Cálculo DE Punto Isoeléctrico DE UN Péptido dado 15 marzo 2021 PDF

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calculo del punto isoelectrico de un peptido dado, con calculo de pka y cargas netas positivas y negativas y ph del peptido de bioquimica general...

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DE LA CRUZ MORENO IVON MATILDE

4QM1

CÁLCULO DE PUNTO ISOELÉCTRICO DE UN PÉPTIDO DADO. 15 marzo 2021 1. Escogemos un péptido con algunos residuos de aminoácidos con tres grupos ionizables. 2. Usaremos el péptido FHPESYVM, o Phe-His-Pro-Glu-Ser-Tyr-Val- Met, o Fenilalanil-histidinilprolil-glutamil-serinil-tirosinil-valil-metionina. 3. Se dibuja el péptido con todos sus grupos ionizables protonados, porque está en solución de pH 1.0: (Dibújalo en tu cuaderno, marcando los grupos ionizables, con sus valores de pKa correspondientes)

4. El péptido se irá desprotonando grupo a grupo al agregar NaOH 0.1 N. 5. Para calcular las cargas a todos los valores de pH escogidos, construimos una Tabla como la siguiente, en la que calcularemos la carga del péptido a cada pH, incluyendo los valores de pKa de cada grupo ionizable o desprotonable:

Grupo ionizable

pKa

Reacción del grupo que se desprotona

1.0

2.28

4.25

Alfa carboxilo Met

2.28

R-COOH = 0 R-COO= -1 [0 -- -1]

0

-0.5

-1

R = Gama carboxilo Glu

4.25

R-COOH = 0 R-COO= -1 [0 -- -1]

0

0

R = Imidazol His

6.0

NH+ (+1) N (0)

+1

+1

PI

6.0

7.0

9.13

10.07

13

5.74

-1

-1

-1

-1

-1

-0.5

3.22

-1

-1

-1

-1

-1

+1

7.58

+0.5

0

0

0

0

Alfa amino de Phe

9.13

R = Fenol de Tyr

10.07

Carga total

R-NH3+ = +1 R-NH2= (0) [+1 --- 0]

+1

+1

+1

5.48

+1

+1

+0.5

0

0

OH =0 O = -1

0

0

0

5.65

0

0

0

-0.5

-1

-

+2

+1.5

+0.5

0

-0.5

-1

-1.5

-2.5

-3

Completa las reacciones de los grupos R en la Tabla, por favor. Preguntas: 1. ¿Qué carga tiene el péptido cuando está todo protonado? R = CARGA DE +2 2. ¿Entre cuáles valores de pKa cambia de carga el péptido, de positivo a negativo? R= ENTRE 9.13 Y 4.25 3. Para calcular el pI del péptido ¿Cuáles valores de pKa utilizarías? R=VALORES DE 6.0 Y 4.5 4. Define punto isoeléctrico (pI) de una sustancia. R= ES EL VALOR DE PH QUE TIENE UN AMINOÁCIDO O UN PEPTIDO CUANDO SU CARGA NETA ES DE 0 5. Calcula el valor de punto isoeléctrico (pI) ¿cuál es el valor numérico? R= 5.125 6. ¿Qué carga tiene el péptido a valores de pH mayores que su pI? R= CARGA DE -0.5 7. ¿Qué carga tiene el péptido a valores menores que su pI? R= CARGA DE +0.5 8. ¿A cuál electrodo se moverá el péptido en una electroforesis a pH de 8.0? R=AL ELECTRODO QUE TIENE CARGA POSITIVA (+) 9. ¿A cuál electrodo se moverá el péptido en una electroforesis a pH de 2.5? R=AL ELECTRODO QUE TIENE CARGA NEGATIVA (-)

10. Escribe la fórmula de Henderson - Hasselbalch para calcular pH de un ácido débil.

𝑝𝐻 = 𝑝𝐾𝑎 + 𝑙𝑜𝑔

[𝐵𝐴𝑆𝐸 𝐶𝑂𝑁𝐽𝑈𝐺𝐴𝐷𝐴] [Á𝐶𝐼𝐷𝑂]

11. Usando la ecuación de Henderson - Hasselbalch calcula la carga total exacta del péptido a pH de 3.0. 12. ¿Cuál es el grupo que funciona como ácido débil a pH de 3.0? ¿Cuál es su base conjugada? R= EL GRUPO AMINO ES EL GRUPO QUE FUNCIONA COMO ACIDO DEBIL 13. Escribe las concentraciones de la solución reguladora ( de un ácido débil) que usarías para que el péptido se encontrara a pH de 3.0 exacto. Ahora calcula el pI de un péptido como ALILFDKC, haciendo lo que ya aprendiste aquí.

pH / grupo ionizable

1

1.71

3.86

8.50

9.69

10.53

Alfa carboxilo D COOH (0) COO (-)

0

-0.5

-1

-1

-1

-1

Carboxilo D COOH (0) COO (-1)

0

0

-0.5

-1

-1

-1

SH C SH (0) S (-1)

0

0

0

-0.5

-1

-1

Alfa amino A NH3+ (+1) NH2+ (0) Grupo amino K NH3+ (+1) NH2+ (0) Carga total

+1

+1

+1

+1

+0.5

0

+1

+1

+1

+1

+1

+0.5

+2

+1.5

+0.5

-0.5

-1.5

-2.5

Calculo de PI con pKa 3.86 y 8.50 𝑃𝐼 =

3.86 + 8.50 = 6.18 → 6.2 2

Escribe un péptido de seis aminoácidos usando los aminoácidos esenciales en a dieta. ¿Cuáles son los aminoácidos esenciales? Aminoácidos esenciales Lys, Arg, Trp, Phe, His, Met, Val, Leu Ile Péptido hipotético LRFVAP...