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Revisión de un articulo sobre ideonella sakaiensis...

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Primera actividad de la asignatura 20115 - Ampliación de Microbiología Alejandro Calderón Restrepo - Grupo B Referencia: Somboon Tanasupawat, Toshihiko Takehana, Shosuke Yoshida, Kazumi Hiraga y Kohei Oda. Ideonella sakaiensis sp. nov., isolated from a microbial consortium that degrades poly(ethylene terephthalate). Microbiology society 66, 2016, 2813-2818

Resumen: Se hizo un estudio politaxonómico de una bacteria asislada, aparentemente degradadora de PET (polietileno tereftalato), que fue recogida de una botella de este material en la ciudad de Sakai, en Japón. La cepa fue nombrada como 201-F6. El estudio de la filogenia usando el RNA 16S, colocó a la bacteria en el género Ideonella y reveló que está cercanamente emparentada a Ideonella dechloratans, sin embargo es suficientemente distinta de las otras especies de su género como para ser catalogada como una nueva especie. La cepa se sembró en los medios NBRC no. 802 a 30 ºC para observar la morfología colonial y las características del cultivo. Para determinar la presencia de flagelos se recurrió a la microscopia electrónica de transmisión. Se evaluaron las actividades catalasa y oxidasa, hidrólisis de caseina, esculina y DNA; la capacidad de crecimiento en medio salino, las características fotosintéticas. Las características bioquímicas se averiguaron haciendo uso de los kits de test API 20NE y API ZYM, tambien se determinó la capacidad de crecer con PET como fuente de carbono principal. Se decubrió que la quinona predominante en la cepa es la quinona-8, se investigaron los metilesteres de ácidos grasos por cromatografia y los lípidos polares se dellaran mediante una TLC. Se realizo una HPLC reversa para determinar la composición de bases del ADN. La hibridación ADN-ADN se realizó siguien el protocolo por Ezaki et al. (1989). Se llevó a cabo una PCR del genoma aisaldo que luego fué sometido a secuenciación para su posterior uso en la creación de un arbol filogenético con el uso de herramientas informáticas.

Clasificación taxonómica de la especie, especies en el género y géneros en la familia. Dominio: Bacteria Filo: Proteobacteria Clase: Betaproteobacteria Orden: Burkholderiales Familia: Comamonadaceae | esta familia incluye 51 géneros como acidovorax, Polaromonas, Rosetales e Ideonella. Género: Ideonella | contiene las especies: I. aztotifigens, I. dechloratans, I. paludis e I.sakaiensis. Especie: Ideonella sakaiensis

Las características utilizadas en el estudio de la bacteria fueron: morfológicas: morfologia de la colonia, tinción de gram, morfologia y tamaño de la celula, distribución flagelar y produccion de esporas. Motilidad

Fisiológicas: Temperatura, salinidad y pH de crecimiento, respuesta al oxígeno, presencia de catalasa y oxidasa y presencia de enzimas extracelulares (lipolíticas y proteolíticas). Bioquímicas: Mecanismo de conservación de la energia, tipo de respiración, utilización de acidos orgánicos, aminoacidos y carbohidratos como fuente de carbon, capacidad fotosintética y metabolismo de PET Quimiotaxonómicas: perfil lipídico y componente quinona. Genéticas: contenido G+C e hibridación DNA-DNA. Filogenéticas: secuenciación del gen RNA16s.

Descripción de Ideonella sakaiensis sp. nov. Las células tienen forma de bastón, son gram -, aeróbicas y no forman esporas. Las colonias son circulares y elevadas con un diámetro de 0.5-1.0 mm. Es citocromo oxidasa y catalasa positiva. Crece a un pH óptimo de 7-7.5, soportando el rango 5.5-9. Tiene una temperatura óptima entre 30-37 ºC pudiendo soportar desde los 15ºC hasta los 42ºC. No crece por encima de una concentración de 3% de NaCl. En el test API 20 NE, es positiva para asimilación de N-acetilglucosamina, maltosa, gluconato de potasio y ácido adipico; positivo débil para asimilación de ácido malico y citrato; negativo para reducción de nitrato, desnitrificación, formación de indoles, fermentación de glucosa, betagalactosidasa, hidrolisis de arginina, gelatina, urea y esculina y asimilación de l-arabinosa, d-glucosa, d-manosa, àcido cáprico, d-manitol y ácido fenilacético. En el sistema API ZYM, es positiva para fosfatasa alcalina, esterasa lipasa (c8), arilamidasa leucina y alfa-glucosidasa; débil actividad enzimática para fosfatasa ácida y naftol-AS-BI-fosfohidrolasa; negativa para lipasa (c14), cisteina arilamilasa, esterasa (c4),alfa-fucosidasa, beta-glucoronidasa, alfa-manosidasa, alfa-galactosidasa, beta- galactosidasa y actividad tripsina. La ubiquinona principal es Q-8. Los ácidos grasos predominantes son fosfatidiletanolamina, liso-fosfatidiletanolamina, fosfatidilglicerol y difosfatidilglicerol. La cepa tipo es 201-F6 es la utilizada en el estudio, en LPSN hay otras dos referencias de cepa tipo, son NBRC 110686 y TISTR 2288. Se hallan en la colección de cultivo NBRC. La cepa 201-F6 tiene un contenido G+C de DNA genómico de 70.4 mol%....