menor al tamaño actual. 2 The effective population size is defined as the number of individuals that leave descendents. It is the number of individuals that an idealized population would need to have in order for some specified quantity of interest (percentages of alleles, fitness, etc.) to be the same in the idealized population as in the real population. The effective size of a population is always less than the actual population size.

● A 1A 2: 1 ● A 2A 2: 1

probability of allele A2 becoming fixed within 500 generations.

8. What would be the effect of the population 7. Dado estas asunciones, utiliza el simulador size being larger? PopGen (https://www.radford.edu/~rsheehy/Gen_flas 9. What would be the effect of the population h/popgen/) para determinar la probabilidad aproximada de que alelo A2 sea fijado dentro size being smaller? de 500 generaciones. ● La probabilidad es de 100 poblaciones. 10. What would be the effect if the fitness imparted by allele A2 were 20% better 8. ¿Qué sería el efecto de que el tamaño de la instead of 10% better? población sea más grande? ● A las poblaciones mas grandes les toma 11. What would be the effect if the fitness mas tiempo llegar a fijacion. imparted by allele A2 were 5% better instead of 10% better? 9. ¿Qué sería el efecto de que el tamaño de la población sea más pequeño? 12. What is the name of what is causing allele ● A1 tendrá una probabilidad más alta de A2 to become fixed in the populations in perderse, y en el A2, la población which it becomes fixed? llegaría a fijación más rápido. 13. What accelerates the change in frequency 10. ¿Qué sería el efecto de que la aptitud of alleles over time more, the size of the impartida por alelo A2 sea 20% mejor en vez population or the difference in fitness levels de 10% mejor? imparted by different alleles? ● El efecto sería que aumente la probabilidad en que todas las 14. Why could the level of evolution be poblaciones lleguen a fijación por A 2 y accelerated on an island compared to a de forma más rápida. continent? 11. ¿Qué sería el efecto de que la aptitud impartida por alelo A2 sea 5% mejor en vez de 10% mejor? ● A2 se tardaria mas en llegar a fijación por lo tanto A1 se tardaria mas en perderse. 12. ¿Cómo se llama lo que esta causando que la alelo A2 sea fijado en las poblaciones en que se está fijando? ● Se llama presión selectiva. 13. ¿Qué acelera más el cambio en frecuencias de alelos sobre tiempo, el tamaño de la población o la diferencia en los niveles de aptitud impartida por diferentes alelos? ● El tamaño de la población es lo que

15. What happens to deleterious alleles in very large populations? 16. What happens to deleterious alleles in very small populations?

acelera más el cambio en frecuencia de los alelos. 14. ¿Por qué el nivel de evolución podría ser acelerado en una isla comparado con un continente? ● En una isla la presion selectiva aumenta debido al aisalmiento. Además, una isla es más susceptible a deriva genética debido a la pequeña población que en ella habita, y a consecuencia de esto los cambios en alelos serían más fácil y se observarían las diferencias en menos tiempo. 15. ¿Qué ocurre con alelos deletéreos en poblaciones muy grandes? ● Pueden mantenerse en la población, pero raramente se expresa el fenotipo. 16. ¿Qué ocurre con alelos deletéreos en poblaciones muy pequeñas? ● En poblaciones pequeñas aparece como homocigoto y se expresa con mayor frecuencia....