TEMA 4. EL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA CLÍNICA-FUNCIONES PDF

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Apuntes de Microbiología clínica curso 2016/2017. Profesor: Rafael Rotger Anglada. Grupo A....

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BLO BLOQU QU QUE E IIII.. EL LAB LABO ORAT RATORI ORI ORIO OD DE EM MIC IC ICROB ROB ROBIOL IOL IOLOG OG OGÍA ÍA C CLÍN LÍN LÍNIC IC ICA: A: FFUN UN UNCIO CIO CIONES NES Y ME METOD TOD TODOL OL OLOGÍ OGÍ OGÍA A TE TEMA MA 4. EL LAB LABOR OR ORATO ATO ATORI RI RIO OD DE EM MIC IC ICRO RO ROBIO BIO BIOLO LO LOGÍA GÍA CLÍ CLÍNIC NIC NICA: A: FU FUNC NC NCIO IO IONES NES El laboratorio de Microbiología clínica funciona en base a solicitudes de análisis. A partir de estas solicitudes se recogen las muestras biológicas necesarias y se identifica el agente etimológico causante de la infección. Además, se debe estudiar la sensibilidad/resistencia del microorganismo a los antimicrobianos. El laboratorio de microbiología clínica también es encargado, en el hospital, de hacer estudios de epidemiología acerca de las enfermedades del área de cobertura de influencia del hospital. En el hospital se deben controlar las enfermedades nosocomiales para evitar que se produzcan epidemias dentro del hospital. Todos estos estudios pueden llevar al laboratorio a necesitar otras muestras como ambientales, del aire de la cocina, de las salas del hospital o del personal sanitario. Además, muchos laboratorios llevan a cabo trabajos de investigación sobre microorganismos y resistencia a antibióticos. Para todo esto, el laboratorio debe pasar unos controles de calidad, es decir, tiene que estar suscrito a algún control de calidad llevado a cabo por ciertas empresas de control externo que suministran muestras al laboratorio para que las analicen como si fueran de los pacientes. Estas muestras contienen microorganismos que debe identificar el laboratorio. El control interno de calidad supone que el laboratorio debe controlar cada uno de los protocolos de trabajo y los reactivos con los que trabaja. Cuando se compra un nuevo lote de medios de cultivo, se debe comprobar que funciona exactamente igual que el anterior lote. Para esto se utilizan microorganismos de control que proceden de una colección de microorganismos. Esta colección se suministra a los laboratorios para que puedan ser utilizados por el laboratorio para sus controles internos. El laboratorio debe tener un protocolo de trabajo que se debe seguir y debe asegurar que los análisis se hacen siempre igual.

BIOS BIOSEGU EGU EGURID RID RIDAD AD (SEGU (SEGURID RID RIDAD AD BIOLÓ BIOLÓGIC GIC GICA) A) El objetivo es doble: - Evitar infecciones contraídas en el laboratorio. - Evitar la salida de los microorganismos del laboratorio. Para esto existen dos herramientas, por un lado, los protocolos de trabajo que aseguran que se siguen unas normas. Y, por otro lado, existen unas medidas de contención que evitan que los microorganismos puedan escapar del entorno del laboratorio. La normativa, europea y española, define una serie de niveles de riesgo biológico en los que se clasifican los microorganismos: - Nivel 1: es poco probable que cause infección.

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- Nivel 2: puede causar una enfermedad, pero es poco probable que se transmita a la colectividad y existe vacuna o tratamiento eficaz. En este nivel se incluye la mayoría de las bacterias patógenas. El virus HIV, si solo se determina en las muestras de los pacientes, estaría en este nivel. - Nivel 3: supone un serio peligro, por su facilidad de contagio o dificultad de tratamiento. Ej: Mycobacterium, Brucella, bastantes virus (HIV, en caso de cultivarlo). - Nivel 4: elevada mortalidad, no hay vacuna o tratamiento eficaz. Ej: virus de la viruela, virus exóticos (Ébola, Zika...).

Todos estos niveles se corresponden con una serie de medidas o condiciones de trabajo asociadas a ese nivel. En el nivel 1 no hay medidas especiales de contención, se hacen cosas evidentes como no pipetear con la boca, trabajar en condiciones de asepsia, lavarse las manos al terminar, etc. El nivel 2 requiere más condiciones, por ejemplo, estar señalado adecuadamente, estar aislado, usar cabinas de seguridad biológica con flujo laminar que aíslan al trabajador, etc. El nivel 3 exige condiciones más estrictas. Deben emplearse siempre las cabinas de flujo laminar, de modo que los microorganismos permanecen siempre confinados. Estas cabinas tienen filtros que limpian el aire antes de salir al exterior. También se deben emplear respiradores para no aspirar los microorganismos si se forman aerosoles. Por otro lado, la presión del laboratorio debe ser negativa y tener siempre doble puerta. En el nivel 4 de contención existe un aislamiento completo dentro de las medidas posibles. Para evitar que el microorganismo salga del laboratorio debe llevarse a cabo un control de residuos biológicos. Existe un sistema de recogida de residuos que van en contenedores marcados con el signo de riesgo biológico y se autoclavan. Estos contenedores son destruidos por la empresa de recogida.

DIAG DE LAB DIAGNÓS NÓS NÓSTICO TICO DE LABOR OR ORATOR ATOR ATORIO IO D DE E LLAS AS EENFER NFER NFERME ME MEDAD DAD DADES ES INFE INFECCIO CCIO CCIOSAS SAS El punto de partida es el paciente que ingresa con algún tipo de enfermedad. El médico realiza un diagnóstico preciso basándose en la anamnesis del paciente, su historia clínica y sus signos y síntomas. De esta forma limita las posibilidades. El médico hace una solicitud de análisis al laboratorio y este responde solicitando las muestras. El protocolo de toma de muestras es del laboratorio de Microbiología, es decir, es el laboratorio el que especifica cómo quiere que se tomen las muestras. Las muestras se transportan al laboratorio, pero si este está fuera del hospital llevará más tiempo y se necesitarán unas condiciones especiales de transporte.

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Una vez llega al laboratorio, se realiza el análisis y se realiza un informe de laboratorio que se envía al médico. En base a este informe, el médico establece un tratamiento. Si el tratamiento funciona, el caso termina mientras que, si no es eficaz, se siguen tomando muestras hasta averiguar cuál es la causa de la enfermedad. Muchas veces, el fracaso del tratamiento se debe a resistencia a antibióticos por lo que hay que modificar el tratamiento para adaptarlo a la resistencia.

Iden Identific tific tificació ació ación n de dell age agent nt nte e eti etiológ ológ ológico ico El diagnostico se puede realizar: - De forma directa: consiste en buscar microorganismos o componentes específicos de ellos como antígenos, secuencias genéticas, etc. Es lo que propiamente llamamos análisis microbiológico. La muestra debe provenir del tejido anatómico donde se está produciendo la infección por lo que la muestra va a ser muy variada dependiendo de cada caso. - De forma indirecta: consiste en buscar la respuesta específica (inmunitaria) del paciente ante el microorganismo. Si detectamos esta respuesta específica, también podemos diagnosticar la infección. Es lo que llamamos análisis serológico porque la muestra suele ser el suero sanguíneo. En otras ocasiones se analiza LCR u otros.

ANÁ ANÁLIS LIS LISIS IS M MICRO ICRO ICROBIOLÓ BIOLÓ BIOLÓGIC GIC GICO O Mue Muestra stra strass pa para ra el an análisis álisis mic microbi robi robiológi ológi ológico co Las infecciones aparecen primeramente sobre las mucosas. No solo son el primer tejido infectado, sino que también son la vía de salida de muchos microorganismos patógenos. Por tanto, las mucosas son el lugar más importante para toma de muestras y se suelen tomar exudados y secreciones de mucosas, heridas o quemaduras. Por otro lado, podemos utilizar también los distintos fluidos biológicos. El más común es la sangre y la emplearemos siempre que los microorganismos puedan encontrarse en ella. Otros fluidos pueden ser LCR, líquido sinovial, etc. También se pueden recoger excretas como orina o heces donde podemos encontrar microorganismos. Raras veces se debe recurrir a biopsias de tejidos.

Tom Tomaa de mue muestra stra strass La toma de muestras se realiza siguiendo un protocolo suministrado por el laboratorio y, obviamente, en condiciones asépticas. La muestra debe contener el microorganismo causante de la infección, es decir, debe ser representativa. En la pequeña cantidad de muestra que se toma, debe encontrarse el microorganismo. Por esta razón es importante el lugar donde se toma la muestra. Algunas muestras proceden de tejidos que tienen microbiota normal, por lo que no debemos confundirlos ya que muchos microorganismos, sobre todo los oportunistas, forman parte de la microbiota normal. Si podemos, debemos evitar la contaminación con la microbiota normal. Por esto,

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es importante conocer la microbiota normal y saber qué posibilidades hay de que proceda o no de la microbiota. Algunas infecciones se empiezan a tratar lo antes posibles pero las muestras se deben recoger antes de empezar el tratamiento para que el microorganismo se encuentre en cantidad suficiente para poderlo cultivar. También es importante etiquetar la muestra correctamente para que no haya confusión entre las muestras y los pacientes. Las muestras de exudados se toman con torundas o hisopos de algodón, poliéster, alginato, etc. La composición del material de recogida tiene importancia ya que las bacterias son muy sensibles en cuanto al medio que las recoge y algunos materiales pueden ser tóxicos para algunas bacterias. Una vez tomada la muestra, se deposita en un vial para transportarla. Sobre todo, si el transporte va a ser prolongado, el vial suele contener un líquido que es el medio de transporte. Cuando la muestra es un fluido, un líquido o un sólido, se emplean otro tipo de viales y frascos estériles para recogerlas. Su tamaño dependerá de la muestra. Cuando el microorganismo es anaerobio, se deben utilizar viales herméticos para mantener las condiciones de anaerobiosis. El sistema de recogida muchas veces incluye un medio de transporte que normalmente es un líquido, un fluido o un gel donde se introduce la muestra y la idea es que mantenga el microorganismo viable para que pueda cultivarse y multiplicarse. No pretende que el microorganismo crezca en el medio, sino que sobreviva. Suele ser una sustancia tamponante como fosfato-glicerol que mantenga el pH y la presión osmótica para evitar la desecación del microorganismo. La temperatura de transporte depende del microorganismo, aunque ante la duda es mejor transportarlo a temperatura ambiente. Algunas muestras se deben refrigerar, lo que permite alargar el transporte. En cuanto a congelar muestras, solo se debe realizar cuando se trata de muestras de virus y a una temperatura de -70ºC para su mejor conservación. El tiempo de transporte debe ser el mínimo posible.

Pro Procesa cesa cesamie mie miento nto de m mues ues uestras tras Una vez que las muestras llegan al laboratorio, se procesan. El procesamiento de la muestra es una elaboración previa a la identificación del microorganismo. 1. Examen macroscópico: anotar las características de la muestra. 2. Examen microscópico: se realiza una preparación para examinarlo al microscópico. Puede realizarse en fresco o realizar una tinción. Las muestras se tiñen por el método de Gram generalmente. Así podemos comprobar si hay bacterias en la muestra y de qué tipo son. Lo normal es observar células inflamatorias en la muestra. Esta primera vista es importante. Para algunas bacterias habrá que emplear otras tinciones como para las ácido-alcohol resistentes.

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