Zoubir Tajjiou Marcel Tarda PDF

Preview

Summary

Projecte genètica1. Descripció del gen i la seva estructuraL’entrada proporcionada per aquest gen no era la més adequada per això es va procedir a triar una millor. A partir d’una cerca avançada es van trobar 3 entrades amb l’opció refseq i la triada té el següent número d’accés: NM_012754 que corre...

Description

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

Projecte genètica 1. Descripció del gen i la seva estructura L’entrada proporcionada per aquest gen no era la més adequada per això es va procedir a triar una millor. A partir d’una cerca avançada es van trobar 3 entrades amb l’opció refseq i la triada té el següent número d’accés: NM_012754 que correspon a un gen del receptor d’estrogen de l’espècie Rattus norvegicus. En la taula 1, es mostren els paràmetres bàsics del gen.

Taula 1. Paràmetres com la llargada del gen i el número d’exons i introns Nucleòtids Aminoàcids (CDS) Exons Introns

2687 549 9 9

La figura 1 correspon a un mapa transcriptòmic on es mostren els nivells d’expressió d’aquest gen en 11 diferents òrgans al llarg de diferents estats de desenvolupament.

Figura 1. Nivells de expressió del gen en 11 òrgans al llarg de diferents estadis de desenvolupament

Aquest fragment correspon a un mRNA lineal que codifica pel receptor d’estrogen beta, s’expressa principalment en l’úter però també en alguns òrgans com el cervell, cor i pulmons però a nivells més baixos.

1

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

2. Seqüències homòlogues En la taula 2 es mostren els gens trobats de 6 espècies homòlogues. En primer lloc tenim 4 espècies que constitueixen el ingroup, totes aquestes pertanyien a la superfamília Muridae. El criteri d’elecció va ser senzill, es van triar les seqüències, que dins de lo possible, tinguessin una llargada semblant a la nostra seqüència (query) i amb un percentatge de semblança el més alt possible. Les seqüències triades corresponen a variants de transcripció i la majoria, excepte Mus musculus, corresponent a seqüències predites. Les seqüències triades per el outgroup pertanyen a les espècies Arvicola amphibius i Onychomys torridus que es troben dins de la família Cricetidae. S’han triat aquestes perquè no es troben dins de la mateixa família que la seqüència problema però si dins del mateix ordre (Rodentia) que les espècies triades pel ingroup, llavors es podrà fer un estudi filogènic adequat.

Taula 2. Espècies homòlogues i els seus números d’accés Espècie

Número d’accés Ingroup XM_032908759 NM_207707 XM_021179259 XM_034488289

Rattus rattus Mus musculus Mus caroli Arvicanthis niloticus Outgroup Arvicola amphibius Onychomys torridus

XM_038338214 XM_036206614

2

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

3. Alineament múltiple de seqüència (AMS) Primer es va realitzar un AMS amb el programa Bioedit amb l'eina ClustalW. A continuació es mostra l'alineament múltiple obtingut i en l'entrega de l'exercici es presentarà el document en format bioedit incloent la seqüència consens (en format fasta això no és possible). L'AMS presenta una llargada de 1704 pb de les quals 295 són posicions conservades. Entre les posicions 1145-1205 aproximadament hi ha una gran zona que presenta gaps entre totes les seqüències excepte per Mus musculus i Arvicanthis niloticus. •

Alineament múltiple de seqüència

3

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

4

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

5

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

6

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

7

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

8

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia A continuació es mostra la seqüència consens: •

Seqüència consens

9

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

10

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

La taula 3 correspon a la matriu de distàncies, es mostra la proximitat o llunyania entre les espècies comparades, com es pot observar la espècie més semblants a la nostra espècie problema (Rattus norvegicus) és la Rattus rattus que es troba dins de la mateixa família (Muridae). L’espècie més diferent i per tant evolutivament més llunyana és la Arvicola amphibius, això és perquè aquesta espècie es troba fora de la família Muridae, concretament pertany a la família Cricetidae.

Taula 3. Matriu de distàncies Rattus_norvegicus Rattus_rattus Mus_musculus Mus_caroli Onychomys_torridus Arvicanthis_niloticus Arvicola_amphibius

Rattus_norvegicus Rattus_rattus Mus_musculus Mus_caroli Onychomys_torridus Arvicanthis_niloticus Arvicola_amphibius 0,003 0,007 0,007 0,009 0,006 0,009 0,013 0,007 0,007 0,008 0,006 0,009 0,070 0,073 0,003 0,008 0,007 0,009 0,072 0,077 0,018 0,008 0,007 0,009 0,099 0,099 0,096 0,100 0,008 0,008 0,060 0,059 0,066 0,068 0,090 0,009 0,100 0,099 0,103 0,103 0,086 0,096

11

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

4. Reconstrucció filogènica •

Neighbor-Joining Tree

Com es pot observar en la figura 2 hi ha representat l'arbre fent servir el mètode de NJ. L'arbre obtingut coincideix amb informació bibliogràfica, les espècies que es troben dins de la família Muridae estan formant el ingroup conjuntament amb l'espècie problema Rattus norvegicus, mentre que les espècies de la família Cricetidaees (Onychomys torridus i Arvicola amphibiu) es troben formant el outgroup . El valor de pseudorèpliques que s'ha fet servir per representar aquest arbre és de 1000, número suficient per obtenir un arbre robust. Els valors de bootstrap són alts (major de 70) i es consideren correctes.

Figura 2. Arbre filogènic obtingut mitjançant el mètode Neighbor-Joining

12

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia •

Maximun Likelihood Tree

Amb aquest mètode s'ha obtingut un arbre molt semblant al de NJ on les espècies es troben ben localitzades dins del ingroup i outgroup. El valor de pseudorèpliques fet servir és de 1000, a diferència de NJ aquest mètode és molt més demandant computacionalment. Com es pot observar en la figura 3 els valors del bootstrap son elevats excepte per la línia evolutiva entre Arvicanthis nilocitus i el grup de Rattus norvegicus i Rattus rattus, amb un valor de bootstrap de 44 no es pot dir que la representació d'aquesta línia evolutiva és robusta. En general amb els dos mètodes s'ha obtingut una bona representació filogènica que coincideix amb la bibliografia i que representa la relació i proximitat evolutiva entre les espècies

Figura 3. Arbre filogènic obtingut mitjançant el mètode Maximun Likelihood

13

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

5. Descripció dels gens amb termes GO Després de trobar el número localitzador Q59IV8 de UniProtKB/TrEMBL es va procedir a fer la cerca dels termes GO. 26 és el nombre de termes GO que té aquest gen associat, dels quals 15 són de funció molecular, 5 corresponen a components cel·lulars a on es localitza el gen i 6 al procés biològic en el qual participen. Pel que fa la funció aquest gen codifica per una proteïna d’unió al DNA que actua com a factor de transcripció (regulació en cis) on regula la funció de la RNA pol II. Go terms relacionats amb la funció ; GO:0000978 i GO:0003700. Com que es tracta d'un factor de transcripció es troba localitzat al nucli, GO terms: GO:0005634, GO:0005634 i GO:0005634. Respecte al procés biològic en el qual participa es tracta d'un factor de transcripció llavors realitza funció de regulació dels transcrits, GO terms: GO:0000122 i GO:0051091.

14

Projecte genètica Zoubir Tajjiou i Marcel Tardà Biotecnologia

Bibliografia -

-

-

-

National Center for Biotechnology Information (NCBI)[Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; [1988] – [04/06/21]. Nucleotide [Internet]. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), National Center for Biotechnology Information; [1988] – . Accession No. NM_012754, Rattus norvegicus estrogen receptor 2 (Esr2), mRNA; [04/06/21]. Disponible en : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_012754.3/ Jansa, S. A. and M. Weksler. 2004. Phylogeny of muroid rodents: relationships within and among major lineages as determined by IRBP gene sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 31:256-276. Aulagnier, S., Haffner, P., Mitchell-Jones, A. J., Moutou, F. y Zima, J. (2009). Guía de los Mamíferos de Europa, del norte de África y de Oriente Medio. Barcelona, España: Lynx Edicions. p. 274.

15...