Trabajo practico 2a PDF

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Trabajo práctico 2a

Alineamientos mediante matriz de puntos, Dot Plot WinDot Dotlet (http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet ) dotmatcher (http://www.bioinformatics.nl/emboss-explorer/ ) Instrucciones de operación Utilizando los archivos con secuencias individuales en formato FASTA, que se encuentran dentro de la carpeta y el servidor dotlet (ó dotmatcher), Ud. deberá realizar las operaciones indicadas a continuación e interpretar los resultados obtenidos. 1) Ud. dispone de cuatro archivos con secuencias individuales de ácidos nucleicos en formato FASTA (IE1.txt, 2.txt, 3.txt, IE1_INV.txt). Utilícelos para identificar las siguientes características. Debe tener en cuenta que la secuencia denominada IE1.txt tiene que ser considerada siempre como la secuencia de referencia (secuencia horizontal). a) Identificación de deleciones (eventos de INDEL, gaps) en las secuencias. Comparar la secuencia de referencia con la secuencia 2.txt. Seleccionar el zoom 1:8, si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=10 y Threshold=50. b) Identificación de regiones repetitivas en las secuencias. Comparar la secuencia de referencia con la secuencia 3.txt. Seleccionar el zoom 1:9 si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=10 y Threshold=40. c) Identificación de repeticiones invertidas. Comparar la secuencia de referencia con la secuencia IE1_INV.txt (es la secuencia nucleotídica inversa de la secuencia de referencia). Seleccionar el zoom 1:7 si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=10 y Threshold=30. 2) Ud. dispone de tres archivos con secuencias individuales de aminoácidos en formato FASTA (Anaeroce.txt, Caldicel.txt, Saccha-2.txt). Con ellos deberá realizar las operaciones indicadas a continuación e interpretar los resultados obtenidos. a) Comparar la secuencia de Anaeroce.txt consigo misma utilizando los parámetros default. Identifique las repeticiones perfectas y las imperfectas (zoom 1:4), (Window size=10 y Threshold=30). b) Comparar la secuencia de Anaeroce.txt con la secuencia de Caldicel.txt utilizando los parámetros default. Seleccionar el zoom 1:5 (Window size=10 y Threshold=30). ¿Qué puede decir acerca de la similitud entre éstas dos secuencias? c) Comparar la secuencia de Saccha-2.txt consigo misma utilizando los parámetros default. Seleccionar el zoom 1:1 (Window size=10 y Threshold=30). ¿Qué características presenta la secuencia?

3) Ud. dispone de otros archivos con secuencias individuales de aminoácidos en formato FASTA (ColH.txt, ColM.txt ). Con ellos deberá realizar las operaciones indicadas a continuación e interpretar los resultados obtenidos. Debe tener en cuenta que la secuencia denominada ColH.txt tiene que ser considerada siempre como la secuencia de referencia (secuencia horizontal). Seleccionar el zoom 1:1 para todas las comparaciones. a) Comparar la secuencia de referencia con la secuencia ColM.txt, utilizando los parámetros: gray scale: 53% - 62% y sliding window 15; si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=10 y Threshold=40. . b) Comparar la secuencia de referencia con la secuencia ColM.txt , utilizando los parámetros: gray scale: 53% - 62% y sliding window 7; si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=5 y Threshold=20. c) Comparar la secuencia de referencia con la secuencia ColM.txt, utilizando los parámetros: gray scale: 53% - 62% y sliding window 31; si usa Dotlet para realizar el análisis. Si utiliza dotmatcher los parámetros serán: Window size=20 y Threshold=80....