Programma 2015 - appunti di biochimica PDF

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appunti di biochimica ...

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PROGRAMMA ufficioso DI BIOCHIMICA (in aggiornamento) Questo programma è redatto dagli studenti. Quello ufficiale lo trovate nello guida dello studente. Cap 4. 4.3 bene il collagene (è importante conoscerne la sintesi poiché esce spesso allo scritto, recuperatela dall’Alberts oppure on-line) con il box 4.3 (concentratevi sull’ultima parte) e la mioglobina, saltare cheratina e fibroina; leggere il resto. Per questo argomento suggerisco di guardare la lezione su federica unina della professoressa Esposito. Formule: gruppo eme. Cap 5. 5.1 tutto bene, comprese formule cinetiche. Formule: 2,3 BPG. Cap 6. 6.1 lettura (concentratevi su cosa sono enzimi-cofattori-coenzimi-gruppi prostetici); 6.2 tutto benissimo con formule tranne quella della teoria dello stato di transizione; 6.3 tutto alla perfezione compresa dimostrazione di m&m (non va fatta da qui ma dalle slide che ha lasciato la prof a lezione) e formule varie, benissimo anche i box 6.1 e 6.2; 6.5 tutto. Cap 12. 12.1; 12.2 benissimo; 12.3 benissimo; 12.4 benissimo. Chiesti allo scritto ma soprattutto all’orale. Box 12.1, 12.2. Formule: cAMP, cGMP. Cap 13. 13.1; 13.2 lettura (non viene chiesto all’esame, ma aiuta molto a capire le varie reazioni); 13.3; 13.4 da "l'ossidazione del glucosio ad anidride carbonica" in poi. Formule: NAD(P), FAD, FMN. Cap 14. 14.1 l'unica cosa saltabile sono i meccanismi di azione, che vengono chiesti per la lode (così si dice); 14.2 può uscire allo scritto ma raramente è chiesto all’orale; 14.3 benissimo tranne l'ultima pagina sulla produzione industriale; 14.4 benissimo; 14.5 benissimo. Formule: glicolisi, gluconeogenesi, le due fermentazioni, la fase ossidativa e non ossidativa (magari quest'ultima è meno importante ma può essere chiesta), TPP. Cap 15. 15.3 benissimo, saltate il paragrafo "la regolazione a livello trascrizionale", la regolazione della PFK2 esce spessissimo allo scritto e anche all’orale; 15.4 benissimo; 15.5 benissimo. Formule: udp-glucosio e glicogeno (sapere come è fatto e come avviene la sintesi - fig. 15.25). Cap 16. 16.1, 16.2 e 16.3 tutti benissimo compresi i box 16.1 e 16.3. Formule: reazioni della PDH, tutto il ciclo di Krebs, coenzima A, lipoato, biotina. Cap 17. 17.1 bene, benissimo il trasporto degli acili tramite carnitina; 17.2 benissimo i vari tipi di beta ossidazione (anche quella perossisomiale e le differenze con quella mitocondriale), no gliossisomi, no evoluzione degli enzimi della beta ossidazione; 17.3 benissimo. Formule: carnitina, beta ossidazione, quelle di acidi grassi mono, polinsaturi sono risparmiabili, ossidazione acidi grassi dispari, omega ossidazione, corpi chetonici. Cap 18. 18.1 bene; 18.2 bene, dei difetti genetici del ciclo dell'urea dovete sapere che si curano con somministrazione di benzoato e fenilbutirrato; 18.3 bene il paragrafo dei cofattori enzimatici, per il resto del catabolismo dei singoli amminoacidi NULLA, dovete solo sapere quali sono chetogenici e quali glucogenici. Formule: trasposto dell’ammoniaca (reazioni catalizzate da transaminasi, glutammato deidrogenasi, glutammina sintetasi, glutamminasi, PLP, ciclo dell'urea, S-adenosilmetionina (con tutto il ciclo, per chi vuole la lode), tetraidrofolato per la lode. Cap 19. 19.1 benissimo, soprattutto i vari elementi della catena respiratoria che escono spesso allo scritto anche con domande piuttosto specifiche; 19.2 benissimo la teoria chemiosmotica, l’ATPasi mitocondriale, il meccanismo di catalisi rotazionale e il trasferimento di equivalenti riducenti; 19.3 bene. Vi consiglio la bellissima lezione della professoressa Ruoppolo su questo argomento che trovate nelle sbobinature 2013/14. Formule: ubichinone, eme a, b e c.

Cap 21. 21.1 benissimo, box 21.1. Formule: ACP-fosfopanteteina (è uguale alla parte finale del CoA), sintesi degli acidi grassi, reazione dell'enzima malico, desaturazione degli acidi grassi, aspirina, acido arachidonico più i due passaggi della ciclossigenasii. 21.2; 21.3 bene; 21.4 benissimo, le lipoproteine vanno fatte anche dalle slide presenti sul blocco (fondamentali). Formule: sintesi del colesterolo da acetato a squalene (io personalmente feci fino alla fig. 21.35 - dimetilallil pirofosfato e isopentenil pirofosfato) e poi direttamente la formula del colesterolo; sintesi di: triacilgliceroli, fosfosfolipidi di membrana, sfingolipidi e plasmalogeni (alcuni li chiedono, è a coscienza vostra farli o no, può uscire qualche domanda anche allo scritto). Cap 22 22.1 regolazione glutammina sintetasi (pag. 908-910 dall'ultima edizione del Lehninger), la parte precedente è stata brevemente accennata; 22.2 paragrafo introduttivo (pag. 911 dall’ultima edizione); 22.3 bene, la degradazione dell’eme è da integrare (vedi biochimica del fegato). Formule: sintesi dell’eme fino al delta-aminolevulinato (ad alcuni prof. va bene fin qui ma, ad esempio, la Izzo vuole la sintesi completa), eme, fosfocreatina, glutatione, sintesi catecolammine, GABA, istamina, sintesi NO. 22.4 benissimo, leggere i farmaci, importante allopurinolo. Fare bene la ribonucleotide reduttasi, sia struttura che meccanismo d’azione. Per questo argomento consiglio di guardare le lezioni su federica unina della professoressa Faraonio. Formule: sintesi purine, sintesi pirimidine, sintesi IMP, AMP, GMP, UTP, CTP, dUMP, catabolismo purine e pirimidine. Sintesi PRPP. Cap. 27 ubiquitinazione delle proteine pag. 1119-1121.

Vitamine: le liposolubili vanno fatte dal capitolo 8 del Siliprandi (presente sul blocco), le idrosolubili NON VANNO FATTE dallo stesso capitolo, bastano le formule dei coenzimi da esse derivanti che già sapete dallo studio della biochimica normale Formule: vitamine A, D, E, K. Biochimica degli ormoni: tutto il capitolo 20 del Siliprandi tranne gli ormoni gastrointestinali; importante il sistema reninaangiotensina-aldosterone. Formule: ormoni tiroidei, catecolamine (sintesi+catabolismo), ormoni steroidei (per la sintesi guardate le slides che si trovano all'inizio del blocco dove è fatta meglio), degli eicosanoidi solo i capostipiti se proprio volete, altrimenti bastano le due reazioni della ciclossigenasi che avete già fatto nel 21. Biochimica del fegato: capitolo 22 del Siliprandi, la prima parte è una ripetizione dei vari metabolismi in cui è coinvolto l’organo, i processi di detossificazione vanno fatti nel dettaglio, compreso il processo di idrossilazione mediato dai citocromi P450, metabolismo dell'etanolo benissimo; NB: agli scritti le reazioni di idrossilazione da citocromo P450 e quelle di coniugazione vengono chiamate rispettivamente di tipo I e II; slides acidi biliari presenti nel blocco formule: metabolismo etanolo, acidi biliari primari, secondari e coniugati; catabolismo dell’eme. Biochimica del sistema nervoso: dall'11.3 del Lehninger va fatta la struttura del canale leaky del K+ (ricordatevi che questo canale è quello che contribuisce al potenziale di membrana a riposo), dal 12.6 invece va fatto il recettore nicotinico dell'acetilcolina (che è inspiegabilmente diverso dal recettore nicotinico dell'acetilcolina descritto nel Siliprandi.. comunque i prof vogliono sapere quello sul Lehninger), mentre dal capitolo 23 del siliprandi lettura della parte in generale, e dalla trasmissione del potenziale in poi dovete fare: -potenziale di riposo e potenziale d'azione bene, con struttura del canale del K+ e del Na+ regolati dal voltaggio -meccanismo di trasmissione dell'impulso a livello sinaptico in generale, evitate di farvi tutto il casino dove parla delle SNARE -neurotrasmettitori: acetilcolina sintesi+canale muscarinico; GABA sintesi, catabolismo e canale; ossido nitrico+meccanismo del potenziamento a lungo termine -metabolismo del tessuto nervoso. Biochimica dei sistemi contrattili: dal capitolo 24 del Siliprandi saltate le prime pagine dove descrive microfilamenti, microtubuli, dineine e chinesine, cominciate dall'organizzazione strutturale e fate tutto il capitolo con particolare attenzione ad innesco e meccanismo di contrazione (dovete sapere bene le differenze di ciò che accade nel muscolo scheletrico e cardiaco), il sistema creatina-fosfocreatina ed il catabolismo dei nucleotidi adenilici, le pompe del Ca2+ del muscolo cardiaco, i substrati ossidabili dal cuore e il fattore natriuretico atriale; il muscolo liscio lo chiede la ruoppolo. Biochimica del tessuto adiposo: dal capitolo 4 del Caldarera e 23.4 del Lehninger (questo paragrafo non va fatto bene, di più)

Vista, olfatto e gusto: dal 12.10 del Lehninger va fatta la vista, mentre per olfatto e gusto bastano le slides presenti nel blocco (se avete bisogno di qualcosa di più discorsivo c'è il capitolo 32 dello Stryer presente nello stesso), di cui dovete sapere benissimo i canali per i 5 gusti e le differenze tra la trasmissione di gusto ed olfatto Biochimica del sangue: slides delle proteine plasmatiche ed emostasi, se volete trovate anche delle dispense per avere qualcosa di più discorsivo, tutto presente sul blocco. ROS, NO e CO: slides presenti sul blocco + capitolo 8 del Salvatore che trovate tra i file sul gruppo. Va saputa anche la via dei polioli: è un particolare destino che può prendere il glucosio nel cristallino, retina e nervi periferici in caso di diabete. In questi tessuti infatti è presente l'enzima Aldoso Reduttasi che catalizza la riduzione del glucosio a Sorbitolo (un poliolo, per l'appunto) a spese di NADPH e poi, con l'enzima Sorbitolo Deidrogenasi, il sorbitolo viene ossidato a Fruttosio. Questa via consuma NADPH e quindi altera l'equilibrio riducente della cellula contro i ROS. La Km della Aldoso Reduttasi, però, è molto alta, per cui, in caso di glicemia normale, non succede niente e il glucosio entra in glicolisi. In caso di diabete, però, le concentrazioni di glucosio saranno elevatissime e quindi questo prenderà questa via sbagliata. Questo spiega perché i diabetici hanno problemi di cataratta, cecità e neuropatia periferica. Per quanto riguarda le tecniche ADI guardare il piccolo biochimico. Le più importanti sono: cromatografia, elettroforesi+western blot, centrifugazione differenziale e per densità, spettrofotometria+spettrofluorimetria (con equazione di lambert-beer), mucopolisaccaridosi, emoglobinopatie. NB: di ogni reazione dovete sapere anche il nome dell'enzima che la catalizza, gli unici risparmiabili sono quelli della sintesi delle purine (o almeno sono quelli che non ho fatto io).

VECCHIO PROGRAMMA DI BIOCHIMICA CAP 4. Par 4.3 La struttura terziaria CAP 5. TUTTO con estrema attenzione anche ai dettagli di Hb e ai grafici che sono chiesti moltissimo. Da non sottovalutare le formule matematiche. Box 5.1 e formula BPG CAP 6 TUTTO BENISSIMO tranne il 6.4 (saltate) + BENISSIMO box 6.1 e 6.2 e A MEMORIA la cinetica enzimatica + la DIMOSTRAZIONE dell'eq di M&M. Da sapere anche le formule matematiche della cinetica e i tutti i grafici. Mi raccomando imparate bene il significato di ogni grandezza che trovate nelle varie formule (che sono chiestissime). CAP 10. Solo 10.3 (x le formule da imparare vedi ormoni e vitamine + a. Arachidonico) - (questo paragrafo rientra nel programma di BIOCHIMICA II ) CAP 12. BIOSEGNALAZIONE: tutto tranne paragrafi 12.5-12.7-12.9 e da 12.11 in poi. BIOENERGETICA E METABOLISMO: Tutto (da pag 489 a 496) CAP 13. TUTTO + formule di NAD NADH FAD FADH2 CAP 14. TUTTO. GLICOLISI: A MEMORIA tutti gli intermedi, le rezioni, gli enzimi, meglio se fate anche i meccanismi (anche se solo la carsana li chiede)... Insomma TUTTO (dovete anche saper dire quali reazioni sono irreversibili e quali no) CON TUTTE LE FORMULE. 14.2 Bene, qui le formule non sono essenziali. 14.3 bene con formule + meccanismo di alcol deidrogenasi & formula e meccanismo di TPP GLUCONEOGENESI: Idem glicolisi (mi raccomando i 3 punti di controllo) 14.5 Benissimo con tutte le formule e gli enzimi. (soprattutto la fase ossidativa) box 14.1(lettura) e 14.3 Formula BIOTINA CAP 15. Fino a 15.5 (incluso) BENISSIMO con particolare attenzione al 15.3 e ai grafici. Tutte le formule. CAP 16. Fino a 16.3 (incluso) con ogni tipo di formula, reazione, enzima, e volendo meccanismo (vale quanto detto x la glicolisi). Occhio alla Fig. 16.6. TUTTE le formule (si, anche CoA, a. Lipoico, Biotina... Insomma tutte quelle del capitolo). Box 16.1 e bene la tabella 16.2 CAP 17. TUTTO con TUTTE le reazioni, enzimi e formule (potete risparmiarvi le formule dell'ossidazione dei a. grassi monoinsaturi e poliinsaturi ma dovete sapere come funziona la cosa) comprese quelle dell'ossidazione di a.grassi a n. dispari di C. Benissimo le formule dei corpi chetonici e le loro reazioni, compresi gli enzimi coinvolti. CAP 18. Fino a 18.2 (incluso) con ogni tipo di formula e reazione (lasciate stare i meccanismi). Formula PLP. 18.3 fino alla parte generale, cioe saltate quando parla della degradazione di ogni singolo aa. Formula adoMet e bene quali aa sono chetogenici e quali glucogenici. (regolatevi in base a quanto spiegato x aggiungere altro) CAP 19. Fino a 19.4 (incluso) + formula Eme (tutti i tipi), Ubichinone e struttura ATPasi+ per la 4a edizione anche il 19.5 (ndAnna: non ho ancora trovato l'equivalente per la quinta edizione...comunque si tratta di stress ossidativo) CAP 21. La parte di biochimica I termina al 21 da fare tutto con ogni tipo di formula, reazione, ed enzima (eccetto della FIG 21.15 che basta sapere arachidonato e aspirina) Box 21.1 si tratta di sintesi di: acidi grassi ed eicosanoidi,triacilgliceroli,fosfolipidi di membrana e colesterolo. CAP 22 pg. 866-877 si tratta della regolazione della Glutammina Sintetasi (chiesta raramente dalla prof. Esposito). CAP 23 da 910 a 919 5a edizione e 906-917 4a (ndAnna: ho chiesto alla professoressa carsana e ho riscontrato che effettivamente queste pagine contengono quanto ha detto lei a lezione sugli ormoni.Ho pensato di segnalarvelo)

per quel che riguarda i ROS la professoressa ruoppolo ha provveduto a far avere delle fotocopie di un libro di testo da cui lei riteneva fosse opportuno studiare l'argomento. 1) Metabolismo dei nucleotidi: Lehninger vecchio: da pag. 838-855 Lehninger nuovo: da pag. 887-901 Lehninger 5a edizione:pag 891-903 (imparate a scrivere le reazioni di biosintesi) 2) Metabolismo di molecole derivanti da amminoacidi: Lehninger vecchio: da pag. 830-838 Lehninger nuovo: da pag. 877-884, Lehninger 5a edizione: paragrafo 22.3 con particolare riguardo per la biosintesi e degradazione dell'EME (chi ha il Lehninger vecchio deve studiare il catabolismo dell'EME dal Lehninger nuovo; imparate a scrivere le reazioni; fate anche la formula dell'S-adenosilmetionina, che è molto chiesta) 3) Vie metaboliche di carboidrati complessi: questo punto comprende in parte argomenti già affrontati nella biochimica generale, che però è consigliabile rivedere: - metabolismo glicogeno dal Lehninger (pag. 537-539 e 725-729 del Lehninger vecchio o pag. 571-579 e 594-596 del Lehninger nuovo,paragrafo 15,4 lehninger 5a edizione)

4) Vie metaboliche di lipidi complessi: equivarrebbe a tutto il capitolo 21 (5a edizione) Lehninger vecchio: da pag. 773-776 e 781-804 Lehninger nuovo: da pag. 820-822 (eicosanoidi, già visti nella parte generale ma da rifare) + [NOVITA']metabolismo dei triacilgliceroli ( pagg. 824-828 , paragrafo 21.2 del Lehninger 4 edizione); e poi le pag.829-850

Le lipoproteine plasmatiche bisogna studiarle anche dalle slide della Carandente 5) Vitamine liposolubili: dal cap.8 del Siliprandi e dalle slide della Faraonio 6) Biochimica degli ormoni: dal cap.19 o 20 del Siliprandi,alcuni blocchi di fotocopie portano la vecchia edizione, ma è uguale. Fate tutto, con particolare rilievo a ormoni pancreatici e steroidei 7) Metabolismo dell'ossigeno: dal capitolo sugli enzimi del Siliprandi (solo la sezione "enzimologia dell'ossigeno"); NO e CO dalle slide della Esposito o da questo file.doc oppure dalle dispense fatte lasciare dalla ruoppolo al centro copie. 8 ) Il sistema nervoso neurotrasmettitore e trasporto di membrana: Lehninger vecchio: pag.396-420 (particolare rilievo a MDR, CFTR, recettore dell'acetilcolina), e pag.425-446 Lehninger nuovo: pag. 395-422 e 428-454. Lehninger 5a ed: cap 11 pagine 408-415 (se qualcuno s'è regolato diversamente segnali Inoltre dalle slides della carsana. In più, metabolismo del tessuto nervoso: http://www.uninamed.it/public/files/Met ... himica.jpg http://www.uninamed.it/public/files/Met ... 2-Bioc.jpg Più il capitolo 23 del siliprandi (new entry,dateci un'occhiata)

) e 452-457 dal capitolo 12

9) Trasduzioni sensorali nella visione, nell'olfatto e nel gusto: da pag.446-455 del Lehninger vecchio o da pag.463-471 del Lehninger nuovo (464,471 lehninger 5a ed); inoltre, da questa dispensa e dalle slides della carsana postate in “dispense” (qui fate attenzione soprattutto alla parte sui recettori olfattivi e gustativi!)

10) La biochimica del sangue: - PROTEINE PLASMATICHE: dalle dispense della Carandente "Proteine plasmatiche", da integrare con queste slide della Carandente - EMOSTASI: dal file "Il processo emostatico", integrando con le slide della Carandente sulla coagulazione. Il file del processo emostatico è copiato pari pari dal Conti 2 di fisiologia, cercate di ottenerlo e guardatevi le immagini 12) La biochimica del fegato: dal capitolo del Siliprandi + le slides sugli acidi biliari disponibili al centro copie 13) La biochimica del tessuto adiposo: dal cap.4 del Caldarera + pagine da 936 a 943 del lehninger (leptina,adiponettina,grelina). Sarebbe bene seguire la lezione della faraonio e prendere buoni appunti,o se non fosse possibile procurarseli. 14) La biochimica del muscolo e del tessuto muscolare cardiaco: dal cap.24 del Siliprandi oppure dall'omonimo capitolo del Caldarera 15) Metodologie biochimiche: tecniche adi spiegate a lezione reperibili nel topic "dispense" (agli appelli di gennaio- quello dell'8 e del 19- non sono state chieste,ma qualcosina a febbraio sì, perciò se avete tempo dateci uno sguardo, poiché comunque compaiono in programma sulla guida, di cui i prof all'esame hanno una copia vicino) N.B.:Nel blocco di fotocopie era presente un capitolo chiamato “le interrelazioni metaboliche”, che sinceramente credo sia inutile, io non l’ho proprio studiato perchè sono discorsi generici su argomenti già trattati nello specifico nel corso del programma. http://www.uninamed.it/forum/viewtopic.php?p=100564#100564 VIA DEI POLIOLI: è un particolare destino che può prendere il glucosio nel cristallino, retina e nervi periferici in caso di diabete. In questi tessuti infatti è presente l'enzima Aldoso Reduttasi che catalizza la riduzione del glucosio a Sorbitolo (un poliolo, per l'appunto) a spese di NADPH e poi, con l'enzima Sorbitolo Deidrogenasi, il sorbitolo viene ossidato a Fruttosio. Questa via consuma NADPH e quindi altera l'equilibrio riducente della cellula contro i ROS. La Km della Aldoso Reduttasi, però, è molto alta, per cui, in caso di glicemia normale, non succede niente e il glucosio entra in glicolisi. In caso di diabete, però, le concentrazioni di glucosio saranno elevatissime e quindi questo prenderà questa via sbagliata. Questo spiega perché i diabetici hanno problemi di cataratta, cecità e neuropatia periferica....