Proef/oefen tentamen 8 Maart, vragen en antwoorden PDF

Preview

Summary

Oefententamen Ontwerp & Synthese Er worden geen negatieve punten gerekend voor foute antwoorden. Er is telkens maar één goed antwoord. Vraag 1 (Synthese) Geef van de volgende vier stellingen aan of ze juist (a) of onjuist (b) zijn. (elke stelling is 0 punt waard) 1. Farmacochemici ge...

Description

Oefententamen Ontwerp & S Synthese ynthese Er worden geen negatieve punten gerekend voor foute antwoorden. Er is telkens maar één goed antwoord. Vraag 1 (Synthese) Geef van de volgende vier stellingen aan of ze juist (a) of onjuist (b) zijn. (elke stelling is 0.5 punt waard) 1. Farmacochemici gebruiken graag oudere reacties omdat ze zulke reacties vaker tijdens hun opleiding hebben uitgevoerd. 2. Als twee lead compounds dezelfde affiniteit voor een bepaalde target hebben, wordt degene gekozen die het hoogste Ligand Efficiency (LE) heeft om verder te gaan. 3. Acyleringsreacties op stikstofatomen zijn de meest gebruikte reacties in farmacochemie omdat de verkregen amides op peptidebindingen lijken, die heel voorkomend zijn in endogene moleculen. 4. Target oriented synthesis is de meest traditionele strategie om verbindingen te synthetiseren. Meerdere syntheses van Spleen tyrosine kinase (Syk) inhibitor 1 worden hieronder getoond.

a. b. c. d.

5. Wat is de globale opbrengst (yield) in de syntheseroute 2 -> 3 -> 4 -> 1 en in de syntheseroute 5 -> 3 -> 1? Respectievelijk 13% en 65% Respectievelijk 15% en 55% Respectievelijk 17% en 62% Respectievelijk 28% en 25%

a. b. c. d. e.

a. b. c. d.

6. Als we meerdere verbindingen willen synthetiseren met variërende R-groepen zoals hierboven aangegeven, welke route zouden we dan het beste kunnen kiezen? 5 -> 3 -> 1 voor R1, 2 -> 3 -> 4 -> 1 voor R2 2 -> 3 -> 4 -> 1 voor R1, de 5 -> 3 -> 1 voor R2 Voor beide R-groepen 2 -> 3 -> 4 -> 1 Voor beide R-groepen 5 -> 3 -> 1 Beide routes zijn even geschikt voor beide R-groepen

7. Wat voor reactie is 3 – 1? Een nucleofiele substitutie Een Grignard-reactie Een heterocycle formatie Een aldolreactie

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 2 (NMR) a. b. c. d.

8. In NMR spectroscopie, wat bepaalt de afstand tussen de twee energieniveaus van een nucleus die in een molecuul zit? De magnetische veldsterkte en de chemische omgeving van de nucleus De concentratie van het monster dat gemeten wordt Het merk van de spectrometer die gebruikt wordt Alle bovenstaande antwoorden

a. b. c. d.

9. Welke koolstofomgeving en gebied/range van 13C chemische verschuiving zijn op een juiste manier hieronder genoemd? 1 Ether R CH2OR2;  150-200 ppm Alkeen H2C=CR2;  050 ppm Aldehyde RC(=O)H;  8.510.5 ppm Keton R1COR2;  180200 ppm

10. Wat kun je in het 1H NMR spectrum van 2-propanol (hierboven) verwachten te zien? a. Een triplet en twee singlets. b. Een singlet, een triplet en een doublet. c. Een singlet, een doublet en een septet (7 peaks). d. Een doublet, een sextet (6 peaks) en een singlet.

a. b. c. d.

11. Het 13C NMR spectrum van verbinding A bestaat uit vier signalen en in het 1H NMR spectrum zijn er een singlet, een doublet en een triplet. Welke stof komt overeen met deze data? 3-methylpyridine. o-xyleen (1,2-dimethylbenzeen). p-xyleen (1,4-dimethylbenzeen). nitrobenzeen. 12. Vind de structuur van deze stof: C11H14O4, 1H NMR (200 MHz, CDCl3):  6.80–6.70 (m, 3H), 5.93 (s, 2H), 4.50 (t, J = 5.5 Hz, 1H), 3.33 (s, 6H), 2.81 (d, J = 5.5 Hz, 2H).

a.

b.

c.

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

d.

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 3 (Drug targets) In de bioinformatica worden vaak drug targets met elkaar vergeleken. Deze meerkeuzevraag gaat over een methode in de bioinformatica, de ‘multiple sequence alignment’, vaak afgekort tot MSA. Vaak moeten er ‘gaps’ geintroduceerd worden in een ‘multiple sequence alignment’ (MSA).

a. b. c. d.

a. b. c. d. e.

13. Bij welke MSA verwacht je de minste ‘gaps’? Bij een MSA van hetzelfde eiwit, maar afkomstig van 6 verschillende species Bij een MSA van 3 G protein-coupled receptors en 3 kinases Bij een MSA van 6 G protein-coupled receptors Bij een MSA van 6 kinases 14. Waar verwacht je de minste gaps bij het analyseren van een MSA van 6 G protein-coupled receptors? in de N-terminus in de extracellulaire loops in de transmembraangedeelten in de intracellulaire loops in de C-terminus

15. een GPCR (aan G-eiwitten gekoppelde receptor) voor peptiden zoals angiotensine a. lijkt in ruimtelijke struktuur op een adenosinereceptor b. lijkt in ruimtelijke struktuur op de α-subunit van een G eiwit c. lijkt in ruimtelijke struktuur op rhodopsine, een visueel pigment

a. b. c. d.

16. Onlangs is van een aantal receptoren (GPCRs) de structuur opgehelderd. Welke stelling is, op basis van deze structuren, het meest juist? de meeste gekristalliseerde receptoren behoren tot de klasse B GPCRs (met een lange Nterminus) tot nu toe is er nog geen receptorstructuur waarin een antagonist is meegekristalliseerd allostere modulatoren bevinden zich in het algemeen in de buurt van de orthostere liganden de locatie van de orthostere ligandbindingsplaats bevindt zich meer bij de extracellulaire loops dan bij de intracellulaire loops

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 4

((Q)SAR) Voor de biologische activiteit van een serie gesubstitueerde receptorantagonisten werd de volgende Hansch-vergelijking afgeleid: log (1/IC50) = 0.34π + 4.82 17. IC50 is: a. een concentratiegradiënt b. gedefinieerd als ‘de helft van de bestudeerde antagonisten die actief zijn’ c. gedefinieerd als ‘de helft van de biologische activiteit van de bestudeerde antagonisten’ d. een concentratie 18. π is een maat voor: a. ladingsverdeling b. hydrofobiciteit c. de concentratie in water d. ruimtelijke eigenschappen 19. Als de IC50 waarde van één van de antagonisten 1 µM bedraagt, en de biologische activiteit in de vergelijking uitgedrukt wordt in mol/l, wat is dan de waarde van π? a. Tussen 1 en 2 b. Tussen 2 en 3 c. Tussen 3 en 4 d. Tussen 4 en 5

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 5 (Antibiotica en Antivirale middelen) 20. Aciclovir en Valaciclovir zijn antivirale geneesmiddelen. Gebaseerd op hun structuren welk target inhiberen ze? a. Virale DNA polymerase b. Virale neuraminidase c. Host (humane) reverse transcriptase d. Virale protease

Valaciclovir

21. Aciclovir is een “pro-drug” en Valaciclovir een “pro-pro-drug”. Welke reacties moeten gebeuren voordat Valaciclovir actief is? a. Amide formatie met een valine op de aromatische amino groep, en daarna verbreken van de ester band in de zijketen b. Verbreken van de ester binding in de zijketen, gevolgd door additie van monofosfaat op de aromatische amino groep c. Verbreken van de ester band in de zijketen, gevolgd door additie van trifosfaat op de vrijgekomen hydroxyl groep in de zijketen d. Trifosfaat additie aan de aromatische amino groep, gevolgd door Penicilline (1) en Cephalosporine (2) verbreken van de ester band in de zijketen

a. b. c. d.

22. Waarom is de zuurhydrolyse van penicilline relatief gemakkelijk? De zwavelgroep kan actief participeren in het mechanisme van hydrolyse De band van de carboxylzuurgroep met de 5-ring is relatief labiel De ringspanning in de 4-ring van de beta lactam groep is hoog a, b, en c zijn allemaal juist

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

23. Er is de laatste tijd veel ophef over resistentie van bacteriën tegen beta-lactam antibiotica, zoals de bacteriën met ESBL en NDM-1 “superbugs”. Welk mechanisme gebruikt dit soort bacteriën voor de resistentie? a. Mutaties in het bacteriële dihydropteroate synthetase verminderen de activiteit van de antibiotica b. De bacteriën maken clavulaanzuur aan, en dit gaat direct in competitie met de beta-lactam antibiotica c. Overexpressie van het enzym transpeptidase, waardoor een normale dosis niet meer voldoende is d. Het opreguleren van (al dan niet gemuteerde versies van) beta-lactamase, wat de beta-lactam ring in de geneesmiddelmoleculen kan openbreken

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 6 (X-ray)

d.

24. Bij cristallografie wordt een direct beeld van het onderzochte molecuul in het experiment verkregen. worden de amplitudes van de gediffracteerde golven in het experiment gemeten, maar niet de fases. worden de fases van de gediffracteerde golven in het experiment gemeten, maar niet de amplitudes. Worden allebei de amplitudes en de fases in het experiment gemeten.

a. b. c. d.

25. Eiwitcristallen bevatten gebieden met ongeordeerde oplossmiddel en geordeerde eiwit. van membraneeiwitten zijn moeilijk om te groeien. kunnen gegroeid worden door cristallisatie als faseovergang in te beschouwen. Alle bovenstaande antwoorden.

a. b. c.

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

Vraag 7 (Bindingsstudies) 26. Je voert een verdringingsexperiment uit met een antagonist radioligand en agonist A en inverse agonist B. Wat gebeurt er met de affiniteit van A en B in de aanwezigheid van GTP ten opzichte van hetzelfde experiment zonder GTP? a. De affiniteit van beide liganden neemt toe b. De affiniteit van beide liganden neemt af c. De affiniteit van A neemt toe en de affiniteit van B neemt af d. De affiniteit van B neemt toe en de affiniteit van A neemt af Je doet onderzoek naar de signaal transductie door GPCRs. Er zijn twee nieuwe GPCRs, GPCR-A en GPCR-B, geïdentificeerd. GPCR-A en GPCR-B binden hetzelfde natuurlijke ligand, X. Je voert een functioneel experiment uit, waarin je waarneemt dat activatie van GPCR-A met X resulteert in een toename van cAMP en activatie van GPCR-B met X in een toename van intracellulair IP3 (inositoltrisfosfaat). 27. Welk G eiwitten worden respectievelijk geactiveerd door binding van X aan GPCR-A en GPCR-B? a. GPCR-A bindt aan Gs en GPCR-B bindt aan Gi b. GPCR-A bindt aan Gs en GPCR-B bindt aan Gq c. GPCR-A bindt aan Gi en GPCR-B bindt aan Gq d. Beide receptoren binden aan Gs 28. Wat is de meeste juiste stelling over de stoffen in de onderstaande grafiek? a. Stof A heeft een EC50 ~ 1 M en is een agonist b. Stof B is een antagonist c. Stof C heeft een EC50 ~ 100 nM en is een inverse agonist d. Er is geen basale (constitutieve) activiteit waarneembaar in dit experiment

Het tentamen gaat door op de volgende pagina

29. De IC50 van verbinding BFW-2 verkregen uit een verdringinsgexperiment was 103 nM. Bereken de Ki van deze verbinding. (gegevens: KD = 0.41 nM en [radioligand] = 2.1 nM, BFW-2 is een antagonist). Welk antwoord is (na afronding) correct? a. 85 nM b. 17 nM c. 3.4 nM d. 0.15 nM 30. 31. Wanneer kan men bij een verdringingsexperiment een bifasische curve waarnemen? a. Bij een antagonist radioligand en een antagonist verdringer b. Bij een antagonist radioligand en een agonist verdringer c. Bij een agonist radioligand en agonist verdringer d. Bij agonist radioligand en een antagonist verdringer 32. 33. -------------------------------------Einde Tentamen-------------------------------------...